Home / Summaries / Molecular Diagnostics Fundamentals, Methods and Clinical Applications / sequencing-dna-fragment-waterstofionen

DNA Sequencing - Next Generation Sequencing

Q: Wat is Ion Torrent (PGM) als vorm van SBS NGS?

Sequencing met halfgeleiders , gebaseerd op de detectie van waterstofionen die vrijkomen tijdens de DNA-synthese. DNA-amplificatie door emulsie-PCR Sequencing: microreactievaten in een microreactiekamer gevuld met bufferoplossing Nucleotiden worden één voor één toegevoegd. Wanneer een nucleotide wordt geïntegreerd in de DNA-keten komt er een waterstofion vrij. Deze waterstofionen worden gedecteerd door een gevoeliger pH-sensor in de sequencer. D.m.v. De waterstofionen kan de volgorde van de nucleotiden worden bepaald en de sequentie van het DNA-fragment gereconstrueerd.

Q: Wat is MinION als Nanopore-NGS techniek?

MinION is een draagbaar sequenceringsapparaat ontwikkeld door Oxford Nanopore Technologies. Het DNA-fragment wordt door een nanopore , een zeer kleine opening in een membraan, getrokken. Terwijl het DNA-fragment door de nanopore beweegt, veroorzaken de individuele basen een verandering in de elektrische stroom door de nanopore. Deze veranderingen worden gedetecteerd en geanalyseerd om de volgorde van de basen te bepalen. Mogelijk lange fragmenten te lezen en sequencen (high-throughput) Real-time sequencing

Q: Wat is het grootste voordeel van NGS over Sanger sequencing?

High-throughput: vele sequenties per reactie, diep (grote genomen, error-correctie nodig, interpretatie en data-opslag)

4 important questions on DNA Sequencing - Next Generation Sequencing

Wat is Ion Torrent (PGM) als vorm van SBS NGS?

Sequencing met halfgeleiders, gebaseerd op de detectie van waterstofionen die vrijkomen tijdens de DNA-synthese.

DNA-amplificatie door emulsie-PCR
Sequencing: microreactievaten in een microreactiekamer gevuld met bufferoplossing
Nucleotiden worden één voor één toegevoegd. Wanneer een nucleotide wordt geïntegreerd in de DNA-keten komt er een waterstofion vrij. Deze waterstofionen worden gedecteerd door een gevoeliger pH-sensor in de sequencer. D.m.v. De waterstofionen kan de volgorde van de nucleotiden worden bepaald en de sequentie van het DNA-fragment gereconstrueerd.

Wat is Single Molecule Real Time (SMRT) sequencing als SBS NGS techniek?

PCR met fosfogelinkte nucleotiden
Fluorescent label aan terminale fosfaat
RE knipt fluorescent label als onderdeel van het incorporatie-proces
SMRT maakt gebruik van fluorescerende signalen om de sequentie van individuele DNA-moleculen in realtime te bepalen.

Wat is MinION als Nanopore-NGS techniek?

MinION is een draagbaar sequenceringsapparaat ontwikkeld door Oxford Nanopore Technologies.
Het DNA-fragment wordt door een nanopore, een zeer kleine opening in een membraan, getrokken. Terwijl het DNA-fragment door de nanopore beweegt, veroorzaken de individuele basen een verandering in de elektrische stroom door de nanopore. Deze veranderingen worden gedetecteerd en geanalyseerd om de volgorde van de basen te bepalen.