Drugs, stereochemistry and molecular machines

15 belangrijke vragen over Drugs, stereochemistry and molecular machines

Welke typen aminozuren zijn er?

20 in totaal en 3 zeldzame. De zijketens kunnen zowel polair als hydrofoob zijn.
Deze zijketens en de backbone geometrie drijven de vouwing.

Wat is de CORN regel?

Deze wordt gebruikt om te bepalen of een aminozuur links of rechtshandig is. Als het aminozuur wordt bekeken vanuit de C-H as, dan vormen bij een Linkshandig aminozuur alle letters behalve het Calfa atoom met de klok mee het woord CORN.

Wat zijn kenmerken van een peptide binding?

Hierbij gaat een OH-groep van het COOH -groep van het eerste aminozuur een interactie aan met de NH2 groep van het 2e aminozuur. Water komt hierbij vrij. De binding die dan ontstaat is een C dubbel gebonden O met daaraan vast een NH groep. De peptidebinding is plat. Het heeft een beetje een dubbele band karakter en is sterker dan een dubbele binding. De vorming wordt gekatalyseerd door een ribosoom.
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart

Waar wordt een ramachandran plot voor gebruikt?

Als een kwaliteitscontrole in eiwitstructuurbepaling.

Wat zijn kenmerken van een alfahelix?

- 3,6 aminozuren per draaiing.
- Wordt gestabiliseerd met waterstofbruggen tussen N+4.
- lijkt op een kerstboom als het op zijn N-terminus staat.
- stabiel en rigide van vorm
- diameter is 12 angststrom
- ze vormen leucine zippers. (heeft iets weg van een schaar)

Waar wordt proline vaak aangetroffen?

Doordat het zeer inmobiel is wordt het vaak aangetroffen aan het eind van helixen of in loopstructuren. aminozuren die vlak voor proline zitten worden daardoor ook sterisch gehinderd. Hierdoor kan proline de alfa helix dan ook breken op het eind.

Wat zijn kenmerken van een beta sheet?

-alle waterstofbindingen zijn intern niet allemaal verzadigd.
- Het kan zowel parallel als antiparallel.
- verschillende vormen: beta barrel, beta hairpin, greek key motif

Wat is de TIM barrel?

Dit is een mix van alfa helixen en beta sheets op zo'n manier dat er in het midden in een cirkel allemaal beta sheets zijn en daarom heen in een cirkel allemaal alfahelixen zijn.

Wat zijn kenmerken van glycine?

- Er is geen stereocenter
- Erg mobiel
- Erg vaak gevonden in loop structuren.

Welke soort secundaire structuren zijn er dus?

- alfa helixen
- beta sheets
- loops
De secundaire structuur kan worden voorspeld uit de primaire structuur.
Het kan gebruikt worden voor sequintie vergelijkingen.

Hoe werkt een asparagine protease (zoals bijv. HIV protease)?

Proteases werken waarschijnlijk zo dat ze iets polariseren wat waarschijnlijk water is.
De functie van zo'n protease is:
1) productie van nucleofiele watermoleculen.
2) herkenning van de target volgorde
3) stabilisatie van de transition state (tetrahedral intermediate)

Hoe werken asparagine protease inhibitors?

Een hydroxielgroep gaat dan de positie op de asparagine bezetten waar water normaal gesproken zou kunnen aanvallen. Een vb is saquinavir. Dit is een HIV-1 inhibitor.

Hoe zien conformationele antilichamen eruit?

- 2 zware ketens en 2 lichte ketens
- Fab is verantwoordelijk voor antigen herkenning door de hypervariabele loops.
- Ze kunnen zowel specifiek zijn voor lineaire als conformationele epitopen.
- Ze kunnen gelinkt worden aan toxines om zo dingen uit te schakelen.

Wat voor soort membraantransporters zijn er dus?

- beta barrel
- meerdere  alfahelixen

Welke methoden zijn er om eiwit beweging te volgen?

- FRET
- crystallografie
- circulaire dichroisme

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers waar je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo