Startpagina / Samenvattingen / Class notes - bioinformatica / reads-geteld-sequencing

RNA sequencing - bioinformatics - transcript quantification

Q: Hoe tel je reads (bij strandness)?

Afhankelijk van de modus: union : bindt maar aan een gen, maar hoeft niet helemaal gevult te zijn intersection_strict : als een stukje niet overlapt dan wordt het niet meer geteld. Stuk moet totaal gecoverd worden intersection_nonempty : komen de base overheen met de base van de referentie, hoeft niet totaal gecoverd te worden soms meer read counts dan reads, want reads kunnen op meerdere genen geteld worden. nonunique : niet geteld nonunique all : voor beide genen wordt de read geteld

4 belangrijke vragen over RNA sequencing - bioinformatics - transcript quantification

Wat is transcript quantification?

Manier van quantificatie, die zorgt voor de meeste variatie in de uiteindelijke resulateten van je studie
bevat:

standness
kiezen van de juiste isoform/splice variant
normalisatie

er zijn verschillende manieren om te quantiviseren maar wij gebruiken DGE analyse

Hoe tel je reads (bij strandness)?

Afhankelijk van de modus:

union: bindt maar aan een gen, maar hoeft niet helemaal gevult te zijn
intersection_strict: als een stukje niet overlapt dan wordt het niet meer geteld. Stuk moet totaal gecoverd worden
intersection_nonempty: komen de base overheen met de base van de referentie, hoeft niet totaal gecoverd te worden