Samenvatting: Advanced Labtools

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van Advanced labtools

• 1 Les 1 flashcards Deel 1

  Dit is een preview. Er zijn 5 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat is de algemene strategie voor eiwit zuivering en analyse?

  1. Biologisch start materiaal
     
  2. Pre-treatment: homogenisatie, lysis, fractionering 
  3. Protein purification: Salting out, kolom chromatografie, dialysis 
  4. Analyse: kwantificatie, activiteit bepaling 

• Wat voor analysen moeten bij elke stap uitgevoerd worden en waarom?

  • Totaal hoeveelheid eiwit (BCA)
    
  • SDS_PAGE / Western Blot
  • ELISA
  • (enzyme) activity assay

  
  
  Om bij te houden wat de zuiverheid/yield verhouding is in de loop van het proces, de stappen van het proces te controleren op fouten en om het proces te optimaliseren

• Wanneer kies je voor yield > zuiverheid en wanneer zuiverheid > yield?

  • Yield > zuiverheid: Start materiaal is erg duur, moeilijk te verkrijgen of gelimiteerd
    
  • Yield < zuiveerheid: Start materiaal is erg goedkoop, makkelijk te verkrijgen

• Wat is de belangrijkste factor die bepaald wat de zuiverheid van je eindproduct moet zijn?

  • Waar het voor gebruikt gaat worden. Medisch gebruik of industrieel gebruik? Zuiverheid minimum verschilt 
    

• Wat zijn de technieken voor het prepareren van start materiaal?

  • Mechanisch methoden (goed koelen 4 graden celcius om denaturatie door warmte afgifte te minimaliseren)
  • Mixers en of blenders
  • Rotos-stators
  • Glass beads
  • Niet-mechanische methoden
  • Osmotic shock (hypertonic-hypotonic change)
  • Freeze-thaw cycles
  • Enzymatic breakdown of cell walls

• Wanneer gebruik je welke?Mixer/blenderRotor-statorSonication (bath)Sonication (probe)Potter-Elveihem tubeDounce homogenizer

  1. Grote weefsel stukken, harsh method
     
  2. Kleine stukken weefsel zoals lever of long (harsh), organellen gaan stuk
  3. gentle
  4. harsh
  5. organellen intact, gentle
  6. organellen intact, gentle

• Wat zijn een aantal redenen voor loss of activity van een eiwit?  Noem er drie

  • Denaturatie
    
  • verlies van cellulaire inhoud
  • pH veranderingen
  • inhibitie
  • verlies van co-factoren / co enzymen
  • verlies van post-translationele modificaties
  • oxidatie
  • degradatie / proteolysis
  • contaminatie (bacteria, fungi)

• Benoem Componenten van buffers ( en andere oplossingen) in eiwit isolatie (Heel belangrijk in de toekomst!)

  Benoem er minimaal 3 volledig (dus met voorbeelden)

• 1.1 Les 1 flashcards Deel 2

  Dit is een preview. Er zijn 12 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.1
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat zijn de typen fractionering door centrifugatie?

  • Simple centrifugation
    
  • Separation of pellet (onoplosbaar) en supernatant (oplosbaar)
  • Refinements 
  • Stepwise pelleting (op verhogende snelheden)
  • gradiënt: separatie gebaseerd op dichtheid
  • Variabelen:
  • Continue/discontinue gradiënt
  • Type rotor: fixed angle / swing out
  • run time
  • rpm (G-force)

• Wat zijn eigenschappen van een ultracentrifuge en waar wordt het voor gebruikt?

  • Extreme snelheden en voor een erg lange tijd (72 uur op 50.000 rpm!)
    
  • Wordt gekoeld
  • Heeft een bepantsering voor veiligheid bij falende onderdelen
  • Vacuüm om wrijving te verminderen 
  • Verschillende rotor types
  • Wordt gebruikt om bijvoorbeeld hele kleine organellen of macromoleculen te fractioneren