Startpagina / Samenvattingen / moleculaire (onco)pathologie (niet compleet) / dna-pcr-sequencen

Technieken - NGS

4 belangrijke vragen over Technieken - NGS

Hoe ziet de library prep eruit?

Primer/amplicon gebaseerde amplificatie van het DNA--> PCR + barcoding en adaptor ligatie --> dan sequencen

Heo gaat het ion torrent sequencen?

Ze spoelen de nucleotide over de chip.
is er een in bouwing dan laat er ene proton los en is er een pH verandering en dit is detecteerbaar. De verschillende nucleotiden (4) hebben een andere pH veranderingen.
Deze techniek kan lastig zien hoeveel van de zelfde protonen vrij komen 6 of 7, dus als je 7 As hebt kan deze techniek het moeilijk detecteren, want de Ts kunnen overal dan meteen binden.
intensiteit rood zegt iets over hoeveel beads er op die plek zijn.

Principe van whole exome sequencing en waarvoro wordt het gebruikt?

- Heel het exome wordt gesequenced, alle protein coding regio’s in het humane genoom
- Sequens enrichment: isolatie van regio’s van intrest van het genomische DNA
- Tumor DNA en referentie sample wordt vergeleken

SNVs en indels
CNVs
tumor mutational burden
mutatiional signatures

Heo gaat sequencing door middel van illumina novaseq?

DNA isolatie
library prep

enzymatische frgamentatie DNA
end repair en A-taliling
adaptor ligatie
PCR amplificatie

sequencen

de PCR amplicons op de chip en binden vast en dan heb je van af de primer inbouwing vaan een ddNTP dan wordt er een foto gemaakt en wordt de ddNTP geknipt zodat het een normale dNTP wordt en er weer een nieuwe kan binden