Samenvatting: Bioinformatica

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van bioinformatica

• 1 genomics

  Dit is een preview. Er zijn 5 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1
  Laat hier meer flashcards zien

• General overview workflow NGS?

  1. Research question
     
  2. sample preprocessing
  3. library preparartion
  4. sequencing
  5. bioinformatics
  6. interpretation

• Illumina sample preparartion?

  • Bewerken van biologische sample en extractie van DNA/RNA
    
  • filtering of enrichment
  • dsDNA er van maken

  
  Kwaliteitscontrole: kijken naar de zuiverheid (UV spectrofotometer) en kwantificeren van dsDNA (fluorometric methods)

• Illumina library preparation?

  • DNA fragmenteren
  • fysiek of enzymatisch
  • size selection
  • is van belang voor bridge amplification in sequencing gedeelte
  • zorgt voor gefragmenteerd DNA

  
  
  kwaliteitscontrole: het vaststellen van de fragmentatie en size selectie (eletroforese)
  
  

  • end-repair
  • blunt eindes maken van de fragmenten (je wil geen sticky ends meer)
  • A-tailing reactie
  • adenine base overhang
  • illumina adaptor ligatie

  
  
  

  • (optioneel) PCR amplification
  • zorgt voor meer illumina library

  kwalitietscontrole: kwantificeren van de PCR amplificatie (fluorometric methoden or real time PCR) en groote fragmenten identificeren (electroforese)

• Waar uit bestaat de illumina adaptor?

  • P5 en P7 zijn binding regions die zorgen dat library kan binden aan de flowcell, zorgt voro clustering
    
  • barcode/unique index: elk smaple heeft een code hierdoor kan je meerder samples te gelijkertijd runnen.
  • sequencing primer bindings regios for sequencing

• 1.1 Oxford nanopore sequencing

  Dit is een preview. Er zijn 2 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.1
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat is Oxford Nanopore sequencing?

  • Direct sequencing
    
  • kan DNA, RNA en modificaties bepalen
  • fragemneten kunnen kort maar ook supe rlang zijn
  • geen amplificatie en size selectie
  • nanopores hebben electronics
  • eletrophysiologie zorgt voor veranderingen in eletrischestroom. 
  • real-time sequencing
  • run takes: ~1min- hours
  • sommige zin verplaatsbaar en heel klein. 

• Hoe werkt Oxford Nanopore?

  • Als de nanopore is geblokkeerd dat de ionen er minder makkelijk door heen kunnen en zie je verandering van de spanning.
  • De nucleotiden in het kanaal worden te gelijker tijd gemeten, met algoritme kan daar een sequentie bij zoeken. Dit gebeurd in real-time
  • een squiggle is wat je ziet (440 bases per second)
  • Als het een sequentie die je niet wil hebben kan je de stroom van richting te veranderen en hierdoor gaan de motereiwitten andersom lopen en stuwt de sequentie er weer uit zodat er een ander fragment in kan. 
    

• 1.2 PacBio SMRT sequencing

  Dit is een preview. Er zijn 2 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.2
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat is PacBio SMRT sequencing?

  • Sequencing van lang DNA/RNA
  • geen amplificatie nodig
  • zero-mode waveguides flowcell
  • ~10 base fout percentage
  • run takes ~30 min en 1hr
  • 2 sequencing modes:
  • continuous long read sequencing
  • single pass of polymerase
  • circular consensus sequencing voor hoge nauwkeurigheid

• hoe gebeurd PacBio SMRT sequencing?

  • In de flowcell zitten putjes waardoor via de onderkant dan is het lichtbereik in de putjes beperkt.
  • een DNA template polymerase complex zit vast aan de onderkant van een putje
  • wortd er een nucleotiden in gebouwd dan krijg je een fluoresente kleur en die wordt zichtbaar
  • is het DNA/RNA circulair dan kan het meerdere keren geread worden

• Hoe kunnen modificaties gemeten worden?

  • De tijd tussen de ingebouwde nucleotiden is meer als er ene modificatie is want het zorgt dat het moeilijker in te bouwen is
    

• 1.3 basic bioinformatics

  Dit is een preview. Er zijn 7 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.3
  Laat hier meer flashcards zien

• In wat voor format komt de sequence?

  Standaard DNA/RNA/eiwit sequence  staat in een FASTA format