Samenvatting: Moleculaire Microbiologie

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van Moleculaire Microbiologie

• 1 Week 1

• 1.1 HC1: Prokaryoten

  Dit is een preview. Er zijn 3 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.1
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat zijn de grootste verschillen tussen prokaryoten en eukaryoten?

  - Transcriptie en translatie vinden plaats in hetzelfde compartiment.
  - Bevat een operon: reeks van genen die afgeschreven wordt vanaf een enkele promotor (polycistronisch = open readingframe) 
  - Processing mRNA: introns, splicing, capping, transport vanuit kern
  - Regulatoire processen zoals attentuatie (aanwezigheid van Trp bepaald stoppen/doorgaan van transcriptie door koppeling van transcriptie en translatie)

• Met welke microscopische techniek kan met de beste resolutie worden gekeken?

  Cryo-electron tomography: heel snel bevriezen en dan elektronenmicroscopie onder verschillende hoeken en vormt dan een beeld --> beste resolutie die er nu is (kan niet met hele grote cellen, omdat de elektronen niet zo ver komen)

• Wat is microbial dark matter en wat is de voorspelde reden hiervoor?

  - Microbial dark matter: alle micro-organismen die onkweekbaar en slecht gekarakteriseerd zijn
  o CPR: klein genomen, missen genen voor elektronentransportketen en TCA keten, maar ook veel biosynthese genen
  - Episymbiosis: een ongewone levenstijl is voorspeld veelvoorkomend te zijn voor CPR en DPANN à in symbiose leven met andere bacteriën (hierdoor ook niet individueel te kweken)
  o Sommige zijn nu wel gekweekt samen met een host bacterie

• Wat kan het identificeren van bacteriën lastig maken? Hoe wordt dit nu opgelost?

  - Heel klein, passeren standaard filters
  - Niet kweekbaar
  - Ze hebben vaak afwijkende 16S rRNA genen (hiermee worden bacteriën geïdentificeerd), self-splicing introns in het 16S rRNA gen.
  - Sequencen zorgt ervoor dat we breeder hebben gekeken en nu wel hebben gevonden.
  o Amplicon sequencen: isoleren DNA, PCR universele primers tegen 16S rRNA gen – sequencen PCR producten --> pakken we niet alles
  o Shot-gun metagenomics: isoleren DNA, fragmenteren, sequencen, genomen assembleren

• Wat maakt een bacterieel modelorganisme geschikt? Welke worden voornamelijk gebruikt?

  - E.coli – gram-negatief
  - Bacillus subtilis – gram-positief
  - Haloferax volcanii – archaea
  - --> kweekbaar en genetisch toegankelijk

• 1.2 HC2: Schimmels

  Dit is een preview. Er zijn 2 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.2
  Laat hier meer flashcards zien

•  Het begrip soort kan best complex zijn. Op welke manieren kan je een soort identificeren?

  
  - Morfologie: vorm van de voortplanting structuren
  - Fenotype: op grond van overeenkomend fenotype; maken pigment of groeien op een substraat
  - Ecologische niche: een stam die een andere gastheer/niche heeft, en dus geïsoleerd leeft, is een ander soort
  - Voortplanting: met elkaar kunnen kruisen waarbij fertiele nakomelingen ontstaan
  - Fylogenie: hoeveel genen gebruik je en welke & waar leg je de grens tussen soorten op nucleotide overeenkomst

• Wat is het verschil tussen schimmels en dieren in de manier van voeding opnemen?

  Schimmels maken de omgeving zuur door stoffen uit te scheiden waaronder enzymen. Deze enzymen verteren de stoffen buiten de schimmels en kunnen vervolgens worden opgenomen door de schimmels.  Ook kunnen sommige schimmels groeien in hele hoge radioactiviteit.

• Wat maakt gist geschikt als modelsysteem voor de eukaryote cel?

  - Biochemisch meest onderzocht
  - Sterk verwantschap met dieren
  - Korte generatietijd/weinig complex
  - Klein genoom
  - Gecontroleerd te kweken
  - Moleculaire technieken sterk ontwikkeld

• Wat zijn nadelen van modelsystemen?

  - Splitsing van de fyla heeft al lang geleden plaatsgevonden
  - Schimmels hebben verschillende verschijningsvormen
  - Schimmels vertonen zeer diverse levenscycli (veel verschillende soorten geslachten)
  - Schimmels vertonen verschillende functies in de natuur
  - Schimmels vertonen verschillende celopbouw

• Wat is het verloop van de algemene leenscyclus van bakkersgis?

  Diploïd --> haploïd (sporen maken) --> dikaryotic (twee kernen maar nog niet gesplitst, uniek voor schimmels, kort van tijd) --> a of α delen middels budding of meiose afhankelijk van de milieuomstandigheden