Startpagina / Samenvattingen / moleculaire (onco)pathologie (niet compleet) / cfdna-ddpcr-bloed

Technieken - vloeistof biopt technieken

Q: Voordelen van ddPCR, idylla en ctNGS?

- ddPCR o Alleen hotspot o Laag percentage tumorcellen (gevoeligheid ~0,1%) o Lage DNA-concentratie (1-20 ng) - Idylla (gen-specifiek) o Kwalitatieve detectie van (meerdere) hotspots o Snelle diagnostiek (1 dag) - ctNGS o Gericht hotspotpanel voor meerdere genen o Mutaties, CNV (kopieaantalvariaties), (fusies) o Tumorcelpercentage? (gevoeligheid 0,1-1%) o Minimale DNA-concentratie (20 ng) o Nog in ontwikkeling en is duurder

5 belangrijke vragen over Technieken - vloeistof biopt technieken

Heo verkrijg je ene vloeistof biopsie?

- Uit bloed, cfDNA zit in het plasma van het bloed
- Je moet co-agglutinatie en lysis van cellen voorkomen door snel te handelen binnen 2 uur van bloed afname en gebruik van cfDNA specifieke epjes.
- Je gebruikt het supernatant van plasma voor de cfDNA --> DNA eluaat--> dit is stabieler dan bloed

Wat is de lengte van cfDNA en ctDNA?

Lengte van ctDNA is er in verschillend de lengte; lengte van 1 tot 3 nucleosomen.
- Verschil in DNA komt door verschil in nucleosomale organisatie en chromatin toegankelijkheid

- Linker DNA zie je wel bij gezond cfDNA en niet bij ctDNA, ctDNA is ongeveer 20 bp korter

De verschillende manieren van analyseren van cfDNA/vloeistof biopt:

ddPCR
idylla (allele-specifieke PCR)
ctNGS

Wat doet een ddPCR en hoe voer je het uit?

Digital droptel PCR
hoge sensitiviteit
geeft absolute waarde en kan je zeggen hoeveel van elk fragment in de sample zit
qPCR mixture is opgedeeld in >10.000 droplets (zie afb.)
elke droplet > is een unieke qPCR van 1 molecuul

je kijkt naar 1 variant per ddPCR

Je hebt een probe nodig voor het wildtype en voor wat je interesse is.
Het liefst wil je 1 stukje DNA in elke druppel
Applicaties voor vloeistof biopsie analyse ddPCR

Resistentie
Treatment/prognose
Follow-up/progressie

Voordelen van ddPCR, idylla en ctNGS?

- ddPCR
o Alleen hotspot
o Laag percentage tumorcellen (gevoeligheid ~0,1%)
o Lage DNA-concentratie (1-20 ng)
- Idylla (gen-specifiek)
o Kwalitatieve detectie van (meerdere) hotspots
o Snelle diagnostiek (1 dag)
- ctNGS
o Gericht hotspotpanel voor meerdere genen
o Mutaties, CNV (kopieaantalvariaties), (fusies)
o Tumorcelpercentage? (gevoeligheid 0,1-1%)
o Minimale DNA-concentratie (20 ng)
o Nog in ontwikkeling en is duurder

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

moleculaire (onco)pathologie (niet compleet)

Bekijk samenvatting