Mass Spectrometry (MS)-Based Structural Biology - Hydrogen-Deuterium Exchange (HDX)-MS - Theory of Hydrogen Exchange
3 belangrijke vragen over Mass Spectrometry (MS)-Based Structural Biology - Hydrogen-Deuterium Exchange (HDX)-MS - Theory of Hydrogen Exchange
Waarom wordt er bij HDX alleen gebruik gemaakt van de exchange van de backbone amide waterstoffen en wat is daar het voordeel van?
Zijketen en termini waterstofatomen worden te snel uitgewisseld om de deuterium atomen te kunnen detecteren. Elk aminozuur heeft 1 backbone amide waterstof, behalve proline. Ze zijn voornamelijk betrokken bij het vormen van secondaire structuren en deze informatie kan daarmee worden achterhaald.
Welke eigenschappen zijn bepalend voor de snelheid van de deuterium exchange?
- pH, minimale uitwisseling bij 2,5 en neemt 10x toe bij elke pH eenheid
- temperatuur, beste uitwisseling bij 25 graden Celsius, neemt 10x toe bij elke 22 graden Celsius
- de omgeving, inductieve effecten, reactiviteit en sterische effecten van de zijketens
- de secundaire, tertiare en quartenaire structuur kan hele sterken effecten hebben tot wel 10^8
- oplossing exposure
- temperatuur, beste uitwisseling bij 25 graden Celsius, neemt 10x toe bij elke 22 graden Celsius
- de omgeving, inductieve effecten, reactiviteit en sterische effecten van de zijketens
- de secundaire, tertiare en quartenaire structuur kan hele sterken effecten hebben tot wel 10^8
- oplossing exposure
Wat is het verschil tussen EX1 en EX2 kinetiek voor HDX?
Het uitwisselen van deuteriumatomen verloopt beter wanneer het ongevouwen structuren zijn. EX1 is wanneer het uitwisselen sneller verloopt dan het hervouwen van de structuur en bij EX2 vice versa; dan is het hervouwen sneller dan de deuterium uitwisseling. Dit leidt tot verschillende distributies. EX1 is vaak indicatief voor twee verschillende populaties of conformaties van een eiwit
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
