Chromatography and proteomics - Proteomics
11 belangrijke vragen over Chromatography and proteomics - Proteomics
Wat is het principe van de PTM glycosylering?
- Het toevoegen van suikergroepen aan zijgroepen van eiwitten waardoor glycoproteïnen ontstaan.
- Ongeveer 50% van de eiwitten wordt typisch geglycosyleerd -> kritisch voor de functie van de biosynthetisch-secretoire route -> bevinden zich in het extracellulaire deel van de cel.
- De modificaties vinden plaats in het Goli-apparatus en het ER. De eiwitten worden co-translationeel op het ruwe ER door de ribosomen aan de binnenkant van het ER gebracht (transmembraaneiwitten) en hier in aanraking gebracht met enzymen voor modificaties.
Wat zijn de uitdagingen in monstervoorbereiding in proteomics?
- Eiwitten in biologische monsters zijn erg complex
- PTM's verhogen de complexiteit
- Eiwitten kunnen degraderen (instabiel, proteasen in cellen)
- Verwijdering van niet-eiwit vervuiling (zouten, nucleïnezuren, lipiden etc.)
- De hoeveelheid verschillende eiwitsoorten in een biologisch monster kan sterk variëren -> hoog overvloedige eiwitten zijn een last
Hoe gaat monstervoorbereiding in proteomics in zijn werk?
- Extractie/isolatie van specifiek analiet. Monsters die gebruikt worden om de identiteit van eiwitten te isoleren, kunnen afkomstig zijn van:
- vloeistoffen als bloed of urine (relatief makkelijk te isoleren)
- hele weefsels
- kleinere losse organismen met losse cellen - Voorscheiding/Clean up: Verwijdering van contaminanten
- Concentratie van analieten: Scheiding mbv vloeistofchromatografie (LC) of elektroforese
- Karakterisering mbv MS -> bio-informatica
- Hogere cijfers + sneller leren
- Niets twee keer studeren
- 100% zeker alles onthouden
Voor mijn 1e tentamen haalde ik een 6. Toen ben ik gaan zoeken naar manieren om beter te leren en ben ik Study Smart tegen gekomen. Sindsdien heb ik een 9,0 - 8,0 - 7,6 - 8,0 - 8,0 gehaald. Ik raad het echt íédereen aan die het maar horen wil. Ik ben er zo blij mee!!
Met mijn oude methode was ik geslaagd voor maar 3 van de 8 vakken. Sinds ik mijn aantekeningen digitaal maak in study smart, ben ik voor alle vakken de éérste keer geslaagd. StudySmart neemt voor mij de stress van slagen of niet slagen weg.
Door StudySmart gaat het op zo veel vlakken beter met mij. Eerst had ik continu studiestress en ik had nergens tijd voor. Nu voel ik mij rustig en zelfverzekerd (door gebruik van het programma). Eerst haalde ik meestal een 7, nu vaak een 8 of zelfs een 9.
Hey Chris, ik wil je echt hartelijk danken voor het ontwikkelen van het platform. Ik haalde hiervoor altijd rond de 6/10 voor m'n tentamens, nu een 8,6, een 7,9 en een 7,6!!
Sinds ik Study Smart gebruik, is mijn gemiddelde 1 punt gestegen. Ik heb zelfs een statistisch vak met een 10/10 afgerond terwijl ik slecht ben in statistiek. Nu volg ik extra vakken omdat vorig jaar zo goed ging door Study Smart. Veel dank!
Sinds ik ben gaan leren met StudySmart ben ik geslaagd voor al mijn examens!!! Geen herexamens!! Eerst was ik al blij met een voldoende en nu haal ik alleen maar goede cijfers. Veel dank!
Ik heb alle vakken die ik met Study Smart heb geleerd gehaald. Met rechten ben ik van een 5 naar een 8 gegaan! Ik weet nu zeker dat ik al mijn vakken gewoon ga halen.
Ik dacht altijd dat ik goed studeerde. Mijn cijfers waren ook prima. Ik had mij nooit kunnen voorstellen dat ik zo veel beter en sneller zou studeren door het toepassen van deze vaardigheden.
Ik voel mij voor het eerst 100% zeker over de manier waarop ik leer. Ik heb nu het complete overzicht en de structuur die ik nodig had
Door Study Smart kreeg ik weer plezier in het studeren en haalde ik direct betere cijfers. Alles ging ineens beter. Ik raad Study Smart enorm aan aan scholieren en studenten.
Met dit plaform kan ik super snel en gestructueerd studeren. Ik ben nooit meer de weg kwijt in de stof of in mijn aantekeningen en maak veel sneller goede samenvattingen.
Eerst waren mijn aantekeningen een zooitje. Nu gebruik ik Study Smart en studeer ik super gestructureerd. Het helpt mij om tijd te besparen waardoor ik ook andere dingen kan doen die ik belangrijk vind.
Leerlingen die met het systeem hebben gewerkt hebben gewoon een beter resultaat behaald. Het systeem past alle leertrucjes zo toe, dat zowel de kinderen die goed scoren, maar ook zij die minder scoren, aan hun trekken komen.
Hey Chris, ik wil je enorm bedanken. Het vak waar ik vorig jaar nog net een 5,5 voor haalde, heb ik nu voor ditzelfde vak maar liefst een 9,7 gehaald! Mede dankzij jouw methode! Heel erg bedankt!
Het grootste effect is dat mijn kind veel enthousiaster is over school! Elke ouder wilt graag dat zijn kind het goed doet op school, en Study Smart draagt daar aan bij.
Dankzij StudySmart heb ik vorig jaar al mn examens gehaald en ook veel betere punten gehaald. Maar bovenal heb ik nu gewoon een heel goede studiemethode onder de knie, waarmee ik zeker weet dat ik de rest van mijn studie gewoon ga halen.
Op welke manieren kunnen veel voorkomende eiwitten uitgefilterd worden om minder vaak voorkomende eiwitten te kunnen detecteren?
- Gelfiltratie
- Precipitatie
- Affiniteitstechnieken: bijv albumine (gebonden door anti-albumine) of IgG-antilichamen (gebonden door eiwit A of G)
-> antilichaam kan worden gebonden op de kolom waardoor het overloedig aanwezige eiwit bindt aan de kolom en zo uit het analiet wordt gefilterd (affiniteitschromatografie).
Wat is bottom-up proteomics?
- Proteolytische digestie van eiwitten in peptiden vóór analyse
- informatie wordt gereconstrueerd uit individuele peptide-fragmenten
- Database zoeken
Wat zijn de voor- en nadelen van bottom-up proteomics?
- Veel gebruikt, hoge resolutie
- Niet heel duur (kostenefficiënt)
- Makkelijke techniek, vergt niet veel expertise
- Peptiden kunnen wel kwijtraken (lage informatie dekking)
Wat zijn twee manieren om bottom-up proteomics uit te voeren?
- Eiwitextractie -> gelelektroforese -> bandje geknipt door digestie -> (was, trypsine, elutie peptiden) -> MS -> database zoeken en identificatie
1D-gel (1-DGE): SDS-PAGE: scheiding op basis van grootte, beperkt oplossend vermogen
2D-gel (2-DGE): eiwitten worden in de eerste dimensie opgelost op basis van hun netto lading (IEF) en in de tweede dimensie op basis van grootte (SDS-PAGE) (betere resolutie) - Eiwitextractie -> proteolytische digestie -> peptide-mengsel -> multidimensionale peptide-scheiding (bijv gelfiltratie, interactie-kolom, affiniteits-kolom etc) -> MS -> database zoeken en identificatie
Hoe gaat eiwit-digestie door trypsine in zijn werk?
- Trypsine knipt C-terminaal van het positief geladen aminozuur arginine (R) of lysine (
K ). - Digestie van eiwit resulteert in een uniek mengsel van peptide-fragmenten
- Trypsine-digestie maakt het makkelijker om het eiwit te detecteren, er ontstaat een uniek patroon om de eiwitten te identificeren
Wat is top-down proteomics?
- Karakterisering van intacte eiwitten uit complexe mengsels
- Eiwitscheiding betrokken
- Resulteert in informatie van specifieke moleculaire vorm: PTM, splitsingsvarianten, genetische sequentie variaties
Wat zijn de voor- en nadelen van top-down proteomics?
- Geen peptide-voorbehandeling nodig
- Wel een voorscheiding -> chromatografische of elektroforetische scheiding -> MS -> data analyse
- Gedetailleerde, specifieke informatie over de structuur: PTM's, mutaties etc.
- Minder gebruikt -> duur en vergt veel expertise
Wat zijn de doelen van proteomics?
- Identificatie van eiwitten
- Kwantificatie van eiwitten
- Eiwit-eiwit interacties
- Karakterisering post-translationele modificaties (PTM's) (bijv glycolysering, fosforylering)
- Ontdekken van biomarkers (moleculen die kenmerkend zijn voor bepaalde ziektebeelden)
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden
