Introduction to systems biology
9 belangrijke vragen over Introduction to systems biology
Geef de 6 componenten van de cirkel van systems biology.
- biologisch inzicht
- nieuwe hypothese
- experiment
- nieuwe data
- model constructie
- model analyse
Waarom zijn biologische systemen zo moeilijk te bestuderen?
- we kijken naar een black box, onbekende machine --> proberen te voorspellen wat functie is
- wetenschappers kennen slechts een fractie van de componenten
- gelijke componenten kunnen verschillende functies hebben (vetten: in membraan of in signallering)
- specifieke rollen en interacties kunnen obscuur zijn en over de tijd heen veranderen
- we kunnen in de meeste gevallen niet direct biologische signalen meten/waarnemen
- biologische systemen zijn dynamisch (tijd/plaats)
- en niet lineair
- (bestaat uit zeer veel componenten) (meetbaar met OMICS, maar dan nog begrijpen...)
Wat zijn 2 doelen van systems medicine?
- in plaats van reactieve manier van geneeskunde: welzijn en kosten-effectiviteit
- reductionisme loslaten --> holisme
- Hogere cijfers + sneller leren
- Niets twee keer studeren
- 100% zeker alles onthouden
Voor mijn 1e tentamen haalde ik een 6. Toen ben ik gaan zoeken naar manieren om beter te leren en ben ik Study Smart tegen gekomen. Sindsdien heb ik een 9,0 - 8,0 - 7,6 - 8,0 - 8,0 gehaald. Ik raad het echt íédereen aan die het maar horen wil. Ik ben er zo blij mee!!
Met mijn oude methode was ik geslaagd voor maar 3 van de 8 vakken. Sinds ik mijn aantekeningen digitaal maak in study smart, ben ik voor alle vakken de éérste keer geslaagd. StudySmart neemt voor mij de stress van slagen of niet slagen weg.
Door StudySmart gaat het op zo veel vlakken beter met mij. Eerst had ik continu studiestress en ik had nergens tijd voor. Nu voel ik mij rustig en zelfverzekerd (door gebruik van het programma). Eerst haalde ik meestal een 7, nu vaak een 8 of zelfs een 9.
Hey Chris, ik wil je echt hartelijk danken voor het ontwikkelen van het platform. Ik haalde hiervoor altijd rond de 6/10 voor m'n tentamens, nu een 8,6, een 7,9 en een 7,6!!
Sinds ik Study Smart gebruik, is mijn gemiddelde 1 punt gestegen. Ik heb zelfs een statistisch vak met een 10/10 afgerond terwijl ik slecht ben in statistiek. Nu volg ik extra vakken omdat vorig jaar zo goed ging door Study Smart. Veel dank!
Sinds ik ben gaan leren met StudySmart ben ik geslaagd voor al mijn examens!!! Geen herexamens!! Eerst was ik al blij met een voldoende en nu haal ik alleen maar goede cijfers. Veel dank!
Ik heb alle vakken die ik met Study Smart heb geleerd gehaald. Met rechten ben ik van een 5 naar een 8 gegaan! Ik weet nu zeker dat ik al mijn vakken gewoon ga halen.
Ik dacht altijd dat ik goed studeerde. Mijn cijfers waren ook prima. Ik had mij nooit kunnen voorstellen dat ik zo veel beter en sneller zou studeren door het toepassen van deze vaardigheden.
Ik voel mij voor het eerst 100% zeker over de manier waarop ik leer. Ik heb nu het complete overzicht en de structuur die ik nodig had
Door Study Smart kreeg ik weer plezier in het studeren en haalde ik direct betere cijfers. Alles ging ineens beter. Ik raad Study Smart enorm aan aan scholieren en studenten.
Met dit plaform kan ik super snel en gestructueerd studeren. Ik ben nooit meer de weg kwijt in de stof of in mijn aantekeningen en maak veel sneller goede samenvattingen.
Eerst waren mijn aantekeningen een zooitje. Nu gebruik ik Study Smart en studeer ik super gestructureerd. Het helpt mij om tijd te besparen waardoor ik ook andere dingen kan doen die ik belangrijk vind.
Leerlingen die met het systeem hebben gewerkt hebben gewoon een beter resultaat behaald. Het systeem past alle leertrucjes zo toe, dat zowel de kinderen die goed scoren, maar ook zij die minder scoren, aan hun trekken komen.
Hey Chris, ik wil je enorm bedanken. Het vak waar ik vorig jaar nog net een 5,5 voor haalde, heb ik nu voor ditzelfde vak maar liefst een 9,7 gehaald! Mede dankzij jouw methode! Heel erg bedankt!
Het grootste effect is dat mijn kind veel enthousiaster is over school! Elke ouder wilt graag dat zijn kind het goed doet op school, en Study Smart draagt daar aan bij.
Dankzij StudySmart heb ik vorig jaar al mn examens gehaald en ook veel betere punten gehaald. Maar bovenal heb ik nu gewoon een heel goede studiemethode onder de knie, waarmee ik zeker weet dat ik de rest van mijn studie gewoon ga halen.
Leg uit welk type model meestal voortkomt uit top-down systems biology, en welk type model meestal uit bottom-up systems biology.
- TD: phenomenological model (representeert hypothetische relatie tussen variabelen in de data set: geeft de data weer, niet zozeer het onderliggende biologische mechanisme)
- BU: mechanistic model (geeft relaties weer in termen van biologische processen die de data verklaren) (denk aan enzymkinetiek)
Leg uit wat top-down systeembiologie inhoudt, en geeft een voorbeeld van een methode.
- starten vanuit een bird's eye view op het gedrag van het syteem, door bijvoorbeeld genome-wide experimentele data te gebruiken
- van daar uit ga je dan mechanismen afleiden die dichter bij de bottom staan
- bijv: meten genexpressie van systeem
- constructie genexpressienetwerken op basis van microarray data
- statisch: dynamiek in tijd wordt niet meegenomen, of in ruimte
- hypothetische relaties
Leg uit wat bottom-up systems biology inhoudt, en geef 4 componenten waarop zo'n studie wordt gebaseerd.
- deduceren van functionele eigenschappen die voort kunnen komen van een subsysteem dat gekarakteriseerd is tot een hoog niveau van mechanistisch detail middels moleculaire technieken
- doel = combineren subsystems tot een model op systeemniveau
- experimentele studies die de precieze eigenschappen van componenten systeem bepalen (bijv enzym in isolatie meten)
- data aangaande de responsen van het subsysteem op pertubaties in de context van de cel (in vivo)
- constructie gedetailleerd mechanistisch model op basis van 2 + simulatie, validatie, verbetering
- ontwikkelen computationele tools voor model analyse en representatie
Van welke vorm van systeembiologie is enzymkinetiek een voorbeeld?
Geef een voorbeeld van een interaction-based model en een mechanism-based model. Wat is een constrain-based model?
- I: bijv co-expressie netwerk van genen (bevatten geen onderliggend bio mechanisme, dus geen biologische parameters)
- M: kinetic model
- C = intermediair tussen I en M
I = statisch, M = dynamisch!
I geen bio parameters, M: kinetische parameters
Geef een voorbeeld van een context waarin multiscale modeling relevant is.
- Als het gaat om insuline resistentie
- whole-body energy model --> inzich in fluxen tussen vet, eiwit en glucose
- insulin-glucose model : glucose en insuline concentraties
- insulin receptor pathway model --> insuline signalering op celniveau
wil je combineren. lastig omdat je werkt met andere temporele en spatiele schaal.
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden
