Mass Spectrometry Based Proteomics - Quantitative Approaches

5 belangrijke vragen over Mass Spectrometry Based Proteomics - Quantitative Approaches

Hoe zorgt label-based methoden ervoor dat elk sample te onderscheiden is?

Verschillende combinaties van stabiele isotopen worden geïntroduceerd, de meest gebruikte zijn: 2H, 13C, 15N en 18O. Deze worden incorporated in de eiwitten door metabolische of chemische labeling.

Hoe en in wat worden de stabiele isotopen geïntroduceerd met metabolische labels?

Tijdens eiwit synthese worden de stabiele isotopen geïntroduceerd in levende cellen of organismen.

Welke belangrijke aspecten is van belang voor het vormen van geschikte peptiden voor SILAC?

De keuze van het zware aminozuur voor de werking van de protease, lysine wordt het meeste gebruikt als zwaar aminozuur in combinatie met trypsine. Arginine wordt ook gebruikt, maar deze kan metabolisch converteren tot proline, wat effect heeft op kwantificatie accuraatheid.    

Ook moet er een massa verschil van minstens 6 Da, want anders zal hij overlappen met het isotooppatroon.
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart

Wat zijn de voor-en nadelen van label free kwantificaties?

Voordelen:
1. Elk sample wordt gescheiden geanalyseerd door LC-MS/MS, waardoor er geen limiet is in het aantal samples die worden meegenomen bij e analyse.
2. Minder sample behandeling is nodig
3. De methode kan worden toegepast op een breed spectrum van samples 

Nadelen: slechte accuraatheid en precisie.

Welke methode zorgt voor absolute kwantificatie dmv targeted proteomics?

SRM, deze assay maakt gebruik van LC-MS/MS die een triple quadrupole in dienst heeft (QqQ). Twee filters selecteren een specifieke peptide via de combinatie van zijn precursor ion m/z en meerdere diagnostische CID fragment ionen samen met de rententie tijd. Een bekende hoeveelheid AQUA eiwit is toegevoegd en de intensiteit ratio kan worden berekend.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers waar je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo