Samenvatting: Eiwittechnologie

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van Eiwittechnologie

• 1 Week 1 Protein expression

• 1.1 Eiwit domeinen

  Dit is een preview. Er zijn 11 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.1
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat is het chemisch verschil wanneer een tyrosine wordt gefosforyleerd?

  Deze modificatie wordt gekatalyseerd door PTK's en introduceert een negatief geladen fosfaatdeel, waardoor de lading en structuur van het aminozuur veranderen. Dit kan leiden tot conformationele veranderingen en nieuwe bindingsplaatsen creëren voor andere eiwitten die domeinen bevatten die gefosforyleerde tyrosineresiduen herkennen, zoals het SH2-domein.

• Wat is de regulatie van eiwitinteractie door het SH2-domein?

  Bijvoorbeeld gefosforyleerde tyrosineresiduen op receptortyrosinekinasen (RTK's). Deze fosfotyrosineresiduen fungeren dan als dockingsplaatsen voor eiwitten met SH2-domeinen, waardoor ze kunnen binden en neerwaarste signaalroutes initiëren.

• Wat zijn de verschillen tussen SH2- en PTB-domeinen?

  • SH2 herkennen specifiek gefosforyleerde tyrosineresiduen binnen een specifieke sequentiecontext, bijv pYEEI.
  • PTB herkennen gefosforyleerde tyrosineresiduen binnen de NPXpY sequentie. PTB kan meer diverse interacties aangaan dan SH2.

• Wat zijn de verschillen tussen SH2- en SH3-domeinen?

  • SH2 herkent gefosforyleerde tyrosineresiduen.
  • SH3 binden aan prolinerijke motieven.

• Wat is karakteristiek voor het PTB-domein?

  PTB herkent gefosforyleerde tyrosineresiduen, PTB kan in tegenstelling tot SH2 ook met niet-fosforyleerde liganden interageren, wat zorgt voor een breder scala aan interacties en functies.

• 1.2 Eiwit expressie systemen

  Dit is een preview. Er zijn 17 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.2
  Laat hier meer flashcards zien

• Een onderzoeker wil geen exacte kopie van het oorspronkelijke volledige eiwit kloneren, maar een variant ervan. Waarom zou hij dit doen?

  • Functieonderzoek: door bepaalde mutaties aan te brengen kan de functie worden onderzocht.
    
  • Structuur-functie relaties; wat is de relatie tussen structuur en functie?
  • Modificatiestudies; introductie van PTM's kan helpen bij het bepalen van hun effecten op de functie of interacties van het eiwit.
  • Regulatie van expressie; door regulatoire elementen kan de onderzoeker de expressie of degradatie reguleren.
  • Interactieonderzoek: bijv bindingsdomeinen.

• Bij het overschakelen van E. Coli naar menselijke cellen om het eiwit van interesse tot expressie te brengen, waar moet rekening mee worden gehouden?

  • PTM's
    
  • Eiwitvouwing en correcte conformatie
  • Celpenetratie
  • Celcultuuromstandigheden

  • Codongebruik (in mensen worden codons veel meer gebruikt dan in E. Coli)
  • Expressieniveaus (PTM's)/ beschikbaarheid van expressieplasmiden

• 2 Week 2 Protein structures

• 2.2 RNA-eiwit interacties

  Dit is een preview. Er zijn 11 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 2.2
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat is de compositie van ribosomen?

  2/3 RNA en 1/3 eiwit
  

  • De grote subunit bestaat uit twee RNA-moleculen en de kleine subunit uit één RNA-molecuul. Hieraan binden zich tientallen eiwitten die samen de subunits bepalen.

• Wat is een voorbeeld van eiwitbinding aan mRNA?

  Pre-mRNA in de nucleus van eukaryote cellen zijn gebonden door vele eiwitten bijv: hnRNP (heterogeneous nuclear RiboNucleoproteins)
  

  • hnRNP eiwitten binden aan RNA tijdens RNA processing
  • hnRNPs worden ook gebonden aan RNA in het cytoplasma tijdens translatie
  • verschillende hnRNP eiwitten binden aan hetzelfde pre-mRNA gelijk tijdens transcriptie
    -> RNA-eiwit complex wordt gevormd

• Wat zijn voorbeelden van eiwitten die pre-mRNA in de nucleus van eukaryote cellen binden?

  • Pre-mRNA -> hnRNP eiwitten
    
  • 5' cap structure -> Cap binding proteins
  • Poly-A-staart -> nuclear PolyA binding protein (PABP) (ook in cytoplasma)