Samenvatting: Genoom Deel 2

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van genoom deel 2

• 1 introductie genoom deel 2 (DNA)

  Dit is een preview. Er zijn 4 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1
  Laat hier meer flashcards zien

• Je kan DNA, RNA, eiwitten of processen op twee manieren bestuderen, welke twee?

  Je kunt het DNA, RNA, eiwit of proces bestuderen in de cel (dus in de ‘levende’ omgeving) (= in vivo)
  
  Je kunt het DNA, RNA of eiwit ook uit de cel halen en bestuderen in een reageerbuis (= in vitro)

• Wat zijn de verschillende DNA- RNA- analyse technieken en wat ze uiteindelijk aantonen? DNA (5) RNA (4)

  DNA:
  

  1. PCR - aanwezigheid
  2. restrictie-enzymen - aanwezigheid van een sequentie
  3. DNA-gelelectroforese - aanwezigheid
  4. sanger sequencing (dideoxy- sequencing) - sequnetie
  5. next Generation Sequencing - sequentie

  
  RNA:
  

  1. (in-situ) hybridisatie - aanwezigheid/ locatie
  2. cDNA maken - aanwezigheid/ sequentie (na sequencing)
  3. kwantitatieve RT-PCR (qPCR) - hoeveelheid
  4. RNAseq (RNA sequencing) - aanwezigheid/ hoeveelheid/ sequentie

• Wat is het basisprincipe van hybridisatie?

  Denaturatie: van dubbelstrengs enkelsstrengs maken.
  primer, probe of oligo: Alleen baseparing op de plek waar ze passen.
  Renaturatie: van enkelstrengs weer dubbelstrengs maken.

• Wat is PCR globaal?

  Met een forward en reverse primer die je aan het begin en einde van een sequentie zet die je wil vermeerderen. Die kan aan de 3'verlengen door de toegevoegde losse nucleotiden, zo maakt hij een kopie en kan heel veel herhaalt worden.

• Wat is het verschil als een restrictie-enzym een lineair DNA knipt of circulair?

  Lineair DNA:
  

  • 1 X knippen geeft 2 fragmenten 
  • 2 X knippen geeft 3 fragmenten

  
  
  circulair DNA:
  

  • 1 X knippen geeft 1 fragment
  • 2 X knippen geeft 2 fragmenten

• Sanger sequencing in het globaal?

  Een primer heb je (een sequentieprimer) en die kan alleen op paalde plekken binden en ook nog een kleine hoeveelheid ddNTP en als deze bind dan is er geen verlenging. In elk buisje is een soort ddNTP en normale nucleotiden en zo krijg je verschillende lengtes. De ouderwetse manier.
  
  
  Nu heeft elke ddNTP hebben een eigen fluorescerende kleur en dan weet je welke voor welke staat, een laser bepaalt als het er uitkomt de kleur en kan je bepaalde  wat het is 

• 1.1 RNA

  Dit is een preview. Er zijn 1 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.1
  Laat hier meer flashcards zien

• FISH (fluorescentie-in-situhybridisatie) in het globaal?

  Het aan kleuren van bepaalde sequenties in het genoom en zo kan je zien waar het zich bevindt in de cel en kunnen je afwijkingen onder de microscoop zien.
  
  Deze kleuring kan ook met eiwitten en zo kan je de eiwitten volgen waar ze naar toe gaan en of het mRNA überhaupt aanwezig is.
  
  in-situ hybridisatie = techniek om te kijken of het mRNA aanwezig is.

• 1.2 DNA- manipulatie technieken

  Dit is een preview. Er zijn 16 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.2
  Laat hier meer flashcards zien

• DNA- klonering in globaal

  Van elke plasmide weten we waar alle restrictie-enzymen kunnen knippen. 
  je hebt een plasmide die knip je open en uit een andere plasmide knip je het stuk wat je er in wil zetten. Die tussen de twee sticky ends past krijg je een plasmide die anders is en die kan je vermeerderen en onderzoeken mee doen

• Wat is multiple cloning site (MCS)?

  Dit is ook wel een polylinker genoemd. Het bevat voor vele restrictie enzymen één knipplaats.

• Site-directed mutagenesis met behulp van PCR in het globaal?

  PCR kan ook zorgen voor een mutatie, een pimer heeft dan een mismatch en elk ge nieuw gesynthetiseerde fragment heeft dus aan het eind of begin waar de primer zit een mismatch hebt dus een mutatie. Je hebt dan een plasmide met een verkeerde base (die je wilt hebben). De originele plasmide worden dan kapot geknipt, het restrictie-enzym DPN1 knipt een sequentie met methylering kapot te knippen en kapot te maken.
  
  je hebt dNTP's, polymerase en 2 primers nodig