Microarrays for genomics + transcriptomics
12 belangrijke vragen over Microarrays for genomics + transcriptomics
Wat maakt microarrays geschikt voor GWAS?
- stelt je in staat om miljoenen verschillende SNP loci tegelijk te analyseren
- GWAS --> genen die veel voorkomen (relatief), maar dan in combinatie wel bijdragen aan ziekte (bijv prostate cancer genes)
Wat is een case control GWAS studie?
Wat is het doel van GWAS studies?
Dus je kijkt of veelvoorkomende SNPS bijdragen aan veelvoorkomende ziektes
- Hogere cijfers + sneller leren
- Niets twee keer studeren
- 100% zeker alles onthouden
Voor mijn 1e tentamen haalde ik een 6. Toen ben ik gaan zoeken naar manieren om beter te leren en ben ik Study Smart tegen gekomen. Sindsdien heb ik een 9,0 - 8,0 - 7,6 - 8,0 - 8,0 gehaald. Ik raad het echt íédereen aan die het maar horen wil. Ik ben er zo blij mee!!
Met mijn oude methode was ik geslaagd voor maar 3 van de 8 vakken. Sinds ik mijn aantekeningen digitaal maak in study smart, ben ik voor alle vakken de éérste keer geslaagd. StudySmart neemt voor mij de stress van slagen of niet slagen weg.
Door StudySmart gaat het op zo veel vlakken beter met mij. Eerst had ik continu studiestress en ik had nergens tijd voor. Nu voel ik mij rustig en zelfverzekerd (door gebruik van het programma). Eerst haalde ik meestal een 7, nu vaak een 8 of zelfs een 9.
Hey Chris, ik wil je echt hartelijk danken voor het ontwikkelen van het platform. Ik haalde hiervoor altijd rond de 6/10 voor m'n tentamens, nu een 8,6, een 7,9 en een 7,6!!
Sinds ik Study Smart gebruik, is mijn gemiddelde 1 punt gestegen. Ik heb zelfs een statistisch vak met een 10/10 afgerond terwijl ik slecht ben in statistiek. Nu volg ik extra vakken omdat vorig jaar zo goed ging door Study Smart. Veel dank!
Sinds ik ben gaan leren met StudySmart ben ik geslaagd voor al mijn examens!!! Geen herexamens!! Eerst was ik al blij met een voldoende en nu haal ik alleen maar goede cijfers. Veel dank!
Ik heb alle vakken die ik met Study Smart heb geleerd gehaald. Met rechten ben ik van een 5 naar een 8 gegaan! Ik weet nu zeker dat ik al mijn vakken gewoon ga halen.
Ik dacht altijd dat ik goed studeerde. Mijn cijfers waren ook prima. Ik had mij nooit kunnen voorstellen dat ik zo veel beter en sneller zou studeren door het toepassen van deze vaardigheden.
Ik voel mij voor het eerst 100% zeker over de manier waarop ik leer. Ik heb nu het complete overzicht en de structuur die ik nodig had
Door Study Smart kreeg ik weer plezier in het studeren en haalde ik direct betere cijfers. Alles ging ineens beter. Ik raad Study Smart enorm aan aan scholieren en studenten.
Met dit plaform kan ik super snel en gestructueerd studeren. Ik ben nooit meer de weg kwijt in de stof of in mijn aantekeningen en maak veel sneller goede samenvattingen.
Eerst waren mijn aantekeningen een zooitje. Nu gebruik ik Study Smart en studeer ik super gestructureerd. Het helpt mij om tijd te besparen waardoor ik ook andere dingen kan doen die ik belangrijk vind.
Leerlingen die met het systeem hebben gewerkt hebben gewoon een beter resultaat behaald. Het systeem past alle leertrucjes zo toe, dat zowel de kinderen die goed scoren, maar ook zij die minder scoren, aan hun trekken komen.
Hey Chris, ik wil je enorm bedanken. Het vak waar ik vorig jaar nog net een 5,5 voor haalde, heb ik nu voor ditzelfde vak maar liefst een 9,7 gehaald! Mede dankzij jouw methode! Heel erg bedankt!
Het grootste effect is dat mijn kind veel enthousiaster is over school! Elke ouder wilt graag dat zijn kind het goed doet op school, en Study Smart draagt daar aan bij.
Dankzij StudySmart heb ik vorig jaar al mn examens gehaald en ook veel betere punten gehaald. Maar bovenal heb ik nu gewoon een heel goede studiemethode onder de knie, waarmee ik zeker weet dat ik de rest van mijn studie gewoon ga halen.
Leg uit welke factoren de uitkomst van GWAS beïnvloeden, dus wat kan een lage p-waarde opleveren?
- ten eerste: een associatie
- genotyping errors
- population stratification (vorm van batch effect) + admixture)
- overerfbaarheid van ziekte (ziekte moet wel genetische bijdrage hebben...)
- aantal genen/loci die betrokken zijn (hoe meer loci, hoe kleinere bijdrage per locus ---> moeilijk te detecteren)
- penetrance en expressivity.
- genetische heterogeniteit
Leg uit wat penetrance en expressivity inhouden.
Expressivity: severity of locus' effects
GWAS: beide dus erg laag. Rare diseases --> hoog
Hoe lager deze waarden, hoe moeilijker het is om een associatie te vinden (GWAS). Voor human diseases kan de penetrance erg van leeftijd afhangen --> sampling bias
+ expressivity kan gemoduleerd worden door omgeving, leefstijl
Leg population stratification en admixture uit + probleem voor GWAS.
- stratification: populaties zijn heterogeen in genetische ancestry
- admixture: genetic mixing between subpopulations in recent past
- je moet dus oppassen dat je niet gezond uit de ene subgroep haalt en case uit de andere groep. confounders.
- populatiestratificatie moet je in kaart brengen en rekening mee houden.
Leg een algemene counting method uit waar transcriptomics op gebaseerd is.
- controle cell en diseased/treated cell
- mRNA per gen tellen
- fold change bepalen
Wat vergelijk je met elkaar bij transcriptome analysis via microarrays?
Wat is de fold change?
Waarom wordt transcriptoom data log getransformeerd?
- het stabiliseert de variantie
- compresses the range data
- dwingt het naar een normaalverdeling
- ratio's zelf zijn niet symmetrisch --> moeilijker mee te werken dan log schaal, symmetrisch rond 0
Wat is meestal het minimale aantal cases dat onderzocht wordt bij GWAS? geef twee redenen.
- 1000 cases
- je gaat hypothese testen doen op elke individuele loci --> grote n nodig voor statistical power
- je kijkt naar genen die samen bijdragen aan ziekte --> individueel effect laag ---> grote n nodig om dit aan te kunnen tonen
Welke 3 ontwikkelingen hebben GWAS mogelijk gemaakt?
- een high resolution map van het humane genoom
- een betaalbare technologie voor genome wide SNP genotyping (microarrays) (probe per SNP site)
- computationele en statistische ontwikkelingen om data te kunnen analyseren en verschillen in allelfrequenties te identificeren. (odds ratios voor allel freq)
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden
