Mass Spectrometry (MS)-Based Structural Biology - Cross-Linking MS
6 belangrijke vragen over Mass Spectrometry (MS)-Based Structural Biology - Cross-Linking MS
Welke drie aspecten van de structuur van een eiwit kun je achterhalen met XLMS?
2. Lokeren van eiwit binding interfaces
3. Lage resolutie informatie van drie-dimensionele structuur verkrijgen
Hoe verloopt de workflow van XLMS?
Welke factoren zijn van invloed op het XLMS experiment en moeten worden geoptimaliseerd?
- Incubatie temperatuur (vaak kamertemperatuur ) & tijd
- Buffer compositie & pH
- Hogere cijfers + sneller leren
- Niets twee keer studeren
- 100% zeker alles onthouden
Hoe verloopt de cross-linking reactie?
Hoe kan men ervoor zorgen dat de complexiteit wordt verminderd en het product wordt verrijkt bij een XLMS experiment?
Op peptide level kan dit worden gedaan met peptide -SEC of IEX. Dit wordt gedaan met deze vormen van chromatografie omdat de meest informatieve type crosslinker (de intra- en intermoleculaire contacten) het grootst en meest geladen zijn. Ook kan er bij cross-linker gebruik worden gemaakt van een affiniteits tag, dus kan er ook AP worden gedaan.
Welk probleem loop je tegen aan bij data analyse bij XLMS en hoe kan dit worden opgelost?
Dit kan makkelijker worden gemaakt door gebruik te maken van isotoop labeled crosslinkers en deze door het isotooppatroon te kunnen herkennen dus te identificeren. Een andere manier is door de corsslinker te labelen met een makkelijk te fragmenteren label. Hierdoor kan je deze herkennen in je MS2 spectrum en hierop selecteren en een MS3 uitvoeren en dus de n^2 naar n weer brengen.
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden