Startpagina / Samenvattingen / Class notes - introduction to bioinformatics / blast-output-sequences

Homology searchers: BLAST and PSI-BLAST

4 belangrijke vragen over Homology searchers: BLAST and PSI-BLAST

Als je alleen sequences van kinderen hebt en je geen sequence hebt van de voorouder hoe ga je dan te werk?

Sequence alignment. Aan de hand van sequence alignment kan je namelijk erg goed kijken wat er bewaard is en wat niet. Het gene wat bewaard is is belangrijk voor de vorm en functie en zal waarschijnlijk ook bij de ouders zitten.

Wat is BLAST? En hoe ziet een Blast output eruit?

Dit is een dataset methode. ( soort google maar dan voor sequences) Het kan sequence alignement maken maar dan heel snel. Bij BLAST worden homologous protein sequences aligned om te kijken wat er conserved is en wat niet.

In deze afbeelding is te zien dat sommige alles overeenkomt en sommige maar kleine delen. De rode zijn altijd erg goede matches, zwart best wel slecht. Je kan in detail kijken en kijken welke echt overeenkomen.

Wat is de input, output en parameters van de BLAST?

Input:
Query sequences
Database

Output:
E value ( aan de hand hiervan kan worden gekeken of het een verongeluk finding is of niet)
Bitscore
Alignment

Parameters:
Reporting e-value threshold
Substituion matrix
Gap penalties
Word size.

Wat is PSI blast?

Het is voornamelijk een data base om verre afstand matches te vinden. Ook wel distant homology genoemd. Het is een meer gevoeligere search.

Ze doen meer gewicht op de conserved gebieden om te kijken naar distant homology.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

introduction to bioinformatics

Bekijk samenvatting