Startpagina / Samenvattingen / Class notes - OMICS / piek-pieken-retentie

Pre-processing metabolomics data

Q: Welke methoden zijn er voor piek identificatie en wat houden ze in?

1. Two directions Pieken kunnen worden gedetecteerd langs de m/z as en de retentie tijd as. Alleen als een piek in beide de m/z en retentietijd as is gedetecteerd, kan de piek positie worden bepaald. 2. XIC (EIC) slices De m/z as wordt in kleine plakken verdeeld (bins). Voor elke m/z 'slice' wordt een chromatogram gereconstrueert in de retentie tijd richting (dit is dus een EIC). Pieken worden dus geidentificeerd in de EIC's voor elke m/z bin. 3. Model fitting Poging om een twee-dimensionale Gaussian curve te fitten op de data.

10 belangrijke vragen over Pre-processing metabolomics data

Wat bevat een peak list/piek tabel?

m/z waardes, retentie tijd en intensiteit van de pieken in een sample

Wat voor informatie bevat een piek?

Elke piek komt overeen met een specifieke metaboliet en zijn isotopen. Piek hoogte en oppervlak geven informatie over de relatieve concentratie van een metaboliet.

Wat is een Total Ion Current (TIC) chromatogram?

Het is de som van de intensiteiten voor alle m/z waarden.

* Achtergrond vaan een LC-MS dataset

Wat is een Extracted Ion Chromatogram (EIC)?

EIC's representeren de som van intensiteiten voor een of meer m/z waarden die uit een data set zijn 'extracted'.

DUS intensiteiten voor specifieke m/z waarde

Welke methoden zijn er voor piek identificatie en wat houden ze in?

1. Two directions
Pieken kunnen worden gedetecteerd langs de m/z as en de retentie tijd as. Alleen als een piek in beide de m/z en retentietijd as is gedetecteerd, kan de piek positie worden bepaald.

2. XIC (EIC) slices
De m/z as wordt in kleine plakken verdeeld (bins). Voor elke m/z 'slice' wordt een chromatogram gereconstrueert in de retentie tijd richting (dit is dus een EIC). Pieken worden dus geidentificeerd in de EIC's voor elke m/z bin.

3. Model fitting
Poging om een twee-dimensionale Gaussian curve te fitten op de data.

Wat zijn de nadelen van binning?

1. Als de breaks tussen de bins arbitrair worden gekozen, kan het signaal van een metaboliet gesplit worden tussen 2 aanliggende bins.

2. Meerdere van elkaar onafhankelijke metabolieten kunnen invloed hebben op het signaal van een enkele bin (dus 2 pieken binnen 1 bin) --> kan geen significant onderscheid maken tussen 2 metabolieten.

Wat is matched filtration?

Matched filtration is het smoothen van de EIC's met een moving window waarin de gewichten zijn gekozen met de negatieve tweede afgeleide van een Gaussian curve. Door dit te doen, wordt ruis reductie, baseline correctie en piek detectie gecombineerd in een enkele stap.

Hoe wordt peak matching uitgevoerd?

Voor het matchen van overeenkomende pieken heb je identificatie van pieken met dezelfde m/z waarde en retentie tijd nodig.

1. De m/z as wordt verdeeld in kleine overlappende bins --> alle pieken in een bin hebben, bij definitie, een soortgelijke m/z waarde.
2. Alle pieken in een bin worden gegroepeerd aan de hand van retentie tijd door gebruik te maken van een Gaussian Kernel.

Wat is retention time alignment?

Renention time alignment wordt gebruikt om te corrigeren voor (kleine) deviaties in retentie tijd voor dezelfde metaboliet in verschillende samples.

Hoe worden missing peaks ingevuld?

Je kent de locatie van de andere pieken in dezelfde piek groep. Je kan terug gaan naar de raw data van de andere samples en dan de missing peaks toevoegen door simpelweg de intensiteit waarden in te vullen die op deze posities waren geobserveerd.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

OMICS

Bekijk samenvatting

Een unieke studie- en oefentool
Nooit meer iets twee keer studeren
Haal de cijfers waar je op hoopt
100% zeker alles onthouden

Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.

Studiemateriaal generieke omslagafbeelding

Pre-processing metabolomics data

10 belangrijke vragen over Pre-processing metabolomics data

Wat bevat een peak list/piek tabel?

Wat voor informatie bevat een piek?

Wat is een Total Ion Current (TIC) chromatogram?

Wat is een Extracted Ion Chromatogram (EIC)?

Welke methoden zijn er voor piek identificatie en wat houden ze in?

Wat zijn de nadelen van binning?

Wat is matched filtration?

Hoe wordt peak matching uitgevoerd?

Wat is retention time alignment?

Hoe worden missing peaks ingevuld?

Samenvattingen die gerelateerd zijn aan Next Generation Sequencing (NGS)

Class notes - OMICS

Oncologie

Class notes - Cellulaire Oncologie

Class notes - OMICS in Biomedical Sciences

Class notes - Startcursus

Class notes - Schade, afweer & herstel

Class notes - Start van het Leven

Class notes - Groei en Ontwikkeling

Class notes - EHO

Class notes - Leeftsijl en Gezondheid

Class notes - Arts&Patient 3