RNA sequencing - bioinformatics - mapping
3 belangrijke vragen over RNA sequencing - bioinformatics - mapping
Hoe wordt het mappen van een exon exon overgang gedaan?
- De exon exon
overgang wordt door de midden geknipt en daarna gemapt.
- Dit komt omdat de cel alternative splicing heeft.
- je hebt verschillende isoformen van een gen
- er wordt gebruik gemaakt van mapping with STAR
- spliced
- transcripts
- alignment to a
- reference
- met STAR word gekeken naar waar de read goed bind en daarna geknipt en het stuk wat over blijft wordt weer gemapt.
- mismatchen maken dit process moeilijker. Veel mismatches zorgen voor veel knips die eigenlijk niet nodig zijn
- long read sequencing maakt dit wel weer makkelijker
Wat geeft een sashimi plot weer?
- Visualiseerd de alternative splicing in een figuur, hierdoor kan je de genom regios for verschillende isoformen van samples makkelijk zien.
- de pieken zijn de mapt reads en de bogen zijn de intronen die worden overspannen, (soms worden ook exonen overgeslagen)
Er zijn drie dingen waar je in de BAM file als kwaliteits controle moet doen?
- % uniek gemapte reads (min 50%)
- % reads op exons, intorns, of tussen genen (intergenic regions).
- Meeste reads op de exonen
- 5'or 3' bias
- Je hoopt dat je een normaal verdeling krijgt
- Een schreven verdeling kan een bewijs zijn voor dat RNA niet goed is gezuiverd of gedegradeerd is of niet goed is bereid en voorbereid.
- Je kijkt naar de start en eind(poly a staart)
- Degradeerd RNA poly a selectie zal de coverage bij 3" hoger zijn
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
