Samenvatting: Advanced Biotechnology

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van Advanced Biotechnology

• 1 Week 1 & 2

• 1.1 HC1: introductie

  Dit is een preview. Er zijn 1 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.1
  Laat hier meer flashcards zien

• Welke drie dingen heb je nodig voor systemic breeding?

  - Erfelijke eigenschappen
  - Sexuele reproductie
  - De genen zijn beschikbaar in de populatie

• Wat zijn de nadelen van classic (cross) breeding?

  - Ongewilde eigenschappen kunnen worden doorgegeven met de gewilde eigenschap
  - Nuttige eigenschappen kunnen per ongeluk uitgebroeid worden  
  - Vereist vele generaties om speicifieke eigenschappen toe te voegen aan een lijn of ras

• Waarom wordt marker-assisted breeding toegepast?

  Detection of specific DNA fragment (marker) which is linked to a trait  -> deze techniek wordt gedaan omdat het vele generaties duurt met dieren en planten -> gebaseerd op DNA en niet het uiterlijk, want het DNA kan veel eerder worden bepaald dan het fenotype van een organismen -> efficiënter

• Hoe kan je het gen vinden dat achter de eigenschap van interesse zit?

  3 mogelijke opties:
  1. Bulked segregant analysis (BSA): techniek gebruikt voor het identificeren van genetische markers die worden geassocieerd met het mutant fenotype (een bepaalde eigenschap)
  2. Genome wide association studies (GWAS): heeft een grote populatie nodig met verschillende fenotypen  organismen worden gesequenced
  3. RNA sequencing: wordt gecombineerd met GWAS of homologe data

• Wat is microbial breeding?

  Artificieel diversiteit verkrijgen op verschillende manieren door o.a. Mutagenese en sexuele en asexuele hybridizatie.

• Waarom is het belangrijk dat er genetische diversiteit blijft bestaan?

  Om flexibiliteit te behouden binnen een populatie.

• 1.2 HC2: Biotechnologische technieken deel 1

  Dit is een preview. Er zijn 14 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.2
  Laat hier meer flashcards zien

• In wat voor gevallen zou je toch kiezen voor klassieke breeding i.v.p. genome enigneering?

  Wanneer de specie niet goed kan worden getransfromeerd en/of het DNA van het organisme niet (deels) is gesequenced. Nadelen van klassieke breeding is wel dat het lang duurt, gelimiteerd is door natuurlijke variatie en alleen kan worden toegepast op dichte verwanten soorten.

• Welke stappen zijn er nodig voor het maken van een CRISPR/Cas knock out?

  1. Kiezen van een nuclease
  2. Kiezen van disruptieve methode: tussen volledige of partiële knock out. 
  3. Ontwerpen van gRNA. 
  4. Benadering bepalen: stable integration (plasmide  in genoom) of transient approach (RNP inbrengen)
  5. Construct maken 
  6. Transformatie
  7. Screenen van mutanten
  8. Checken voor off-target effecten
  9. Mutant analyse
  10. T2 generatie
  11. Complementatie: herïntroduceren van het orginele gen om relateren met het mutante fenotype

• Wat is niet/minder goed te controleren tijdens het maken van een CRISPR knock out?

  Welke vorm van repair er optreedt: honhomologous end joining (NHEJ) of homologous directed repair (HDR), ook ondanks als er wel een repair template is. Het soort organismen kiezen is dan ook belangrijk NJEH kom tminder voor in microben. 
  
  Het soort mutatie dat ontstaat bij het knippen en repareren: puntmutaties/indels/chromsomale translocatie etc.

• Waar moet je rekening houden met het kiezen van een nuclease (cas)?

  Veel verschillende cas eiwitten die verschillende PAM sequenties herkennen. Rekening houden met hoe hij knipt, aspecifiek knippen na activatie en toenemende specificiteit en sensitiviteit.