Het knippen van DNA met restrictie-enzymen - Enzymatische reactie

5 belangrijke vragen over Het knippen van DNA met restrictie-enzymen - Enzymatische reactie

Welke stappen kunnen er onderscheiden worden in het knippen van een dubbelstrengige DNA?

- Het enzym vormt een complex met het substraat;
- Een eerste enkelstrengige breuk wordt aangebracht (= nick);
- Een nieuw complex wordt met het ‘nicked’ DNA gevormd;
- De tweede streng van het DNA wordt geknipt.

Wat gebeurt er met het DNA indien er een lage temperatuur is bij het knippen?

Elk van de stappen bij het knippen van dubbelstrengig DNA heeft zijn eigen K-waarde (=snelheid). Zo zal bij een zeer lage temperatuur (0°C) vooral een enkelstrengige breuk worden aangebracht.

Door wat wordt de snelheid van de reactie beïnvloed en wat is het gevolg?

De snelheid van de reactie (en dus de knip-efficiëntie) wordt beïnvloed door de sequenties die de herkenningsplaats omgeven. Dit heeft als gevolg dat niet alle plaatsen even gevoelig zijn voor de inwerking van het enzym, niet alle herkenningsplaatsen worden met dezelfde snelheid geknipt. Voor het merendeel van de enzymen zijn de verschillen zo gering dat ze van geen praktisch belang zijn.
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart

Geef een voorbeeld van de enzymen waarbij het verschil in reactiesnelheid zeer groot is.

Er zijn wel enkele voorbeelden gekend waarbij het verschil heel groot is, namelijk voor de enzymen NarI, NaeI, SacII en XmaIII.
Het plasmide pBR322 heeft vier NarI plaatsen waarvan er twee normaal te knippen zijn, maar waarbij de andere twee nooit volledig geknipt worden, zelfs niet met een 50x over­maat van het enzym en een reactieduur die 16 maal langer is dan normaal.

Een algemeen verschijnsel is de moeilijkheid om eindstandige restrictieplaatsen volledig te knippen, hoe wordt dit opgelost?

  • Meestal is hiervoor een veel grotere hoeveelheid enzym vereist en/of een langere incubatieduur. Dit werd uitgetest op oligonucleotiden.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers waar je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo