Transcriptomics analysis
12 belangrijke vragen over Transcriptomics analysis
Wat is het verschil tussen functional genomics en biomarker discovery?
- functional genomics: proberen te begrijpen hoe het systeem werkt, het waarom
- biomarker discovery: we hoeven het niet te begrijpen, alleen weten dat het er is
Geef 5 challenges in de application van microarray technology.
- hoe goed RNA isoleren
- meten van mRNAs zonder poly-A staart
- meten van splice variants
- dealen met probe affinity
- interpreteren van gemixte samples
Wat is belangrijk in de stap van isolatie als je RNA gaat onderzoeken?
- zodra je omgeving van cel verandert gaat transcriptome veranderen
- zodra je de cel dood maakt wordt RNA (selectief) afgebroken
- dus: snel cellen bevriezen
- snel isoleren van RNA : denatureren eiwitten (RNA zit altijd ingepakt in eiwitten! anders plakt het weer aan DNA en is het minder stabiel)
- opslaan bij -80 C: niet te vaak ontdooien en invriezen
- heel schoon werken op het lab:RNAases wordt heeel veel mee gewerkt op molbio lab, dus die zweven overal rond
- Hogere cijfers + sneller leren
- Niets twee keer studeren
- 100% zeker alles onthouden
Voor mijn 1e tentamen haalde ik een 6. Toen ben ik gaan zoeken naar manieren om beter te leren en ben ik Study Smart tegen gekomen. Sindsdien heb ik een 9,0 - 8,0 - 7,6 - 8,0 - 8,0 gehaald. Ik raad het echt íédereen aan die het maar horen wil. Ik ben er zo blij mee!!
Met mijn oude methode was ik geslaagd voor maar 3 van de 8 vakken. Sinds ik mijn aantekeningen digitaal maak in study smart, ben ik voor alle vakken de éérste keer geslaagd. StudySmart neemt voor mij de stress van slagen of niet slagen weg.
Door StudySmart gaat het op zo veel vlakken beter met mij. Eerst had ik continu studiestress en ik had nergens tijd voor. Nu voel ik mij rustig en zelfverzekerd (door gebruik van het programma). Eerst haalde ik meestal een 7, nu vaak een 8 of zelfs een 9.
Hey Chris, ik wil je echt hartelijk danken voor het ontwikkelen van het platform. Ik haalde hiervoor altijd rond de 6/10 voor m'n tentamens, nu een 8,6, een 7,9 en een 7,6!!
Sinds ik Study Smart gebruik, is mijn gemiddelde 1 punt gestegen. Ik heb zelfs een statistisch vak met een 10/10 afgerond terwijl ik slecht ben in statistiek. Nu volg ik extra vakken omdat vorig jaar zo goed ging door Study Smart. Veel dank!
Sinds ik ben gaan leren met StudySmart ben ik geslaagd voor al mijn examens!!! Geen herexamens!! Eerst was ik al blij met een voldoende en nu haal ik alleen maar goede cijfers. Veel dank!
Ik heb alle vakken die ik met Study Smart heb geleerd gehaald. Met rechten ben ik van een 5 naar een 8 gegaan! Ik weet nu zeker dat ik al mijn vakken gewoon ga halen.
Ik dacht altijd dat ik goed studeerde. Mijn cijfers waren ook prima. Ik had mij nooit kunnen voorstellen dat ik zo veel beter en sneller zou studeren door het toepassen van deze vaardigheden.
Ik voel mij voor het eerst 100% zeker over de manier waarop ik leer. Ik heb nu het complete overzicht en de structuur die ik nodig had
Door Study Smart kreeg ik weer plezier in het studeren en haalde ik direct betere cijfers. Alles ging ineens beter. Ik raad Study Smart enorm aan aan scholieren en studenten.
Met dit plaform kan ik super snel en gestructueerd studeren. Ik ben nooit meer de weg kwijt in de stof of in mijn aantekeningen en maak veel sneller goede samenvattingen.
Eerst waren mijn aantekeningen een zooitje. Nu gebruik ik Study Smart en studeer ik super gestructureerd. Het helpt mij om tijd te besparen waardoor ik ook andere dingen kan doen die ik belangrijk vind.
Leerlingen die met het systeem hebben gewerkt hebben gewoon een beter resultaat behaald. Het systeem past alle leertrucjes zo toe, dat zowel de kinderen die goed scoren, maar ook zij die minder scoren, aan hun trekken komen.
Hey Chris, ik wil je enorm bedanken. Het vak waar ik vorig jaar nog net een 5,5 voor haalde, heb ik nu voor ditzelfde vak maar liefst een 9,7 gehaald! Mede dankzij jouw methode! Heel erg bedankt!
Het grootste effect is dat mijn kind veel enthousiaster is over school! Elke ouder wilt graag dat zijn kind het goed doet op school, en Study Smart draagt daar aan bij.
Dankzij StudySmart heb ik vorig jaar al mn examens gehaald en ook veel betere punten gehaald. Maar bovenal heb ik nu gewoon een heel goede studiemethode onder de knie, waarmee ik zeker weet dat ik de rest van mijn studie gewoon ga halen.
Wat is het transcriptoom? (Timo Reits)
Hebben alle mRNAs een poly-A staart?
prokaryoten, histon genen en soms in embryogenesis: geen poly A's. die ga je dus missen.
Wat is een alternatief voor het oligo-dT protocol?
- random priming protocol
- je maakt random primers met ook een staart eraan
- vandaar cDNA
- maar: nu amplificeer je niet alleen meer mRNA, maar je neemt dus al het RNA mee!
- je kunt mRNA enrichment doen
- of rRNA eruit halen
Welke bias is er bij mRNA depletion?
- de efficientie ervan hangt af van de lengte van de poly A staart
- je mist dus poly A negatieve genen
Welke bias is er bij rRNA removal?
- je verwijdert dan ook homologe delen van mRNA genen! en ook niet in gelijke hoeveelheden
- maar dit is wel de enige manier om poly A negatieve genen te onderzoeken: dus random priming + rRNA removal
Wat weet je over microarray probe design voor RNA onderzoek?
- oligo dT protocol: aan 3'einde zetten --> aan 3e kant het meeste
- random primer protocol: over hele deel, overal begint synthese --> aan andere kant meer
Hoe werkt probe design in het geval van splicing?
Wat is het probleem met probe affinity?
Effect kom niet zozeer door de probe en zijn binding, maar door sequenties eromheen. + PCR en CDNA effecten: structuur heeft effect op hoe goed dit werkt.
Daarom mag je dus niet signalen tussen genen binnen een sample vergelijken. Alleen de levels van één gen over verschillende samples.
Je kunt dus alleen semi kwantitatieve vergelijkingen doen.
Zodra je een enzym gebruikt gaat het nooit volledig kwanitatief worden. Want interactie met molecuul is elke keer anders.
Waarom wordt log2 fold change veel gebruikt?
symmetrisch
je kunt dan optellen en aftrekken ipv werken met ratio's--> makkelijker + statistiek doen
+1 en -1 --> 2 x upgereguleerd
De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:
- Een unieke studie- en oefentool
- Nooit meer iets twee keer studeren
- Haal de cijfers waar je op hoopt
- 100% zeker alles onthouden
