Mass Spectrometry (MS)-Based Structural Biology - Hydrogen-Deuterium Exchange (HDX)-MS - Analyzing HDX-MS Data
3 belangrijke vragen over Mass Spectrometry (MS)-Based Structural Biology - Hydrogen-Deuterium Exchange (HDX)-MS - Analyzing HDX-MS Data
Wat kan er met HDX worden bepaald wat betreft de eiwit structuren?
Met HDX wordt de incorporatie van deuterium bepaald tussen twee verschillen staten van een eiwit. Dit kan verschillende eiwit conformaties zijn of ligand-gebonden of ligand-ongebonden vormen van een eiwit.
Hoe verloopt de analyse van een HDX experiment?
Eerst wordt het eiwit bepaald met een bottom-up experiment (MS1 & MS2, vervolgens data search). Vervolgens worden de deels exchanged peptiden geïdentificeerd door te vergelijken met de LC elutie tijden. Hoe meer peptiden door digestie van beide statussen, hoe meer er zijn voor vergelijking en hoe meer informatie er kan worden opgedaan. Dan wordt de hoeveelheid %D opgenomer per peptide = deuterium opname (Da)/(n aminozuren - N-terminus - n prolines) bepaald.
Hoe kan je ervoor zorgen dat je goed kan bepalen waar je deuterium labels zitten?
De resolutie is een belangrijke factor en is afhankelijk van de lengte van de geanalyseerde peptiden (5-10 aminozuren). Peptides die overlappen geven vertrouwen en helpen het aantal regio's te verlagen van deuterium opname. Alleen hierbij moet worden rekening gehouden dat elk peptide een andere backexchange heeft, dit is afhankelijk van de sequentie en lengte van het peptide. Om de resolutie te verbeteren kan er gebruik worden gemaakt van een andere fragmentatie techniek zoals ETD, deze heeft niet het probleem van CID, hier is namelijk sprake van scrambling van het deuterium label.
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
