Samenvatting: Moleculaire Genetica 2

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van Moleculaire genetica 2

• 1 Week 1

• 1.2 College 2

  Dit is een preview. Er zijn 20 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.2
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat is comparative biologie?

  Cross-lineage benadering dat patronen van natuurlijke variatie gebruikt om de fylogenetische distributie en mechanismen die de diversiteit in het leven drijven te begrijpen

• Wat is comparatieve genomics?

  Tak die zich bezig houdt met complete genoomsequenties van verschillende soorten die vergeleken zijn in gebieden van conservation (similarity) en variatie (divergentie) om genetische veranderingen en mechanismen te begrijpen die de diversiteit van leven onderstrepen

• Waarom zou je comparatieve genomics toepassen?

  Door het vergelijken van gerelateerde soorten kan je functionele elementen ontdekken

• Wat is een supercontig of scaffold?

  Een geordende en georiënteerde set van contigs

• Wat is een consesus sequentie?

  Sequentie afgeleid van meerdere alignments van reads in een contig

• Hoe werkt overlapping-layout-consesus (OLC)?

  Eerst overlappen (O) langs alle gevonden reads --> dan voert het een layout (L) uit van alle reads --> en overlapt informatie in een grafiek en finally de consesus (C) sequentie is inferred

• Wat is de De Breijn Graph (DGB)?

  Een anti-intuïtie algoritme, knipt reeds eerst in veel kleine k-mers en dan alle k-mers gebruiken om een DGB te vormen en uiteindelijk  de genoomsequentie in de DGB de interferren

• Wat is een sequence alignment?

  De procedure van het vergelijken van 2 (pair-wise alignments) of meer multiple sequenties door te zoeken naar series van individuele kenmerken/patronen die in dezelfde volgorde in de sequentie zitten

• Wat is een local aligment?

  Twee sequenties alignen zodat de aligement score maximaal is --> gebruikt dus niet de hele sequentie

• Wat zijn voordelen van local alignement?

  Vergelijkt grote genomische regio's, detecteert rearrangements (inversies, translocaties, duplicaties)