Protein interactions - Fluorescentie/ licht gebaseerde assays
8 belangrijke vragen over Protein interactions - Fluorescentie/ licht gebaseerde assays
Wat is het principe van de eiwit-eiwit interactie techniek Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET)?
- Donor = lage golflengte, hoge energie (CFP)
- Acceptor = hoge golflengte, lage energie (YFP)
- Detectie is afstandsafhankelijk (< 10 nm), real time, in levende cellen en plasmiden met fusiegenen zijn getransfecteerd.
Wat zijn de beperkingen van FRET als eiwit-eiwit interactie techniek?
- Procedure: kloneerstap en transfectie benodigt; constructen met fusie-eiwitten
- Structuur: mogelijk sterische hindering, effect op eiwitstructuur
- Detectie: photobleaching van signaal, autofluorescentie van acceptor
Wat zijn de beperkingen van BRET als eiwit-eiwit interactie techniek?
- Kloneerstap en transfectie benodigt; constructen met fusie-eiwitten
- Mogelijke sterische hindering, effect op eiwitstructuur
- Hogere cijfers + sneller leren
- Niets twee keer studeren
- 100% zeker alles onthouden
Wat is het principe van Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC)?
- N- en C-terminale fragmenten van bijv GFP, YFP, mCherry.
- Eiwitten van interesse A en B worden gekloneerd als fusie aan zo 'n fragment.
- Detectie: interactie A/B -> triggert vouwing van fluorescente fragmenten in natieve vorm.
- Real time, in levende cellen, geen substraten nodig.
- Krachtige methode omdat het interacties kan bevriezen, dus als er ooit een interactie is geweest dan kan je dat zien.
Wat zijn de beperkingen van Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC)?
- Procedure: kloneerstap en transfectie nodig; constructen met fusie-eiwit
- Structuur: mogelijk sterische hindering, effect op eiwitstructuur
- Detectie: onomkeerbaar (blijft altijd aanstaan als hij eenmaal gevouwen is)
Wat is het principe van Biolayer Interferometry (BLI)?
- Wit licht wordt gereflecteerd op twee oppervlakken aan de tip van een bio-sensor. (1) internal reference (constante) (2) monster (variabele)
- Molecuulbinding aan oppervlak
- Toename dikte van bindingsoppervlak
- Golflengte verschuift (Delta Lambda) (alleen gebonden moleculen)
- Verschuiving is afhankelijk van de dikte van de laag tussen de oppervlakken (geeft interactie weer)
Hoe kan een Biolayer Interfermotry (BLI) spectrum worden afgelezen?
- Hoe steiler de associatie curve, hoe hoger de affiniteit is, hoe hoger de Kon rate is (hoe makkelijker het analiet bindt).
- Hoe steiler de dissocatie curve naar beneden gaat, hoe hoger de Koff rate is (hoe makkelijker het analiet loslaat).
- Affiniteit KD = Kd/Ka = Koff/Kon
Wat is een voorbeeld van een Biolayer Interferometrie (BLI) experiment?
- Doel: karakteriseren en sorteren van best bindende antilichamen voor een epitoop op een antigeen (of binders die op andere plekken binden dan het antilichaam die je al hebt)
- Gebruikt voor bijv vaccin ontwikkeling
- Binding van gebiotinyleerd epitoop aan streptavidine biosensor
- laden van de biosensor met test-antilichamen
- incubatie met competerende antilichaam-varianten
- associatie
- dissociatie
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden