Startpagina / Samenvattingen / Gene editing / rnai-cellen-eiwit

Genomics

Q: Wat is het verschil tussen knock-out en knock-down?

knock-out: eiwit is compleet verdwenen > kan niet bij elk gen ( cel zal dood gaan) knock-down: een gen controleren/ reduceren > goede controles nodig tegen aspecifieke bindingen

32 belangrijke vragen over Genomics

Welke functies heeft miRNA?

celcyclus
celgroei of proliferatie
migratie of invasie

Is RNAi mogelijk in humane cellen?

Nee, omdat wij een immuunsysteem hebben. Het lichaam zou RNAi (dsRNA) herkennen als een virus, dus zal INF ( induceert apoptose) ingrijpen voordat RNAi het kan plaats vinden.

Wat maakt RNAi mogelijk in humane cellen?

RNAi werkt in cellen zonder INF reacties
dsRNA > 30 bp = INF reactie = celdood
dsRNA < 30 bp = RNAi

Wat is het verschil tussen knock-out en knock-down?

knock-out: eiwit is compleet verdwenen > kan niet bij elk gen ( cel zal dood gaan)
knock-down: een gen controleren/ reduceren > goede controles nodig tegen aspecifieke bindingen

Welke eigenschappen heeft RNAi?

RNAi is een zeer evolutionair geconserveerd proces van post-transcriptionele gene silencing
waarbij dsRNA, wanneer geïntroduceerd in een cel, zorgt voor sequentie-specifieke-degradatie van homologe mRNA sequenties
gevonden in een grote variatie van organismen
veel RNA silencing routes ontdekt in planten

Waartoe dient RNAi silencing in planten?

het gebeurt op transcriptionaal niveau (TGS), voorkomen of verdampen van transcriptie door DNA methylatie en chromatine modificaties, of;
het gebeurt op post-transcriptionaal niveau (PTGS)door RNA splitsing of transcriptionale repressie
endogene kleine RNA repetoiren van WT planten bevat 10% miRNA en 90% siRNA
grote diversiteit aan routes

Hoe kun je off-target effecten en ongewenste gene silencing voorkomen?

identificeer de sequence, vermijd genen met 5'-3' untranslated (UTR) sequencies
gebruik specifieke en/of nematode-induceerbare promotors om de expressie van siRNA in ongewenste delen van de plant te vermijden

Waarvoor stamcellen en tissue engeneering?

fundamenteel/ toegepast onderzoek
klinische therapiën
commercieel

Welke "natuurlijke" stamcelbronnen zijn er?

bevruchte eicellen ( = totipotent)
embryonaal ( = pluripotent)
volwassen of somatische cellen in het lichaam ( = Multi-pluripotent)

Wat zijn de voordelen van embryonale stamcellen in kweek?

ze komen uit blastocyten
zijn pluripotent
kunnen goed prolifereren ( > 6 maanden)

Wat zijn de nadelen van embryonale stamcellen in kweek?

bevat ethische bezwaren
tumor gevoelig
heeft een grote heterogeniteit tussen verschillende lijnen

Waardoor ontstaan verschillen tussen de embryonale stamcellijnen?

Door het patroon van imprinting en epigenetische modificatie

Wat zijn somatische stamcellen?

=> Adulte stamcellen
- hebben een snelle differentiatie
- moeilijk te verkrijgen

Hoe heten de cellen uit het beenmerg?

=> hematopoëtische stamcellen
- autologe en allogene transfusie is mogelijk
- veel cellen per punctie
- eenvoudig te verkrijgen

Wat is er nodig voor tissue engeneering?

celbron ( stamcellen, voorlopercellen)
extracellulaire matrix ( metalen, ceramics, synthetische polymeren, natuurlijke polymeren)
signaalmoleculen ( groeifactoren, medicijnen)
mechanische kracht

Waarom wordt er gebruik gemaakt van gentherapie?

Om correctie van een defect gen door introductie van functioneel genetisch materiaal in de target cellen mogelijk te maken

Wat zijn virale vectoren?

RNA virussen ( retro en lenti)
DNA virussen ( adeno, pox en herpes simplex)

Wat is het voordeel van virale vectoren?

Ze brengen hun RNA/DNA in de gastheer met zeer hoge efficiëntie
gastheercel brengt het nieuwe DNA tot expressie

Wat zijn de risico's van virale vectoren?

Defectieve virus partikels kunnen gecomplementeerd worden door wild-type virussen (bv. adenovirus, HIV)
Tropisme verandering
Infectie van kiembaan cellen (kiembaan transmissie)
Integratie virus op ongewenste plaats in het genoom (in de buurt van proto-oncogenen)
Ontstaan van chimere virussen

Wat zijn de kenmerken van retrovirussen/lentivirussen?

= Standaard retrovirussen Moloney murine leukemia virus (Mo-MLV)
•Infecteren alleen delende cellen
* Integratie in het genoom

Lentivirussen:
•Zijn afgeleid van HIV-1
•Zijn complexer dan andere retrovirussen
•Infecteren ook niet delende cellen
•Integratie in het genoom

Hoe te beginnen met bioethiek?

Kloppende achtergrondinformatie
Identificeer de patiënt en zijn opties ( recht verschilt pp + familie, professionals, lotgenoten)
Identificeer de risico's en voordelen ( gevolgen van een behandeling, gen interacties en off-target effects)

Wat zijn de kenmerken van IVF?

permanente verandering
verandering wordt in de vroege embryonale ontwikkeling gemaakt ( niet specifiek celtype)
voorkomen van geboortes van zieke kinderen
geen vereiste donor nodig

Wanneer wordt er gebruik gemaakt van NHEJ?

Bij deletie van een stuk DNA

Wanneer wordt er gebruik gemaakt van homologous repair?

Bij mutatie of insertie van een stuk DNA

Is homologous repair mogelijk in prokaryoten?

Heel soms, maar meestal verdwijnt het plasmide en blijft de bacterie chromosomaal leven en gaat de cel dood.

Wat is codon optimalisatie?

codon optimalisatie is wanneer je het codon, waarvan er meerdere kunnen coderren voor 1 aminozuur, dat het meeste voorkomt in dat organisme/eiwit wordt gebruikt. Zo wordt dat aminozuur zo vaak mogelijk gevormd en zorgt dat voor optimalisatie.

Waarom moet je altijd mRNA meting doen, en niet alleen eiwit meting?

Omdat het eiwit ook constant kan worden aangemaakt en afgebroken waardoor dat level hoger is dan dat er alleen wordt gekeken naar hoeveel eiwit er op dat moment aanwezig is.

Om te kijken of het op transcriptie of translatie niveau veranderd

Soms heb je niet de juiste antilichamen voor het gewenste eiwit

Waarom kijk je naar het fenotype van cellen na RNAi?

Om te zien of het transfecteren van het RNAi een kruisreactie ondergaat waardoor het fenotype kan veranderen, en of dit daadwerkelijk in verband staat met het toevoegen van RNAi of doordat RNAi reageert met een ander eiwit waardoor het fenotype kan veranderen.

Welke controles neem je mee bij een RNAi experiment?

onbewerkt plasmide gebruiken
cellen zonder transfectie
verschillende technieken gebruiken met bijbehorende controles
verschillende siRNA met dezelfde target

Welke genen zijn absoluut noodzakelijk voor een retrovirus en liggen op het viraal RNA?

reverse transcriptase, integrase (pol-gen), env-eiwitten ( bindingsplaats van het virus aan gastheercel oppervlak) en gag-eiwit ( maakt het virion zelf)

Aan welke 2 eigenschappen moet een virale gentherapie vector iig voldoen?

kunnen infecteren
kunnen repliceren ( specifiek virus maken, daarmee cel infecteren, er moet geen nieuw virus ontstaan)

Uit welke 3 gebieden bestaat een LTR?

= long terminal repeat: gen wordt opgenomen in genoom

U3 met GRE, enhancer en promotor
R (redundant) met een poly-A staart ter stabilisering van het mRNA
U5

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

Gene editing

Bekijk samenvatting

Een unieke studie- en oefentool
Nooit meer iets twee keer studeren
Haal de cijfers waar je op hoopt
100% zeker alles onthouden

Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.

Studiemateriaal generieke omslagafbeelding