Samenvatting: Genoom Tot Populatie

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van Genoom tot Populatie

• Hoorcollege 02 + 03 + 04

  Dit is een preview. Er zijn 5 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 01/03/2017
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat heb je nodig voor DNA replicatie?

  • Deoxynucleotidentrifosfaten (dATP, dCTP, dGTP en dTTP)
    
  • Enzym dat deoxyribose-fosfaat binding maakt: DNA polymerase, dit enzym doet ook aan proeflezen en knipt een eventueel verkeerde base er weer van af. 
  • DNA maakt je altijd van 5' naar 3' omdat de energie uit de 5' komt, 5' begint met een fosfaat. 
  • Dan wordt de fosfaten ervan afgeknipt in pyrofosfaat en dat valt weer uit een in 2 fosfaten waardoor de reactie irreversibel is.

• Wat voor soorten mutaties zijn er?

  • Insertie: invoegen van een base
  • Deletie: verwijderen van een base
  • Substitutie: vervangen van een base. Transitie is van purine naar purine, transversie is van purine naar pyrimidine. 
  • Niet synonieme substitutie: waardoor je een ander aminozuur krijgt. Dit kan missense (wel effect op functie) of neutral (geen effect op functie) zijn. 
  • Synonieme substitutie: zelfde aminozuur, geen effect
  • Non-sense: stopcodon, meestal wel effect op functie. 
  • Frame-shift, wordt veroorzaakt door een insertie of deletie waardoor je veel andere aminozuren krijgt dus effect op functie. 

• Wat zijn spontane oorzaken van puntmutaties?

  • Fouten bij replicatie (mismatch)
  • Deaminering (cytosine -> uracil)
  • Depurinering (deletie G of A)
  • Mutagenen kunnen lijken op basen (base analogs), base veranderen (base modifying) of tussen basen gaan zitten (intercalating).
  • UV-licht produceer thyminen dimeren 

• Wat voor mutatie systeem heb je om mutaties te voorkomen?

  1. Je moet de mutatie opsporen voordat ie permanent wordt
  2. DNA reparatie enzymen scannen DNA voortdurend op onregelmatigheden
  3. Dan wordt de foute base weg geknipt
  4. T is in de evolutie ontstaan om deaminaties in DNA te kunnen repareren
  5. Dan repareer je het weer met DNA polymerase
  6. Gat maak je dicht met ligase

• Wat is het voordeel van eerst RNA maken voordat je een eiwit maakt?

  RNA is enkelstrengs en kan intermediare bindingen vormen met zichzelf. Ook kun je door RNA veel sneller meerdere eiwitten maken. RNA wordt gemaakt met RNA polymerase die DNA als template gebruikt. Hij heeft dan ook geen helicase en ligase nodig. Dit heet transcriptie. Na 10 basen transcriptie breekt het RNA weer af. Hij heeft nucleotiden nodig in plaats van deoxynucleotiden en heeft geen primer nodig.

• Welke soorten RNA heb je?

  • mRNA, bevat code
  • tRNA, transfer RNA, is een adapter
  • rRNA, ribosomaal RNA, maakt deel uit van de translatie machine
  • micro RNA, regulatie hoeveelheid eiwit
  • non coding RNA's bij bijvoorbeeld splicing
  • Zijn allemaal betrokken bij het maken van eiwit. 

• Hoe weet je welke streng de coding streng is bij transcriptie?

  Het coding gedeelte ligt op de DNA streng die links 3'heeft en rechts 5 omdat transciptie verloopt van 5 naar 3 dus op de tegenovergestelde streng. Maar de RNA polymerase gaat zitten op de 3 naar 5 kant en gaat ook in die richting. De RNA polymerase weet dit door een promoter, een stukje DNA wat de richting en het begin van de transcriptie bepaalt. De promoter wordt herkend door algemene transcriptiefactoren.

• Waarin verschilt bacteriële transcriptie van transcriptie in eukaryoten?

  • Eukaryoten hebben 3 RNA polymerases in plaats van 1. 1 en 3 worden gebruikt voor de transcriptie van tRNA en rRNa terwijl 2 wordt gebruikt voor transcriptie van genen en miRNA.
  • RNA polymerase van eukaryoten heeft transcriptie factoren nodig om de transcriptie te starten, die eerst moeten binden aan de promoter, samen met polymerase. Deze transcriptiefactoren breken ook de DNA strand open voor de polymerase en zijn dus vergelijkbaar met de sigma factor in bacteriën. 
  • Door regulatie DNA sequenties kunnen eukaryoten aan meer complexe transcriptie doen dan bacteriën.

• Wat moet er met RNA gebeuren voordat het de cel uit kan?

  • RNA capping verandert het 5' uiteinde van het RNA transcript en voegt een G met een methyl groep toe, dit gebeurt na ongeveer 25 nucleotiden terwijl het stuk RNA nog niet klaar is. 
  • Polyadenatie zorgt voor een speciale structuur aan het 3' einde van een stuk mRNA, deze structuur wordt een poly-A staart genoemd en is een paar 100 nucleotiden lang. Deze modificaties worden gedaan om de stabiliteit van de mRNA te verhogen en het makkelijk te maken om de mRNA naar het cytosol te brengen. 

• Hoe herkent een tRNA zijn bijbehorende aminozuur?

  Door middel van enzymen genaamd aminoacyl-tRNA synthesases. Elk enzym herkent de specifieke bases in het anticodon en de aminozuur accepterende arm in het tRNA.