Samenvatting: Bio-Informatica

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van Bio-informatica

• 1 Genomics

  Dit is een preview. Er zijn 21 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat is een nadeel aan amplificeren (met PCR)?

  Je kan ervoor kiezen om na je library te amplificeren. Maar er zijn een aantal problemen: PCR is biased en je krijgt dus invloed. Sequentie met C en G worden meer vermeerderd en kortere fragmenten zijn sneller klaar en worden meer geamplificeerd. En er kan ook crossing over zijn en dan recombinatie fragmenten krijgen. Het is moeilijk te achterhalen of dit door de PCR komt of er voor al zat. Maar het is uiteindelijk wel belangrijk dat je genoeg materiaal hebt en dat check je in QC. Ook check je de grootte. 

• Wat is de forward strand en wat de reverse strand?

  Forward is degene die er aan vast plakt en de reverse die je maakt aan de oligo. De forward was je er dus weer af

• Hoe is nanopore anders dan illumina?

  Third generation sequncing is oxford nanopore sequencing. Je kan gelijk RNA sequencen, zelfs met modificaties. De fragmenten kunnen heel lang zijn (zelfs hele genomen). Nanopohore zijn hele kleine poortjes in een membraan. Stroom van geladen deeltjes door deze kanaaltjes meet ie. Illumina duurt ongeveer 2 dagen en daarna pas analyseren, bij nanophore kan dat tegelijk/gelijk.
  Maar nog wel hoge error rate (10-15%)

• Bij nanopore: Wil je het niet hebben? Bijvoorbeeld bacterieel DNA. Dan kan je het afstoten en komt het vrij voor een andere DNA strand. Hoe zou je dat afstoten kunnen doen? 

  Je draait de stroom van de deeltjes om, zodat alles er uit geduwd wordt. 

• Wat is hybrid assembling?

  Je kan ook oxford toepassen op genoom en de details kan je aanvullen uit illumina. Dit heet hybrid assembling. 

• Wat is de nanopore workflow?

  Zie afbeelding (langere reads, geen size selection)

• Wat voor speciaals kan je met pacbio?

  Je kan ook aan de ruimte tussen de signalen afleiden over modificaties van het DNA. Dit moet je 25-50 keer doen om wat daarover te zeggen. Modificaties zijn methyleringen enzo (bij oxford nanopore kan je ook modificaties vinden en bij Smart sequencing ook). 

• Hoe ziet een FASTAQ format er uit?

  Dit is een tekst bestand. In de eerste regel staat meta data (data over de data). Dan de sequentie zelf. En dan een spacer/separator. En dan komt een kwaliteit. Deze is uitgedrukt in letters. 

• De kwaliteit van de sequentie gaat naarmate je verder gaat achteruit. Wat is phasing en wat is prephasing?

  Bij lezen van molecuul wordt fluorophore er af gekoppeld en nieuwe base gekoppeld en gelezen. Bij phasing is de fluorophore er niet afgekoppeld en gaat de sequentie niet door. Je krijgt dan altijf hetzelfde signaal. Hoe meer dit er worden, hoe meer dit de juiste signaal verstoord. 
  
  Prephasing is dat de sequentie juist niet geblokkeerd is, waardoor deze steeds verder gaat en dan krijg je ook onjuiste kleursignalen

• Wat zijn contigs en wat zijn scaffolds?

  Soms wil je een de novo assembly doen. Dan moet je ergens beginnen. Je kijkt dan naar de reads en die probeer je aan elkaar te rijgen. 
  
  Reads die elkaar overlappen zijn contigs 
  
  Als je contigs aan elkaar vast kan plakken bij de paired-end en misschien die gaten overlappen, dan noem je dat een scaffold