Kwantitatieve analyse van DNA: DNA topologie
6 belangrijke vragen over Kwantitatieve analyse van DNA: DNA topologie
Wat gebeurt er bij DNA supercoiling?
Het ontstaat door topologische spanning.
Welke enzymen lossen supercoiling op?
I verbreekt maar 1 van de DNA-strengen (lost helixrotatie op), II verbreekt ze allebei (lost supercoilvorming op)
Waar leiden veranderingen in topologie (Lk) toe?
Linking number: Lk = aantal keer dat de individuele strengen om elkaar heen zijn gewonden. Dit kan alleen veranderen (in het geval van fixed ends) met topoisomerase.
Tw: twist; totaal aantal keer dat de individuele strengen om elkaar heen zijn gewonden.
Wr: writhe; aantal keer dat de DNA helix om zichzelf heen is gewonden (superhelix)
Lk = Tw + Wr
ΔLk = ΔTw + ΔWr
Soorten topologisch DNA: relaxed, untwisted (-4), plectonemic (supercoil), toroidal supercoil (om een donut, -4, bv DNA om een eiwitkern)
σ = (ΔLk) / Lk (-0,06 in E. Coli-DNA) = specific linking distance
- Hogere cijfers + sneller leren
- Niets twee keer studeren
- 100% zeker alles onthouden
Hoe benaderen we DNA-topologie in de praktijk?
Dus onderaan: supercoiled, bovenaan: open circulair (of relaxed) (beneden=ver)
Wr=0=bovenaan, Wr<>0=onderaan
Intercalators (bv. EtBr) zorgen voor veranderingen in de geometrie (maakt de Wright hoger). Met intercalator loopt het DNA dus verder over de gel als Lk>=0 en minder ver als Lk=<0
Waarover kan controle over en meten van de mate van supercoiling mogelijkheid geven om topoisomeraseactiviteit te bestuderen?
Enzyme turnover = aantal verwijderde supercoils als funcie van ATP-concentratie per seconde, gedeeld door 2 (omdat elke enzymatische stap twee supercoils verwijdert)
Bij een lage ATP-concentratie is de activiteit zo laag dat de individuele katalytische stappen te onderscheiden zijn. De grootte van stappen is een reflectie van het mechanisme (verandering van 1 of 2 supercoils per keer => 1 supercoil per keer is rotatiemechanisme (TopoI), 2 supercoil per keer is strand passage mechanisme (TopoII))
Wat is open circulair DNA?
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden