Startpagina / Samenvattingen / Bio-informatica / cellen-clustering-cel

PCA + scRNA sequencing

10 belangrijke vragen over PCA + scRNA sequencing

Wat is de human atlas?

De human atlas is een database met informatie over de cellen er in. Een soort wikipedia en google maps over/van alle cellen.

Hoe doen we tegenwoordig de losse cellen 'opslaan'?

Vroeger deden we de cellen/kernen in buisjes. Het apparaat kon er ook niet zo veel doen. En nu gebruiken we plaatjes/welletjes waarbij een robot het er in doet. Vaak gebruiken we nu mircofluidics, waarbij de cellen in druppeltjes komen. Je doet je sample over een microwell en in sommige welletjes komen dan cellen, omdat er maar 1 cel past in een well.

Welke multiplex dingen heb je en wat doen ze?

Zie afbeelding
De barcode en read 1 komen tijdens reverse transcriptase
Read 2 komen na fragmentatie
P5 en P7 komen door PCR na fragmentatie

Hoe krijg je de complementaire streng bij reverse transciptase?

De read met de barcode heeft veel T’s, voor de poly-A staart van het mRNA. Een enzym herkent RNA en bindt er aan en maakt een complementaire streng.

Welke dimensie reducing technieken zijn er?

Zie afbeelding

Hoe werkt Connectivity-based clustering?

Je hebt meerdere clusters en degene die het dicht bij zitten doe je bij elkaar. Dan bereken je opnieuw de afstand. En zo ga je er steeds 1 bij doen. Hier kan je een soort stamboom van krijgen. En dan kan je kijken waar elke groep van afstamt en welke meer verwant zijn aan elkaar.

Hoe werkt Centroid-based clustering?

Met k-mean is dat je de grafiek indeelt in een k aantal groepen. Elke keer zal het berekeningen maken van elke cel tot de andere cellen. En zo zoekt hij de beste. Hiervoor moet je wel weten hoeveel clusters je hebt. Maar deze methode kan bepaalde vormen niet clusteren; bijvoorbeeld een binnen cirkel en een buitencirkel.

Hoe werkt Density-based methods?

Daar moet je weer andere methodes voor hebben. Dit is bijvoorbeeld density. Hij kijkt naar de hoogste dichtheid en gaat zo verder. Met gebieden met lage dichtheden (met 1, 2 of 3) kan hij niet zo goed werken.

Hoe werkt Distribution-based clustering?

Distributie doet het ook met dichtheid en hoe samples verdeeld zijn.

Hoe werkt Graph-based clustering?

We gebruiken vaan graph-based clustering. Bij a is elke punt een cel en met de lijn wordt aangegeven hoe verwant ze zijn. Je wil niet naar elke connectie kijken. Dan ga je naar de nearsest neighbors kijken voor elke cel, zodat je groepen kan maken in een netwerk.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

Bio-informatica

Bekijk samenvatting

Een unieke studie- en oefentool
Nooit meer iets twee keer studeren
Haal de cijfers waar je op hoopt
100% zeker alles onthouden

Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.

Studiemateriaal generieke omslagafbeelding

PCA + scRNA sequencing

10 belangrijke vragen over PCA + scRNA sequencing

Wat is de human atlas?

Hoe doen we tegenwoordig de losse cellen 'opslaan'?

Welke multiplex dingen heb je en wat doen ze?

Hoe krijg je de complementaire streng bij reverse transciptase?

Welke dimensie reducing technieken zijn er?

Hoe werkt Connectivity-based clustering?

Hoe werkt Centroid-based clustering?

Hoe werkt Density-based methods?

Hoe werkt Distribution-based clustering?

Hoe werkt Graph-based clustering?

Samenvattingen die gerelateerd zijn aan Cancer genomics

Bio-informatica

Blokboek organisme BMW

KC 2: Van zygote naar blastula

Practicumtoets

Organisme

Gedragsbiologie

Enzymen en Eiwitten

Organische Chemie

Fysische Chemie

Weefsels

Human monogenetic diseases

Externe beïnvloeding celfunctie