RNA sequencing - bioinformatics - quality control
3 belangrijke vragen over RNA sequencing - bioinformatics - quality control
Wat doe je bij kwalitietscontrole voor RNA sequenicng?
- FASTQ bestand maken
- het verwidjeren van de duplicaat reads by PCR artefacten (UMI met elkaar vergelijken)
- optioneel:
- trim de reads om slechte kwaliteit base er af te halen
- minmun lengte van een read
Wat is de treshold om base er af te knippen?
Alles lager dan een kwalitietsscore van 20 wordt er afgeknipt.![]()
dit trimmen doe je alleen aan de uiteinden van de read
dit trimmen doe je alleen aan de uiteinden van de read
Wat is de kans op een foute bases?
- Q= -10log10(p)
- p_error = 0,01
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
