The Fundamentals of Mass Spectrometry - Fragmentation Techniques - CID/HCD

5 belangrijke vragen over The Fundamentals of Mass Spectrometry - Fragmentation Techniques - CID/HCD

Hoe worden gassen (He, N of Xe) gebruikt om te zorgen dat er fragmentatie plaatsvindt bij CID?

De geselecteerde peptides botsen met de gasmoleculen waardoor de kinetische energie wordt omgezet tot vibrerende energie (1-100 eV in milisecondes), wat leidt tot fragmentatie. Dit is een "slow-heating" methode.

Welk type CID heeft maakt gebruik van een ion-trap en hoe werkt hij?

Resonantie-excitatie CID, deze vorm heeft peptide ionen geïsoleerd en opgesloten in een ion trap wat een gas bevat. Door een elektrisch veld erop te zetten neemt de kinetische energie toe en vinden er meer bostingen plaats, hierdoor neemt de vibrationele energie toe. De energie verspreid zich over alle bindingen van het peptide en de zwakste binding breekt hierdoor, dit is de C-N peptide binding waardoor er b en y ionen ontstaan.

Hoe werkt de fragmentatie pathway met de mobile proton model bij CID?

Bij cleavage van een lading gedreven peptide binding is een proton nodig. Door excitatie neemt de interne energie toe en kan de proton migreren naar peptide binding. Hierdoor wordt hij verzwakt en treedt er cleavage op. De energie die een proton nodig heeft om te mobiliseren is afhankelijk van de aminozuurcompositie en gasfase basiciteit.
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart

Niet alle peptidebindingen worden gezien in CID maar wel verlies van ammonia of water, waarvan is dit afhankelijk?

De cleavage patronen hangen af van de volgende factoren:
1. Peptide lading
2. Positie van het meest basische residue
3. De aanwezigheid van proline residuen
Daarbij is het verlies van ammonia en water (neutral loss) afhankelijk van de peptide structuur, ladingen en aminozuurcompositie.

Welke probleem kan beam-type CID of HCD oplossen dat resonantie-excitatie CID heeft en hoe gaat dit?

Limitatie van resonantie-excitatie CID is het verlies van de lage massa regio door het elektrische veld. In HCD vindt fragmentatie door een ander mechanisme van activatie plaats. De toegevoegde energie is hoger (20-100 eV) en op een kortere tijdschaal. Hierdoor vindt er redistributie van energie plaats, waardoor alternatieve fragmentatie kanalen openen. Dit zorgt ook voor minder neutral loss.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers waar je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo