Startpagina / Samenvattingen / Class notes - Genoom / transposon-dna-transposons

E-modules en boek - transposties en conservatieve site-specifieke recombinatie

Q: DNA-only transposon, wat is het en functie?

DNA-only transposons maken gebruik van het enzym transposase om via een knip-en-plak mechanisme op een andere plek terecht te komen. Het transposon wordt letterlijk geknipt vanuit één plek op het genoom en weer ingevoegd op een andere plek. Hiervoor zijn korte inverted repeat sequences nodig aan de zijkanten van het transposon-DNA, zodat de transposon een loop kan maken en er uit geknipt kan worden. Na de transpositie ontstaan korte duplicaties van target-DNA aan de flanken van het geïntegreerde transposon

Q: Retroviral-like retrotransposons, wat is het en de functie?

Retroviral-like retrotransposons werken op dezelfde manier als retrovirussen. Ze coderen voor een eigen reverse transcriptase . Dit enzym maakt eerst een dubbelstrengs DNA-kopie van het RNA-transcript van het transposon, via een hybride DNA-RNA-intermediair . Dit stuk dubbelstrengs DNA wordt door integrase geïntegreerd in het genoom. Deze integrase wordt ook gecodeerd door het transposon. RNA intermediar wordt gestimuleerd door promotor in het LTR.

Q: Conservative Site-Specific Recombination? Wat is het en functie?

Conservative Site-Specific Recombination zorgt ook voor verplaatsing van DNA-elementen, maar het verschil met transpositie is dat bij conservative site specific recombination zowel het donor, als het target DNA specifieke sequenties moet bevatten, terwijl bij transpositie alleen de transposon specifieke DNA sequenties moet bevatten.

7 belangrijke vragen over E-modules en boek - transposties en conservatieve site-specifieke recombinatie

Wat zijn transposons en welke 3 zijn er?

Sommige stukken DNA kunnen naar andere plekken in het genoom verplaatsen, zonder dat daar grote sequentie homologie voor nodig is. In het geval van transpositie heten deze mobiele elementen transposons of transposable elements. Transposons coderen meestal zelf voor het enzym transposase, dat specifieke sequenties aan het uiteinde van de transposon herkent en deze inserereert in het target DNA. Transposons kunnen in drie groepen worden ingedeeld: DNA-only transposons, retroviral-like transposons en nonretroviral retrotransposons

DNA-only transposon, wat is het en functie?

DNA-only transposons maken gebruik van het enzym transposase om via een knip-en-plak mechanisme op een andere plek terecht te komen. Het transposon wordt letterlijk geknipt vanuit één plek op het genoom en weer ingevoegd op een andere plek. Hiervoor zijn korte inverted repeat sequences nodig aan de zijkanten van het transposon-DNA, zodat de transposon een loop kan maken en er uit geknipt kan worden. Na de transpositie ontstaan korte duplicaties van target-DNA aan de flanken van het geïntegreerde transposon

Heo bewegen DNA-only transposons, bv helitrons?

Sommige DNA-only transposons gebruiken geen cut-and-past mechanismen maar kopiëren zichzelf en laten de originele sequentie op zijn plek. Een voorbeeld hiervan zijn helitrons, die coderen voor een transposase dat functioneert als sequentie-specifiek nuclease en helicase (zie Figure 5-60). Vaak nemen ze bij hun transpositie een stuk naastgelegen genomisch DNA mee. Daardoor hebben ze een grote rol gespeeld in de evolutie, waarin het ontstaan van genetische variatie essentieel is.

Bepaalde virussen gebruiken transpostie om zich zelf in het genoom van de gastheer te vestigen, hoe doen ze dat?

Voor veel virussen is transpositie essentieel, met name voor retrovirussen (zoals HIV). Retrovirussen brengen hun eigen virusgecodeerde reverse transcriptase mee in het virusdeeltje om hun RNA-genoom om te zetten in DNA in de gastheercel. Ze coderen voor een integrase dat het DNA-genoom vervolgens integreert in het gastheergenoom (een integrase is dus een virus-gecodeerde transposase). Vanuit dit geïntegreerde DNA gebruikt het virus de replicatiemachine van de cel om nieuwe virusdeeltjes te maken in vorm van RNA en ook eiwitten die daar bij nodig zijn.

Retroviral-like retrotransposons, wat is het en de functie?

Retroviral-like retrotransposons werken op dezelfde manier als retrovirussen. Ze coderen voor een eigen reverse transcriptase. Dit enzym maakt eerst een dubbelstrengs DNA-kopie van het RNA-transcript van het transposon, via een hybride DNA-RNA-intermediair. Dit stuk dubbelstrengs DNA wordt door integrase geïntegreerd in het genoom. Deze integrase wordt ook gecodeerd door het transposon. RNA intermediar wordt gestimuleerd door promotor in het LTR.

Nonretroviral retrotransposons zijn verantwoordelijk voor een groot deel van het humane genoom, hoe doen ze dat en wat is de functie en proces?

Nonretroviral retrotransposons zijn verantwoordelijk voor een groot deel van de repeats die je aantreft in de genomen van veel gewervelde dieren. Nonretroviral retrotransposons coderen voor een reverse transcriptase/endonuclease complex. Voor transpositie wordt het target-DNA geknipt door de endonuclease en het 3’-OH -uiteinde dat dan ontstaat wordt als primer gebruikt voor reverse transcriptase om het RNA in dubbelstrengs-DNA om te zetten. Hierdoor zit het transposon-DNA al meteen vast aan het target-DNA

Conservative Site-Specific Recombination? Wat is het en functie?

Conservative Site-Specific Recombination zorgt ook voor verplaatsing van DNA-elementen, maar het verschil met transpositie is dat bij conservative site specific recombination zowel het donor, als het target DNA specifieke sequenties moet bevatten, terwijl bij transpositie alleen de transposon specifieke DNA sequenties moet bevatten.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

Genoom

Bekijk samenvatting

Een unieke studie- en oefentool
Nooit meer iets twee keer studeren
Haal de cijfers waar je op hoopt
100% zeker alles onthouden

Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.

Studiemateriaal generieke omslagafbeelding

E-modules en boek - transposties en conservatieve site-specifieke recombinatie

7 belangrijke vragen over E-modules en boek - transposties en conservatieve site-specifieke recombinatie

Wat zijn transposons en welke 3 zijn er?

DNA-only transposon, wat is het en functie?

Heo bewegen DNA-only transposons, bv helitrons?

Bepaalde virussen gebruiken transpostie om zich zelf in het genoom van de gastheer te vestigen, hoe doen ze dat?

Retroviral-like retrotransposons, wat is het en de functie?

Nonretroviral retrotransposons zijn verantwoordelijk voor een groot deel van het humane genoom, hoe doen ze dat en wat is de functie en proces?

Conservative Site-Specific Recombination? Wat is het en functie?

Samenvattingen die gerelateerd zijn aan Mijn lesaantekeningen - eiwitinteracties en DNA-interacties

Class notes - Genoom

Human Physiology An Integrated Approach, Glo…

Statistiek

Organische Chemie

MBOC

Orgaansystemen

Weefsels

Fysische chemie

MMK

Human monogenetic diseases

genoom deel 2

eiwitten en moleculen