Samenvatting: Functional Genomics | Oscar Kuipers

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van Functional Genomics | Oscar Kuipers

• 1 Functional Genomics

  Dit is een preview. Er zijn 7 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1
  Laat hier meer flashcards zien

• Hoe worden open reading frames gezocht?

  Door te zoeken naar stopcodons. 50+ aminozuren met één stopcodon wijst op een gen. 

• Welk DNA is meer coderend, prokaryoot of eukaryoot?

  Prokaryoot, deze hebben namelijk geen introns e.d.

• Wat is het annoteren van een gen?

  Het bepalen van de functie aan de hand van homologen.

• Wat is het nut van, en hoe werkt transcript profiling?

  Door middel van transcript profiling kan een wildtype met een mutant vergeleken worden qua genexpressie. Hierbij wordt van een probe het mRNA geïsoleerd en omgezet naar gelabeld cDNA, meestal groene of rode fluorescentie. Beide cDNA's worden in een array gehybridiseerd en het verschil in expressieniveau vergeleken. Door het bepallen van de volt difference wordt bepaald of de mutant gain-, danwel loss-of-function heeft in bepaalde genen.

• Wat is het verschil tussen transcript profiling en RNA-Seq?

  Bij RNA-Seq kan het RNA kwantitatief gesequenced worden, waaronder kleine regulatoire RNA's, die bij arrays niet gezien worden.

• 1.1 Case study transcriptomics

  Dit is een preview. Er zijn 3 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.1
  Laat hier meer flashcards zien

• CodY is een pleiotrope regulator. Bij aanwezigheid van veel GTP en BCAA's remt het de hydrolyse en opname van andere eiwitten. Hoe kan onderzocht worden welke genen het reguleert?

  Door een Knock-Out mutant te vergelijken met het wildtype. Zo kan gezien worden welke genen hun expressie wel verlagen in de WT, maar niet in de KO. Vervolgens kan de sequentie van de promoters van deze genen vergeleken worden, en kan van het meest homologe deel de geconserveerde regio bepaald worden: de binding motif. Dit is vaak een palindroom. 

• Hoe werkt een 2D gel shift, ofwel electroforese mobility shift (EMSA)?

  Van een probe wordt bekeken hoe het reageert op de aanwezigheid van een regulator. Als het eiwit minder snel doorloopt is het een goede shift.

• 1.2 ChIP-on-chip

• Waaroor staan ChIP en chip, en wat voor nut heeft ChIP-on-chip?

  ChIP staat voor chromatine immunoprecipation en chip voor een microarray-chip. Met ChIP-on-chip kan bepaald worden waar in het genoom het regulatie-eiwit bindt en het bewijst directe regulatie.

• Hoe werkt ChIP-on-chip?

  ChIP gebruikt antilichamen met een marker om gekozen eiwitten te identificeren. Het eiwit wordt ingebracht in een proefdier, waarna deze antilichamen aanmaakt. Deze antilichamen worden geïsoleerd en gelabeld. Ondertussen wordt het DNA-bindende eiwit gecrosslinked aan het DNA met formaldehyde. Het chromatine wordt geïsoleerd en het DNA (met gebonden eiwit) wordt in stukken gescheurd. De gelabelde antilichamen binden vervolgens aan de stukken DNA waar het eiwit aan vastzit en deze kunnen dan worden geïsoleerd en geamplificeerd. Daarna kan het ChIP DNA op een microarray gebracht worden om te zien waar het gelabelde antilichaam zit.

• Wat zijn de verschillen tussen ChIP-on-chip en ChIP-Seq?

  ChIP-Seq is een nieuwe techniek die een veel betere resolutie (één nucleotide) geeft. Bovendien heeft het slechts kleine hoeveelheden IP-DNA nodig, omdat er geen chip wordt gebruikt, maar het gelijk wordt gesequenced.