Startpagina / Samenvattingen / Class notes - farmacochemie & spectroscopie / energie-temperatuur-beweging

Biophysics in drug discovery II

12 belangrijke vragen over Biophysics in drug discovery II

Wat is thermal motion?

Het gaat hierbij om de willekeurige beweging van moleculen, atomen, elektronen of andere subatomische delen. Tegengesteld aan de zichtbare wereld, is er in de atomische wereld voortdurend beweging van atomen bij alle temperaturen boven absoluut 0 (-273,15 graden celcius). De thermische beweging van deze deeltjes stijgt als de temperatuur van deze deeltjes ook stijgt en is vastgelegd in de wetten van de thermodynamica. Deze kleine deeltjes volgen niet dezelfde regels als de grotere stoffen die zichtbaar zijn en die ze vormen.

Wat zeggen de wetten van de thermodynamica?

1e: materiaal en energie worden altijd bewaard.
2e: Een teruggang naar een vorige energie staat is onmogelijk omdat er dan energie ontsnapt uit het systeem dat nooit meer opnieuw kan worden gebruikt.
3e: absolute nulpunt kan niet worden bereikt.
Dit betekent dat thermische beweging een willekeurige beweging is die nooit eindigt en altijd verandert.

Wat is elastische verstrooiing?

Dit zijn botsingen waarbij alle kinetische energie/ vibrationele energie behouden blijft. Er wordt geen energie omgezet.

Wat is inelastische verstrooiing?

Bij deze botsingen is een gedeelte van de kinetische energie/ vibrationele energie omgezet naar andere energievormen (vb hitte, geluid) De andere energie blijft behouden.

Waarom is het van belang dat elastische technieken worden gebruikt bij biofysische analyse?

Dit is nauwkeuriger. Het monster wordt niet verstoord door de analyse.

Waar wordt differential scanning fluorimetrie voor gebruikt?

Het wordt gebruikt om kleine moleculen te kwantificeren. Handig voor target interacties.

Waarop is DSF gebaseerd?

Het is gebaseerd op een niet-fluorescente kleurstof ( sypro orange ). Deze kleurstof wordt gedoofd in een oplossing.

Wat is dus kortgezegd DSF?

Dit is een simpele methode die dmv fluorescentie meet wanneer een eiwit zich gaat ontvouwen. Het transitiemiddelpunt kan dan ook worden ontdekt. Het verschil in de temperatuur van dit middelpunt kan ook worden vergeleken met de aan- of afwezigheid van ligand. Dit is gerelateerd aan de bindingsaffiniteit van het kleine molecuul.

Wat is isothermal titration calorimetry?

Het geeft een complete beschrijving van de thermodynamica van de ligand binding. De Ka (bindingsaffiniteit), delta H en de stoichiometrie kunnen direct worden gemeten. Delta G en delta S kunnen a.d.h.v. worden berekend. Het vereist wel grote hoeveelheden materiaal en het wordt vaak als secundaire screening tool gebruikt in de drug discovery gebruikt.

Wat is differential scanning calorimetrie?

Het meten van een bepaalde hoeveelheid hitte dat vereist is voor het laten stijgen van de temperatuur van een monster. Bij fase transities is er meer hitte nodig om de temperatuur te laten stijgen. Het levert een grafiek op waarin de warmtecapaciteit is uitgezet tegen de temperatuur. Als in het monster een reactie plaats zal gaan vinden dan zal de temperatuur wat gaan afwijken. Het kan gebruikt worden om bijv. kristalisatie en smeltpunten te verkrijgen.

Wat is fluorescence polarisation?

Dit voorziet van informatie van moleculaire oriëntatie en mobiliteit. Handig voor receptor-ligand interacties, eiwit-DNA interacties enz. Het is gebaseerd op schattingen van rotatiebewegingen van intrinsieke of extrinsieke moleculen in oplossing. Het is een competitie tussen de fluorescente levensduur en de moleculaire beweging. Kleine moleculen bewegen sneller dan grote moleculen. langzame rotatie resulteert in een hoge fluroescentie die min of meer 1 richting uitgaat. snelle rotatie resulteert in lage fluorescentie die alle richtingen uit kan gaan.

Hoe kun je een experiment met fluorescentie polarisatie doen?

Als je wilt bepalen welke small molecule inhibitors er zijn van een protease. Als de protease een bepaald gelabeld substraat klijft dan geven deze kleinere substraten minder fluorescentie.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

farmacochemie & spectroscopie

Bekijk samenvatting

Een unieke studie- en oefentool
Nooit meer iets twee keer studeren
Haal de cijfers waar je op hoopt
100% zeker alles onthouden

Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.

Studiemateriaal generieke omslagafbeelding

Biophysics in drug discovery II

12 belangrijke vragen over Biophysics in drug discovery II

Wat is thermal motion?

Wat zeggen de wetten van de thermodynamica?

Wat is elastische verstrooiing?

Wat is inelastische verstrooiing?

Waarom is het van belang dat elastische technieken worden gebruikt bij biofysische analyse?

Waar wordt differential scanning fluorimetrie voor gebruikt?

Waarop is DSF gebaseerd?

Wat is dus kortgezegd DSF?

Wat is isothermal titration calorimetry?

Wat is differential scanning calorimetrie?

Wat is fluorescence polarisation?

Hoe kun je een experiment met fluorescentie polarisatie doen?

Samenvattingen die gerelateerd zijn aan Drugs, stereochemistry and molecular machines

Class notes - farmacochemie & spectroscopie

Campbell biology.

Biochemistry

Cellular and molecular immunology

Genetics

Lecture Notes: Human Physiology

aantekeningen en antwoorden op de vragen

Endocrinologie slides

Geneesmiddelen bij infecties en tumoren

Beeldvormende technieken

Medische celbiologie

geneesmiddelen van het centraal zenuwstelsel