Genomics - basic bioinformatics
7 belangrijke vragen over Genomics - basic bioinformatics
Wat voor format geeft kwaliteitsscore van een sequentie weer
- Een FASTQ format
- geeft de kwaliteitscore en nauwkeurigheid van een base
- FASTQ is standaard format voor NGS data
- elke read heeft 4 regels die er nodig zijn
- wil je de totaal reads weten dan alle regels delen door 4
Wat zegt de pherd quality score?
- Zegt hoe nauwkeurig en goed
de base is die in de read gevonden is
- 0 = alle is fout (!)
- 10 = 0,10 kans dat de base fout is (+)
- 20 = 0,01 kans dat de base fout is (5)
- 30 = 0,001 kans dat de base fout is (?)
- 40 = 0,0001 kans dat de base fout is (I)
Wat is de reden voor het trimmen van de illumina adapter?
- Sequencing begint bij de eerste base van de insert
- maar sequencing ka
n door gaan van DNA van insert naar de adaptor aan de 3' einden. ---> dit is een adapter read-through
- de adaptors knip je er af en daarna ge je de reads pas verwerken, als je dit niet doet krijg je rare data
- Hogere cijfers + sneller leren
- Niets twee keer studeren
- 100% zeker alles onthouden
Voor mijn 1e tentamen haalde ik een 6. Toen ben ik gaan zoeken naar manieren om beter te leren en ben ik Study Smart tegen gekomen. Sindsdien heb ik een 9,0 - 8,0 - 7,6 - 8,0 - 8,0 gehaald. Ik raad het echt íédereen aan die het maar horen wil. Ik ben er zo blij mee!!
Met mijn oude methode was ik geslaagd voor maar 3 van de 8 vakken. Sinds ik mijn aantekeningen digitaal maak in study smart, ben ik voor alle vakken de éérste keer geslaagd. StudySmart neemt voor mij de stress van slagen of niet slagen weg.
Door StudySmart gaat het op zo veel vlakken beter met mij. Eerst had ik continu studiestress en ik had nergens tijd voor. Nu voel ik mij rustig en zelfverzekerd (door gebruik van het programma). Eerst haalde ik meestal een 7, nu vaak een 8 of zelfs een 9.
Hey Chris, ik wil je echt hartelijk danken voor het ontwikkelen van het platform. Ik haalde hiervoor altijd rond de 6/10 voor m'n tentamens, nu een 8,6, een 7,9 en een 7,6!!
Sinds ik Study Smart gebruik, is mijn gemiddelde 1 punt gestegen. Ik heb zelfs een statistisch vak met een 10/10 afgerond terwijl ik slecht ben in statistiek. Nu volg ik extra vakken omdat vorig jaar zo goed ging door Study Smart. Veel dank!
Sinds ik ben gaan leren met StudySmart ben ik geslaagd voor al mijn examens!!! Geen herexamens!! Eerst was ik al blij met een voldoende en nu haal ik alleen maar goede cijfers. Veel dank!
Ik heb alle vakken die ik met Study Smart heb geleerd gehaald. Met rechten ben ik van een 5 naar een 8 gegaan! Ik weet nu zeker dat ik al mijn vakken gewoon ga halen.
Ik dacht altijd dat ik goed studeerde. Mijn cijfers waren ook prima. Ik had mij nooit kunnen voorstellen dat ik zo veel beter en sneller zou studeren door het toepassen van deze vaardigheden.
Ik voel mij voor het eerst 100% zeker over de manier waarop ik leer. Ik heb nu het complete overzicht en de structuur die ik nodig had
Door Study Smart kreeg ik weer plezier in het studeren en haalde ik direct betere cijfers. Alles ging ineens beter. Ik raad Study Smart enorm aan aan scholieren en studenten.
Met dit plaform kan ik super snel en gestructueerd studeren. Ik ben nooit meer de weg kwijt in de stof of in mijn aantekeningen en maak veel sneller goede samenvattingen.
Eerst waren mijn aantekeningen een zooitje. Nu gebruik ik Study Smart en studeer ik super gestructureerd. Het helpt mij om tijd te besparen waardoor ik ook andere dingen kan doen die ik belangrijk vind.
Leerlingen die met het systeem hebben gewerkt hebben gewoon een beter resultaat behaald. Het systeem past alle leertrucjes zo toe, dat zowel de kinderen die goed scoren, maar ook zij die minder scoren, aan hun trekken komen.
Hey Chris, ik wil je enorm bedanken. Het vak waar ik vorig jaar nog net een 5,5 voor haalde, heb ik nu voor ditzelfde vak maar liefst een 9,7 gehaald! Mede dankzij jouw methode! Heel erg bedankt!
Het grootste effect is dat mijn kind veel enthousiaster is over school! Elke ouder wilt graag dat zijn kind het goed doet op school, en Study Smart draagt daar aan bij.
Dankzij StudySmart heb ik vorig jaar al mn examens gehaald en ook veel betere punten gehaald. Maar bovenal heb ik nu gewoon een heel goede studiemethode onder de knie, waarmee ik zeker weet dat ik de rest van mijn studie gewoon ga halen.
Welke reden voor het filteren en trimmen van reads? (4)
- Filter de lage kwalitiet reads er uit
- trim adapter als er een read-through is
- het trimmen van lage kwaliteit base paren aan de uiteinden
- contaminatie reads er uithalen
- overrepresentatie normaliseren
Wat zijn contigs en scaffolds?
scaffolds= om de volgorde van de contigs te weten gebruik je paird-end sequencing en zorgen er voor dat de contigs aan elkaar gekoppelt kunnen wordne meet een gat --> dit noem je een scaffold
Wat is variant calling?
- Het vast stellen of er een variant is tenop zichte van de referentie.
- achtergrondruis kan vertekend beeld geven
Hoe gebeurd mapping assembly?
- Align redas to reference
- je gebruikt de assembly om consensus er uit te halen
- uniek voor elke sample want je hebt als persoon variantie
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden
