Information management (public biological databases)
14 belangrijke vragen over Information management (public biological databases)
Leg het onderscheid tussen primaire en secundaire databanken uit. Welk derde type onderscheiden we?
- primair: databases met originele, experimenteel verkregen data, zoals nucleotide seq
- secundair: data afgeleid van analyse primaire data (bijv pathway databases)
- specialized databases: richten zich op een specifieke onderzoeksinteresse (bijv een bepaald organisme)
Leg het onderscheid tussen redundant en non-redundant databases uit.
- non-redundant: duplicate entries are removed (RefSeq)
- redundant: several groups sequenced same parts ---> all in database (GenBank)
Leg het begrip minimal information standars uit.
Andere term = MIAME standaarden: (wordt waarschijnlijk gevraagd op tentamen)
- raw data (output na hybridisaties)
- processed data (na normalisatie, data matrix)
- sample annotation (experimentele factoren + bijbehorende waarden)
- experimental design (incl sample data relationships: welke data hoort waar bij)
- annotation of platform (array) (illumina, sanger, commerciele arrays)
- lab and data processing protocols
eerste twee gaan dus om data, laatste 4 om metadata
- Hogere cijfers + sneller leren
- Niets twee keer studeren
- 100% zeker alles onthouden
Voor mijn 1e tentamen haalde ik een 6. Toen ben ik gaan zoeken naar manieren om beter te leren en ben ik Study Smart tegen gekomen. Sindsdien heb ik een 9,0 - 8,0 - 7,6 - 8,0 - 8,0 gehaald. Ik raad het echt íédereen aan die het maar horen wil. Ik ben er zo blij mee!!
Met mijn oude methode was ik geslaagd voor maar 3 van de 8 vakken. Sinds ik mijn aantekeningen digitaal maak in study smart, ben ik voor alle vakken de éérste keer geslaagd. StudySmart neemt voor mij de stress van slagen of niet slagen weg.
Door StudySmart gaat het op zo veel vlakken beter met mij. Eerst had ik continu studiestress en ik had nergens tijd voor. Nu voel ik mij rustig en zelfverzekerd (door gebruik van het programma). Eerst haalde ik meestal een 7, nu vaak een 8 of zelfs een 9.
Hey Chris, ik wil je echt hartelijk danken voor het ontwikkelen van het platform. Ik haalde hiervoor altijd rond de 6/10 voor m'n tentamens, nu een 8,6, een 7,9 en een 7,6!!
Sinds ik Study Smart gebruik, is mijn gemiddelde 1 punt gestegen. Ik heb zelfs een statistisch vak met een 10/10 afgerond terwijl ik slecht ben in statistiek. Nu volg ik extra vakken omdat vorig jaar zo goed ging door Study Smart. Veel dank!
Sinds ik ben gaan leren met StudySmart ben ik geslaagd voor al mijn examens!!! Geen herexamens!! Eerst was ik al blij met een voldoende en nu haal ik alleen maar goede cijfers. Veel dank!
Ik heb alle vakken die ik met Study Smart heb geleerd gehaald. Met rechten ben ik van een 5 naar een 8 gegaan! Ik weet nu zeker dat ik al mijn vakken gewoon ga halen.
Ik dacht altijd dat ik goed studeerde. Mijn cijfers waren ook prima. Ik had mij nooit kunnen voorstellen dat ik zo veel beter en sneller zou studeren door het toepassen van deze vaardigheden.
Ik voel mij voor het eerst 100% zeker over de manier waarop ik leer. Ik heb nu het complete overzicht en de structuur die ik nodig had
Door Study Smart kreeg ik weer plezier in het studeren en haalde ik direct betere cijfers. Alles ging ineens beter. Ik raad Study Smart enorm aan aan scholieren en studenten.
Met dit plaform kan ik super snel en gestructueerd studeren. Ik ben nooit meer de weg kwijt in de stof of in mijn aantekeningen en maak veel sneller goede samenvattingen.
Eerst waren mijn aantekeningen een zooitje. Nu gebruik ik Study Smart en studeer ik super gestructureerd. Het helpt mij om tijd te besparen waardoor ik ook andere dingen kan doen die ik belangrijk vind.
Leerlingen die met het systeem hebben gewerkt hebben gewoon een beter resultaat behaald. Het systeem past alle leertrucjes zo toe, dat zowel de kinderen die goed scoren, maar ook zij die minder scoren, aan hun trekken komen.
Hey Chris, ik wil je enorm bedanken. Het vak waar ik vorig jaar nog net een 5,5 voor haalde, heb ik nu voor ditzelfde vak maar liefst een 9,7 gehaald! Mede dankzij jouw methode! Heel erg bedankt!
Het grootste effect is dat mijn kind veel enthousiaster is over school! Elke ouder wilt graag dat zijn kind het goed doet op school, en Study Smart draagt daar aan bij.
Dankzij StudySmart heb ik vorig jaar al mn examens gehaald en ook veel betere punten gehaald. Maar bovenal heb ik nu gewoon een heel goede studiemethode onder de knie, waarmee ik zeker weet dat ik de rest van mijn studie gewoon ga halen.
Hoe vormt naamgeving een complicatie voor databanken?
Leg het gevaar van error propagation uit.
- fouten in database zijn aanwezig
- worden doorgegeven en overgenomen
- door info te gebruiken zet je dus foute data door --> nieuwe foute data?
Stel dat je zelf een database wil opzetten met info over humane transcriptiefactoren. Hoe pak je dit aan (met annotatie)?
- minimale informatie standaarden
- volgen FAIR processen
- of andere standaarden gebruiken (SBGN, BioPax, etc)
- set up annotation/curation
Stel je gaat een database opzetten voor bepaald journal. Hoe ga je dat opzetten?
(dit moet je dus kennen)
Wat is FAIR? Hoe bereik je dit?
- findable
- accesible
- interoperable
- reproducable
zie syllabus, uitleggen hoe bereiken.
Als je voldoet aan MIAME standaarden, voldoe je dan aan FAIR?
Wat houdt information management in?
Noem 5 criteria waaraan een database moet voldoen, wil deze in de NAR collectie worden opgenomen.
- grondig gecureerd zijn
- interessant zijn voor een groter aantal onderzoekers
- comprehensive wat betreft coverage
- een mate van toegevoegde waarde hebben (bijv handmatige curatie)
- waarschijnlijk om lang behouden te blijven
Leg het begrip annotatie uit in de context van public biological databases.
Wanneer het bijvoorbeeld om eiwitsequenties gaan, kunnen de volgende dingen relevant zijn voor annotatie:
- functies, enzym specifieke informatie
- biologisch relevante domeinen
- post-trans modificaties
- weefsel specificiteit
- structuur
- interacties
- splice isoforms
- associaties met ziekte
- links met andere databases
- ...
Leg uit wat biocuration inhoudt.
Een biocurator voert deze taken uit: controleren van data in databases, organiseren, standaarden opzetten, toegankelijk houden databases.
Noem 5 dingen die meespelen bij het kiezen van data/een database.
- experimentele variatie ruis - data moet hoge kwaliteit hebben
- database errors - dit gaat altijd opspelen
- high quality annotation - annotie van een database moet netjes zijn (is er goede curatie?)(houdt men zich aan minimal information standards?)
- non-redundancy - soms voorkeur voor gecureerde database waarin sequentie één keer voorkomt (scheelt tijd)
- consistency - data moet consisten zijn, ook met andere databases
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden
