Introduction to metabolomics

16 belangrijke vragen over Introduction to metabolomics

Wat is het doel van metabolomics?

Detecteren en kwantificeren van alle metabolieten in biologische samples/matrices. Het draait dan vooral om de identificatie en kwantificatie van kleine moleculaire metabolieten (<1500 Da, anders proteomics). Faciliteert begrip van mechanismen van biologische/biochemische processen in complexe biologische systemen.

Welke twee typen metabolomics zijn er?

Targeted (dus gericht op bekende metabolieten, je wil van bepaalde dingen echte concentraties gaan bepalen en vergelijken tussen verschillende groepen) & un targeted (zoveel mogelijk metabolieten meten in één keer. vaak gebruikt voor hypothesis formation, gevolgd door targeted onderzoek)

Welke twee methoden worden gebruikt voor metabolomics?

  • MS: bepalen massa specifieke metabolieten (verschillende instrumenten, maar basisprincipe gelijk)
  • NMR = nuclear magnetic resonance spectroscopy: gaat meer over de structuur. sommige kernen hebben een magnetische spin --> absorberen en uitzenden radiogolven, chemische omgeving bepaalt dit
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart

Geef voordelen van MS en nadelen.

  • hoog gevoelig
  • bredere analyse van metabolieten nodig

Maar:
  • identificatie is uitdagend
  • isotopische standaarden nodig voor kwantificatie

Geef voordelen en nadelen van MNR.

voordelen:
  • niet destructief
  • kan in vivo
  • vrij makkelijke identificatie compounds
  • geen standaarden nodig voor kwantificatie
nadelen:
  • lage analytische gevoeligheid
  • beperkt tot abundante metabolieten

Geef voor en nadelen van targeted metabolomics?

Makkelijk toe te passen, je meet een standaard set, dingen die je al kan meten. Nadeel: biased.

Wat zijn voor en nadelen van non-targeted metabolomics?

Pro: unbiased, Nadeel: technisch uitdagend, zowel analyse als bioinformatica. Er is een risico op een te groot aantal unknowns.

Wat is een voordeel van metabolomics tov andere omics technieken?

Metabolieten liggen het meest proximaal bij het phenotype van ziekten.

Geef een stadaard voorbeeld van targeted metabolomics.

De hielprik!
  • daarmee wordt voornamelijk gekeken naar acylcarnitine en aminozuren
  • daarmee kun je veel inborn metabole ziekten detecteren
  • ontwikkeling kon door MS

Kun je het hele metaboloom in één keer meten?

Eigenlijk is dit te complex: teveel data, teveel verschillen tussen moleculen.

--> hyphenated techniques. chromatography of electrophorese om de metabolieten te scheiden over tijd ---> complexiteit verkleinen ---> betere kwaliteit data

Wat is imaging MS?

Werkt met MALDI. Je hebt bijv een stukje weefsel, de laser schiet op een specifieke plek --> massospectrometer ---> imaging van waar bepaalde metabolieten zich stapelen in een weefsel.

Wat is een ion trap?

high resolution mass filter
opslaan en accumulerne van ionen, bepaalde dan weer doorlaten bepaalde beweging meegeven

o.a. orbit trap

Wat is een TOF mass filter?

metabolieten komen binnen, measure time die nodig is om detector te bepalen
= high resolution

Wat is tracer based-metabolomics?

isotopen inbrengen
en dan volgen door de hele keten, zoals glycolyse
je kunt je label in de tijd volgen

Welke 3 ionisatiemethoden worden gebruikt in metabolomics?

  • ESI
  • MALDI
  • APCI (sample nebuliseren en verhitten --> oplosmiddel en analyten in gasfase. corona discharge ioniseert oplosmiddel moleculen --> ionisatie analyten) meestal monocharged ions

Noem 4 typen experimenten bij triple quad MS.

  • product ion scan
  • precursor ion scan
  • neutral loss scan
  • selected reaction monitoring

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers waar je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo