Protein interactions - Fluorescentie/ licht gebaseerde assays

8 belangrijke vragen over Protein interactions - Fluorescentie/ licht gebaseerde assays

Wat is het principe van de eiwit-eiwit interactie techniek Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET)?

FRET: energie wordt overgedragen van donor chromofoor, Cyan Fluorescent Protein (CFP), naar acceptor chromofoor, Yellow Fluorescent Protein (YFP).
  • Donor = lage golflengte, hoge energie (CFP)
  • Acceptor = hoge golflengte, lage energie (YFP)
  • Detectie is afstandsafhankelijk (< 10 nm), real time, in levende cellen en plasmiden met fusiegenen zijn getransfecteerd.

Wat zijn de beperkingen van FRET als eiwit-eiwit interactie techniek?

  • Procedure: kloneerstap en transfectie benodigt; constructen met fusie-eiwitten
  • Structuur: mogelijk sterische hindering, effect op eiwitstructuur
  • Detectie: photobleaching van signaal, autofluorescentie van acceptor

Wat zijn de beperkingen van BRET als eiwit-eiwit interactie techniek?

  • Kloneerstap en transfectie benodigt; constructen met fusie-eiwitten
  • Mogelijke sterische hindering, effect op eiwitstructuur
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart

Wat is het principe van Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC)?

Brengt twee fragmenten samen van een enkel fluorescent reporter eiwit. Zonder elkaar kunnen ze niet fluoresceren, alleen samen.
  • N- en C-terminale fragmenten van bijv GFP, YFP, mCherry.
  • Eiwitten van interesse A en B worden gekloneerd als fusie aan zo 'n fragment.
  • Detectie: interactie A/B -> triggert vouwing van fluorescente fragmenten in natieve vorm.
  • Real time, in levende cellen, geen substraten nodig.
  • Krachtige methode omdat het interacties kan bevriezen, dus als er ooit een interactie is geweest dan kan je dat zien.

Wat zijn de beperkingen van Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC)?

  • Procedure: kloneerstap en transfectie nodig; constructen met fusie-eiwit
  • Structuur: mogelijk sterische hindering, effect op eiwitstructuur
  • Detectie: onomkeerbaar (blijft altijd aanstaan als hij eenmaal gevouwen is)

Wat is het principe van Biolayer Interferometry (BLI)?

Optische analyse gebruikmakend van interferentie patronen van wit licht.
  1. Wit licht wordt gereflecteerd op twee oppervlakken aan de tip van een bio-sensor. (1) internal reference (constante) (2) monster (variabele)
  2. Molecuulbinding aan oppervlak
  3. Toename dikte van bindingsoppervlak
  4. Golflengte verschuift (Delta Lambda) (alleen gebonden moleculen)
  5. Verschuiving is afhankelijk van de dikte van de laag tussen de oppervlakken (geeft interactie weer)

Hoe kan een Biolayer Interfermotry (BLI) spectrum worden afgelezen?

  • Hoe steiler de associatie curve, hoe hoger de affiniteit is, hoe hoger de Kon rate is (hoe makkelijker het analiet bindt).
  • Hoe steiler de dissocatie curve naar beneden gaat, hoe hoger de Koff rate is (hoe makkelijker het analiet loslaat).
De associatie en dissociatie constantes vertellen iets over de affiniteit.
  • Affiniteit KD = Kd/Ka = Koff/Kon
Affiniteit KD = concentratie van het analiet in Molair met 50% bezetting op het oppervlak.

Wat is een voorbeeld van een Biolayer Interferometrie (BLI) experiment?

Epitope binning experiment.
  • Doel: karakteriseren en sorteren van best bindende antilichamen voor een epitoop op een antigeen (of binders die op andere plekken binden dan het antilichaam die je al hebt)
  • Gebruikt voor bijv vaccin ontwikkeling
  1. Binding van gebiotinyleerd epitoop aan streptavidine biosensor
  2. laden van de biosensor met test-antilichamen
  3. incubatie met competerende antilichaam-varianten
  4. associatie
  5. dissociatie
Wanneer nieuwe antilichamen ook een shift in dikte veroorzaken kan worden geconcludeerd dat deze op een andere plek binden dan het test-antilichaam en daarom meer diversiteit aan antilichamen geven die kunnen worden geoptimaliseerd en gebruikt bij het ontwikkelen van vaccins.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers waar je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo