Startpagina / Samenvattingen / Class notes - Genoom / dna-dna-polymerase-nucleotide

E-modules en boek - DNA replication, repair en recombination - DNA replicatie mechanisme

Q: De hoge betrouwbaarheid van DNA-replicatie vereist verschillende proofreading mechanismen, DNA-polymerase heeft twee sites, leg die uit?

DNA-polymerase heeft twee mechanismen om ervoor te zorgen dat de juiste nucleotide wordt ingebouwd. Ten eerste is in de polymerisatiereactie de affiniteit voor de juiste nucleotide groter dan voor de verkeerde nucleotiden en gaat de vereiste conformatieverandering van het enzym ook makkelijker als de juiste nucleotide gebonden is aan DNA-polymerase (5’-3’ polymerase). Ten tweede heeft DNA-polymerase 3’-5’ exonuclease activiteit waarmee het verkeerd ingebouwde nucleotiden, dus zonder goed gebasepaarde 3’-OH-kant, weghaalt.

Q: RNA primer moleculen en speciale enzymen er omheen?

DNA-primase maakt korte RNA-primers die als startpunt voor DNA-polymerase dienen op de lagging-strand. DNA-primase is dus een RNA-polymerase . Als het fragment klaar is, wordt de RNA-primer vervangen door DNA en plakt DNA-ligase de Okazaki-fragmenten aan elkaar. De leading strand heeft maar 1 primer nodig, bij de start van transcriptie. Het is de novo DNA-RNA hybride , omdat deze interactie zwakker is en dan makkelijker ter vervangen is door DNA. Nuclease en repair DNA-polymerase zijn ook van belang.

Q: Een sliding clamp zorgt ervoor dat een bewegende DNA-polymerase op het DNA blijft, hoe gebeurd dit?

Een ‘glijdende’ ring ( sliding clamp ) zorgt ervoor dat de bewegende DNA-polymerase op het DNA blijft. De clamp loader is nodig om de sliding clamp op de RNA-primer te plaatsen. Dit kost ATP . Als de sliding clamp gepositioneerd is op de RNA-primer dient deze als ‘ landingsplaats ’ voor DNA-polymerase .

Q: DNA topoisomerases voorkomen dat het DNA in de knoop gaat en breekt, wat lost het op?

DNA-topoisomerases zorgen ervoor dat het DNA niet opkrult tijdens de replicatie, oftewel ze lossen het winding problem op.

Q: Hoe werkt topoisomerase I?

Topoisomerase I maakt een enkelstrengs breuk , waardoor de helix aan beide kanten van de breuk vrij kan draaien (Figuur 5-22). Dit kost geen ATP, omdat topoisomerase een reversibele reactie aangaat met de fosfaatgroep in het DNA . Topoisomerase I gaat eerst een non covalente binding aan met DNA en dan pas een covalente binding met de fosfordiester binding en zo krijg je een knip. Die covalente bidning gaat die aan met de tyrosine van topoisomerase I en zorgt er dus voor dat de energie wordt verplaats en later weer gebruikt kan worden om de backbone heel te maken.

6 belangrijke vragen over E-modules en boek - DNA replication, repair en recombination - DNA replicatie mechanisme

De hoge betrouwbaarheid van DNA-replicatie vereist verschillende proofreading mechanismen, DNA-polymerase heeft twee sites, leg die uit?

DNA-polymerase heeft twee mechanismen om ervoor te zorgen dat de juiste nucleotide wordt ingebouwd. Ten eerste is in de polymerisatiereactie de affiniteit voor de juiste nucleotide groter dan voor de verkeerde nucleotiden en gaat de vereiste conformatieverandering van het enzym ook makkelijker als de juiste nucleotide gebonden is aan DNA-polymerase (5’-3’ polymerase). Ten tweede heeft DNA-polymerase 3’-5’ exonuclease activiteit waarmee het verkeerd ingebouwde nucleotiden, dus zonder goed gebasepaarde 3’-OH-kant, weghaalt.

DNA replicatie in de 5- 3’ richting zorgt voor efficiënt corrigeren van fouten, waarom is 3'- 5' niet mogelijk?

Alleen wanneer DNA gerepliceerd wordt van 5’ tot 3’, kunnen fouten efficiënt worden hersteld. Stel, het DNA zou van 3’ tot 5’ gerepliceerd worden, dan zit de activerende trifosfaat verbinding aan het uiteinde van de nieuwe DNA streng, i.p.v. in de nieuwe nucleotide. Wanneer er in deze situatie een foute nucleotide ’weg gehydrolyseerd’ wordt, blijft er een kale 5’-kant over, waaraan geen nieuwe nucleotide gekoppeld kan worden. Het repliceren van het DNA wordt dan gestopt.

RNA primer moleculen en speciale enzymen er omheen?

DNA-primase maakt korte RNA-primers die als startpunt voor DNA-polymerase dienen op de lagging-strand. DNA-primase is dus een RNA-polymerase. Als het fragment klaar is, wordt de RNA-primer vervangen door DNA en plakt DNA-ligase de Okazaki-fragmenten aan elkaar. De leading strand heeft maar 1 primer nodig, bij de start van transcriptie. Het is de novo DNA-RNA hybride, omdat deze interactie zwakker is en dan makkelijker ter vervangen is door DNA.

Nuclease en repair DNA-polymerase zijn ook van belang.

Een sliding clamp zorgt ervoor dat een bewegende DNA-polymerase op het DNA blijft, hoe gebeurd dit?

Een ‘glijdende’ ring (sliding clamp) zorgt ervoor dat de bewegende DNA-polymerase op het DNA blijft. De clamp loader is nodig om de sliding clamp op de RNA-primer te plaatsen. Dit kost ATP. Als de sliding clamp gepositioneerd is op de RNA-primer dient deze als ‘landingsplaats’ voor DNA-polymerase.

DNA topoisomerases voorkomen dat het DNA in de knoop gaat en breekt, wat lost het op?

DNA-topoisomerases zorgen ervoor dat het DNA niet opkrult tijdens de replicatie, oftewel ze lossen het winding problem op.

Hoe werkt topoisomerase I?

Topoisomerase I maakt een enkelstrengs breuk, waardoor de helix aan beide kanten van de breuk vrij kan draaien (Figuur 5-22). Dit kost geen ATP, omdat topoisomerase een reversibele reactie aangaat met de fosfaatgroep in het DNA. Topoisomerase I gaat eerst een non covalente binding aan met DNA en dan pas een covalente binding met de fosfordiester binding en zo krijg je een knip. Die covalente bidning gaat die aan met de tyrosine van topoisomerase I en zorgt er dus voor dat de energie wordt verplaats en later weer gebruikt kan worden om de backbone heel te maken.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

Genoom

Bekijk samenvatting

Een unieke studie- en oefentool
Nooit meer iets twee keer studeren
Haal de cijfers waar je op hoopt
100% zeker alles onthouden

Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.

Studiemateriaal generieke omslagafbeelding

E-modules en boek - DNA replication, repair en recombination - DNA replicatie mechanisme

6 belangrijke vragen over E-modules en boek - DNA replication, repair en recombination - DNA replicatie mechanisme

De hoge betrouwbaarheid van DNA-replicatie vereist verschillende proofreading mechanismen, DNA-polymerase heeft twee sites, leg die uit?

DNA replicatie in de 5- 3’ richting zorgt voor efficiënt corrigeren van fouten, waarom is 3'- 5' niet mogelijk?

RNA primer moleculen en speciale enzymen er omheen?

Een sliding clamp zorgt ervoor dat een bewegende DNA-polymerase op het DNA blijft, hoe gebeurd dit?

DNA topoisomerases voorkomen dat het DNA in de knoop gaat en breekt, wat lost het op?

Hoe werkt topoisomerase I?

Samenvattingen die gerelateerd zijn aan Mijn lesaantekeningen - eiwitinteracties en DNA-interacties

Class notes - Genoom

Human Physiology An Integrated Approach, Glo…

Statistiek

Organische Chemie

MBOC

Orgaansystemen

Weefsels

Fysische chemie

MMK

Human monogenetic diseases

genoom deel 2

eiwitten en moleculen