Startpagina / Samenvattingen / Class notes - Moleculaire celbiologie Theorie (MCB) / tm-primer-temperature

Primer design - Tm en Ta

5 belangrijke vragen over Primer design - Tm en Ta

Wat is het verschil tussen de melting temperature en de annealing temperature?

De melting temperature van een primer geeft aan dat 50% van de primer gebonden aan het target DNA, of te wel 50% van het dsDNA is enkelstrengs DNA. Bij de annealingstemperatuur is 100% van de primers gebonden aan het target DNA en is dus ook 100% van het 100% dsDNA is. De Ta ligt doorgaans 5 graden lager.

Welke vier dingen hebben een grote invloed op de melting temperature?

Langere primers (Hogere Tm)
Meer G/C (hogere Tm)
Mismatches (lagere Tm)

Wanneer gebruik je de 4+2 methode (marmer-formule) en wanneer gebruik je de oligo methode (Wallace formule)?

De 4+2 kan je gebruiken bij primers die ongeveer 14bp lang zijn max. Je gebruikt de oligo formule voor het berekenen van de Tm wanneer je primers hebt die langer zijn dan de 14bp.

Wat heeft de zoutsterkte in de oplossing voor invloed op de Tm?

De zoutsterkte heeft een effect op de hybridisatie condities en daarom moet er bij het berekenen van de Tm dus ook rekening worden gehouden met het zout wanneer deze zich in de oplossing bevind.

Waarom wordt bij het uitvoeren van een PCR de laagste Tm als uitgangs punt gebruikt voor het bepalen van de Ta?

Als je de hoogste Tm pakt en daar 5 graden van af zou halen, zou de Ta voor de primer met de laagste Tm nog te hoog kunnen zijn, waardoor die primer niet goed kan binden.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

Moleculaire celbiologie Theorie (MCB)

Bekijk samenvatting