Startpagina / Samenvattingen / Histologie en genetica / generation-polymorfismen-genetisch

Mutaties - Detectie en meting van genetische variatie

6 belangrijke vragen over Mutaties - Detectie en meting van genetische variatie

Wat zijn single-nucleotide polymorfismen (SNPs)?

Single nucleotide polymorphisms (SNP's) zijn varianten in het DNA van één enkele nucleotide lang (single nucleotide variant = SNV). Op één plaats in het genoom kan men bij verschillende mensen een ander nucleotide aantreffen. SNP's of SNV's kunnen, wanneer ze voorkomen in functionele DNA-sequenties, erfelijke ziekten veroorzaken, hoewel de meeste onschadelijk zijn. SNPs kunnen een knipplaats veroorzaken. Dat worden dan restriction fragment length polymorphism (RFLP) genoemd. Deze genetische variatie kan gedetecteerd worden met bv de Southern blot.

Wat zijn enkele toepassingen van polymorfismen?

- DNA fingerprinting
- Farmacogenomica: welk geneesmiddel is meest efficient voor patiënt, minste nevenwerkingen
- Maken van genetische kaarten/opsporen van ziektegenen

Bacteriën kunnen worden gebruikt om duizenden gekloonde kopieën te maken van de gelabelde probes die bij Southern-blotting worden gebruikt. Dit proces is echter tijdrovend en vereist een relatief grote hoeveelheid DNA van de proefpersoon. Wat is een alternatieve methode?

Een alternatieve methode is polymerase chain reaction (PCR) om snel kleine, specifieke stukjes DNA-sequentie te repliceren.

Hoe kan de DNA-sequentie nog worden afgelezen?

Elk van de vier verschillende nucleotiden kan worden gelabeld met een fluorochroom. De DNA-fragmenten ondergaan dan gelelektroforese door een zeer dunne polyacrylamidegel of door een dun capillair buisje . Ze komen langs een laser, waarna het uitgezonden licht wordt opgevangen door een digitale camera en omgezet in een elektronisch signaal. Hierdoor wordt er een samengesteld gelbeeld gegenereerd. Dit gelbeeld wordt geanalyseerd om een grafiek te produceren waarin elk van de vier verschillende nucleotiden wordt weergegeven door een verschillend gekleurde piek.
Geautomatiseerde sequencers kunnen ook worden aangepast voor het testen van STR's, polymorfismen met één nucleotide en andere soorten polymorfismen.

Wat zijn voor- en nadelen van second generation sequencing?

Voordelen:
- Snel een uitgebreide diagnostiek
- Mogelijkheid tot het onderzoeken of er een genetische oorzaak is

Nadelen:
- Meer kennis nodig over betekenis van genetische variaties
- Kwaliteit, nauwkeurigheid

Wat is third generation sequencing?

Third generation sequecing omvat de directe sequentiebepaling van afzonderlijke DNA-moleculen, omdat ze geen PCR-amplificatie vereisen, vermijden ze PCR-geïnduceerde replicatiefouten. Bovendien levert deze methode veel langere sequencing-lezingen op (> 10 kb). Dit vergemakkelijkt de analyse van grote of repetitieve structurele varianten die problemen opleveren voor korte-leestechnologie. Deze technieken zijn over het algemeen duurder dan de huidige second generation sequencing techniek.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

Histologie en genetica

Bekijk samenvatting