Samenvatting: Kwantitatieve Moleculaire Biologie

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van Kwantitatieve Moleculaire Biologie

• College 1: Introductiecollege

  Dit is een preview. Er zijn 6 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 09/11/2020
  Laat hier meer flashcards zien

• Op basis van welke kenmerken kies je een methode?

  • Preciesie (standaard deviatie)
    
  • Hoeveelheid monster
  • Concentratiegebied
  • Hoeveelheid secundaire componenten
  • Hoeveel te analyseren monsters
  • Bias (standaard fout)
  • Snelheid
  • Vaardigheden

• Noem een aantal klassieke chemische methodes

  Scheiding van componenten: precipitatie, extractie, distillatie
  
  Kwalitatieve analyse: reactie met stoffen die leiden tot verandering in kleur, kook- of smeltpunt, oplosbaarheid, etc.
  Kwantitatieve analyse: massa, volume

• Welke chemische en fysische eigenschappen kunnen gemeten worden met welke instrumentele methodes?

  • Emissie van straling: emissiesprectroscopie (X-ray, UV, visible, electron), fluorescentiemicroscopie
  • Absorptie van straling: spectrofotometrie en fotometrie (X-ray, UV, visible, IR), nuclear magnetisch resonance
  • Verstrooiing van straling: turbidometrie, (Dynamic or static) Ligh Scattering
    
  • Diffractie van straling: X-ray, elektronendiffractiemethodes
  • Rotatie van straling: polarimetrie, cicrculair dichroisme
  • Kracht: atoomkrachtmicroscopie, optisch/magnetisch pincet, flow stretching

• Waardoor kan je een systematische fout corrigeren en hoe bereken je die?

  Door calibratie of een blanco-meting. 'delta'= µ - 'tau'

• Wat bepaalt de keuze voor een methode?

  1. Definitie van het probleem
  

  • Precisie methode
  • Hoeveelheid monster (beschikbaar)
  • Hoeveelheid monster (analyse)
  • Beschikbaar concentratiegebied
  • Secundaire componenten in monster

  2. Instrumentele methode:
  

  • Precisie
    - σ = standard deviation, STD = sqrt((sum 
    - standard error of the mean = Sm = SEM = s/sqrt(N)

  • Bias (systematische fout)
    - calibratie
    - blanco metingen
  • Detectielimiet
    - LOD (Cm) = limit of detection
  • Dynamic range 
    - LOQ = limit of quantitative measurement
    - LOL = limit of linear response

• Wat is de LOQ, LOL en LOD

  LOQ= daaronder niet betrouwbaar
  LOL= daarboven niet betrouwbaar
  LOD= detectielimiet

• Wat is het verschil tussen een externe standaard en een interne standaard?

  De externe standaard wordt bepaald los van het monster  en levert een waarde op basis van het signaal. De interne standaard wordt toegevoegd aan het monster en compenseert voor systematische en toevallige fouten

• Wat is een biologische replica en een technische replica?

  Biologisch is meerdere keren het monster maken. Technisch is meerdere keren het monster meten.

• Hoe krijg je betrouwbare metingen?

  Precieze kwantitatieve meetmethodes gebruiken
  Herhaling: duplo's, triplo's
  

  • onafhankelijke experimenten geven inzicht op monster-monster variatie (biologische replica's)
  • meting herhalen op zelfde monster levert preciezere bepaling (technische replica's)

  Statistische analyse

• Hoe wordt betrouwbaarheid uitgedrukt?

  In de 'fout':
  

  • standaarddeviatie: maat voor spreiding binnen onafhankelijke monsters (onafhankelijk voor aantal monsters, N) 
  • standard error of the mean: maat voor nauwkeurigheid van gemeten gemiddelde (afhankelijk van aantal monsters, N)
    SEM =  σ / sqrt(N)