Gebruik van E. Coli stammen en restrictie enzymen in klassieke kloneringsmethoden - Type II restrictie enzymen - invloed van methylatie op het knippen van type II RE

7 belangrijke vragen over Gebruik van E. Coli stammen en restrictie enzymen in klassieke kloneringsmethoden - Type II restrictie enzymen - invloed van methylatie op het knippen van type II RE

Wild type stammen van Ecoli bevatten 2 plaats-specifieke methylasen. Welke?

Dam methylase: methyleerd A in de sequentie GA*TC
dcm methylase: methyleerd intern C in de sequentie CC*AGG of CC*TGG

Wat doen dam en dcm methylatie

  • Ze zijn totaal verschillend en onafhankelijk van RE gekoppelde methylasen zoals Ecor RI methylasen
  • ze doen proofreading tijdens de replicatie.
    • Wanneer fouten in de nieuwe streng zijn ingeslopen w deze gecorrigeerd naar het model v d oudere streng obv hemi-methylatie v h DNA
    • ze hebben zelf geen proofreading activiteit, maar geven een signaal aan de cel welke streng de juiste is

RE onderverdelen wanneer ze al dan niet knippen in de herkenningsplaats dam/dcm, CG of CGN methylatie

S
  • sensitief
  • RE zal niet knippen als de herkenningssequentie een methylatie bevat
S(o)
  • gevoelig aan methylatie en zal niet knippen als de methylatiesequentie gemethyleerd is.
  • hierbij overlopt de methylatie seq voor een stuk de herkenningsseq van RE
IS  
  • insensitief
  • niet gevoelig voor methylatie
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart

Wat wordt bedoeld met dam en dcm zijn niet altijd kwantitatief

Niet alle plaatsen in alle moleculen zijn gemethyleerd
gemethyleerde plaatsen zijn willekeurig

GM119 is dam - en dcm -

  • Gebruikt om DNA uit te bereiden dat de bedoelde modificatie niet draagt
  • ze hebben een verhoogde recombinantie en mutatie frequentie  
    • dit komt doordat dam / dcm systeem deel uitmaakt van het complexe repair mechanisme v d cel dat tot functi eheeft om replicatie fouten te herstellen

Je wil plasmide DNA sequentie knippen ter hoogte van een bepaalde site met een type II RE. Dit zal niet lukken omdat je RE  gevoelig is voor dam methylatie en je bacterie doet aan dam methyaltie. Hoe kan je dit oplossen?

  • Nagaan of er een isoschizomeer is die dam insensitief is
  • DNA transformeren in een stam die dam of dcm negatief is zoals GM119
    • verhoogde kans op fouten en mutaties in DNA

Bepaalde RE knippen het DNA niet alss er een bepaalde sequentie aanwezig is bij eukaryoten . Welke?

CpG en CpNpG

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers waar je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo