Samenvatting: Moleculaire (Onco)Pathologie (Niet Compleet)

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van moleculaire (onco)pathologie (niet compleet)

• 1 technieken

  Dit is een preview. Er zijn 4 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat kun je detecteren met IHC

  • Cell of origin doormiddel van specifieke celllijnmarkers
    
  • biomarkers
  • gedragsmarkers; kijken naar functies zoals proliferaltie, immuun filtratie ect.

• Korte uitleg van PCR, qPCR, RT-qPCR, multiplex PCR en ddPCR?

  - Klassieke PCR
  o Geen kwantitatieve informatie
  o Alleen detectie of een DNA sequentie aanwezig is.
  - Quantitative/real-time PCR --> qPCR
  o Kwantitatieve gegevens
  o Bepaalt de initiële hoeveelheid DNA in het monster en daarmee de precieze genexpressie
  - Reverse-transcriptase qPCR --> RT-qPCR
  o RNA wordt omgezet in cDNA en dit wordt dan geamplificeerd --> sybergreen
  o Kwantitatieve gegevens
  - Multiplex qPCR
  o Meerdere doelwitsequenties worden gelijktijdig geamplificeerd in één reactie
  - ddPCR (droplet digital PCR)
  o Verdeelt de PCR-reactie in duizenden nanoliter-druppels. DNA wordt individueel in druppels geamplificeerd en de aanwezigheid wordt gedetecteerd. Uit bloed

• Sodium bisulfite conversion?

  o Werking van sodium bisullfite conversion --> DNA moet eerst enkelstrengs zijn --> sodium bisulfite verandert niet-gemethyleerde cytosines selectief in uracils door deaminatie, terwijl de gemethyleerde cytosines onveranderd blijven--> DNA in PCR, zorgt dat de U wordt omgezet in T (thyminen) --> dit punt zorgt er voor dat alle nucleotiden die oorspronkelijk niet-gemethyleerd cytosines waren, nu thyminen worden. En de gemethyleerde blijven cytosines. 

• 1.1 sanger seqeuncing

  Dit is een preview. Er zijn 1 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.1
  Laat hier meer flashcards zien

• Hoe doe je een sanger sequencing?

  1. DNA isoleren
     
  2. PCR van je DNA met je primers van je gen
  3. clean up van je PCR product
  1. Exo-Sap
  4. sanger PCR
  5. opzuivering van je sanger
  6. fragmenten op grootte scheiden door capilaire electroforese en de laser detecteerd de kleur van de fluorform van ddDNTs.
  7. analyse met software

• Wat zit er in je sanger PCR epje?

  1. DNA polymerase
  2. 1 primer (revers of forward)
  3. De 4 dNTPs
  4.  4 ddNTPs met fluorescent label --> dideoxy nucleotiden --> zorgen voor chain terminatie, want ze hebben geen OH
  5. Template voor sequencing --> schoon PCR product

• Hoe gaat de sanger sequens PCR

  DNA polymerase voegt nucleotides aan de kant van de primer tot dat er een ddNTPP wordt ingebouwd in plaats van een normale --> chain terminatie --> fragmenten kunnen verschillen van elkaar bij 1 nucleotide. 

• Opzuivering van sanger PCR, hoe gaat dit?

  1. Purificatie van kleine moleculen (bv. ddNTPs) door een gel filtratie systeem --> er is scheiding op basis van grootte door de cross-linked dextran gel
  1. Je PCR product gaat door de gel heen door centrifuge --> gezuiverd PCR product vang je op en de kleiner moleculen blijven in de gel steken. 

• 1.2 MLPA

  Dit is een preview. Er zijn 6 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.2
  Laat hier meer flashcards zien

• De 5 stappen van een MPLA opbasis van een copy number MLPA

  1. Denaturatie en probe hybridisatie
     
  2. ligatie
  3. PCR amplificatie
  1. ook de referentie probes (ROX)
  4. fragment scheiding
  5. analyse met Coffalyser

• Heo zite een MLPA probe er uit?

  • Linker oligo probe: stukje identiek aan de FW primer en een hybridisatie sequentie.
    
  • rechter oligo probe: hybridisatie sequentie, een stuffer sequentie en een sequentie complementair aan de RV primer. 

• Hoe gaat de PCR amplificatie van MLPA?

  • DNA polymerase, dNTPs, FW prime rmet fluoresent label en een RV primer.
  • eerst bindt de RV primer en synthetiseerd het fragment 
  • hier aan kan een FW primer met label aan binden en zorgt dat de frgamenten complementaar worden geamplificeerd en bevatten dan een fluoresent label.