Startpagina / Samenvattingen / Class notes - OMICS / variant-varianten-gen

Exome sequencing

Q: In welke richtingen wordt de data meestal gefilterd om het causale allel te vinden?

1. Discrete filtering : vergelijken van varianten tussen individuen en tegen publieke databases en controle groepen. 2. Stratificatie van varianten

Q: Hoe kan je kandidaten stratificeren?

1. Mutatie type : voorspelde inpact of deleteriousness (e.g. frameshifts, stop codon mutaties en disruptie van splice sites zijn belangrijker dan missense varianten). 2. Segmentale duplicaties : varianten die in segmentale duplicaties worden gevonden, worden weggedaan , want moeilijk te zeggen tot welk segment/gen variant behoort. 3. Pseodogenen : dysfunctionele familie van genen die hun eiwit-coderend vermogen zijn verloren. Reads die tegen pseodogenen aligned zijn worden weggedaan . 4. Functie 5. Functionele impact (sequentie conservatie) : functionele sites die een hogere kans hebben om effect te hebben op het eiwit en daarmee fenotype

12 belangrijke vragen over Exome sequencing

Wat zijn Mendelian disorders?

Ziektes die zijn veroorzaakt door meestal een afweiking/mutatie van 1 gen.

Wat zijn de nadelen van exome sequencing?

1. De bestaande capture probes kunnen alleen de exonen targetten die geidentificeerd zijn.
2. Sommige sequenties kunnen niet getarget worden door capture probes (efficientie capture probes varieert)
3. Niet alle templates worden met dezelfde efficientie gesequenced en niet alle sequenties kunnen worden aligned tegen het referentie genoom.

Uit wat bestaat de wet-lab workflow voor exome sequencing?

1. Genoom DNA wordt random geknipt en meerdere microgrammen worden gebruikt om een in vitro shotgun library te maken.
2. De library fragmenten worden geflankeerd met adaptors
3. Library wordt vergroot met sequentiess die corresponderen aan de exonen door aqueous-phase hybridization capture (fragmenten worden gehybridizeerd aan biotinylated DNA)
4. Pulldown van de gehybridizeerde fragmenten en washing van de niet-gehybridizeerde fragmenten.
5. Amplificatie en NGS van de verrijkte, geamplificeerde library.
6. Mapping (alignment) en calling van kandidaat varianten (bioinformatica analyse)

Wat is een synonymous mutatie?

Mutatie in DNA sequentie dat codeert voor een eiwit, maar verandert niet de aminozuur(volgorde)

Waar hangt de strategie voor het vinden van een causale allel af?

1. manier van overerving (dominant, recessief): exoom vergelijk is efficienter voor recessieve aandoeningen omdat het genoom van een individu 50 keer minder genen heeft met 2, ipv 1, eiwit coderende allelen per gen.

2. Of fenotype komt door een de novo of overgeerde variant

3. Mate van locus heterogeniteit voor een characteristiek: als een aandoening door mutaties in verschillende genen veroorzaakt kan worden moeten er meer subjects onderzocht worden.

* Beinvloedt dus sample grootte en bioinformatica tactiek.

In welke richtingen wordt de data meestal gefilterd om het causale allel te vinden?

1. Discrete filtering: vergelijken van varianten tussen individuen en tegen publieke databases en controle groepen.
2. Stratificatie van varianten

Op welke eisen kan VarScan filteren?

1. Minimum aantal reads voor de variant (anders is coverage te laag voor een betrouwbare variant)
2. De hoeveelheid reads die de variant bevatten
3. Gemiddelde base kwaliteit op de positie van de variant (als kwaliteit te laag, is de kans groot dat het een sequencing error is).

Hoe kan een hoger minor allele frequency (MAF) voor problemen zorgen bij het filteren?

De pathogene gen variant waar je naar op zoek bent kan ook in controle exomen/genomen voorkomen als zijn MAF hoger is. Dus als je dan alle bekende varianten eruit filtert, neem je het risico dat je de echte pathogene allelen elimineert. (deze risico is vooral van belang bij recessieve aandoeningen waarbij de ziekte niet per se tot uiting komt, waardoor een individu niet uit de controle groep gehaald wordt).

Een oplossing zou het verwijderen van varianten met een MAF boven een bepaalde waarde zijn. Je loopt dan wel de kans dat je een false positive krijgt.

Hoe kan je kandidaten stratificeren?

1. Mutatie type: voorspelde inpact of deleteriousness (e.g. frameshifts, stop codon mutaties en disruptie van splice sites zijn belangrijker dan missense varianten).

2. Segmentale duplicaties: varianten die in segmentale duplicaties worden gevonden, worden weggedaan, want moeilijk te zeggen tot welk segment/gen variant behoort.

3. Pseodogenen: dysfunctionele familie van genen die hun eiwit-coderend vermogen zijn verloren. Reads die tegen pseodogenen aligned zijn worden weggedaan.

4. Functie

5. Functionele impact (sequentie conservatie): functionele sites die een hogere kans hebben om effect te hebben op het eiwit en daarmee fenotype

Wat is een (segmentale) duplicatie?

Een stuk DNA dat abnormaal vak gekopierd is. Dit heeft effect op de functie van het eiwit.

Hoe kunnen technische tekortkomingen ontstaan?

1. gedeelte of gehele veroorzakende gen is niet in de target definitie (het is niet bekend als gen of er is een fout in probe design)
2. Niet genoeg coverage (slechte capture/ sequencing)
3. Causale variant is wel covered maar niet goed called (al er een smalle maar complexe indel is)
4. False variants (mismapped reads/ errors in alignment)

Hoe worden autosomaal dominate aandoeningen gedetecteerd?

Linkage analyse binnen 1 familie van voldoende grootte --> exome sequencing in regios die gelinkt waren in de familie aand het fenotype

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

OMICS

Bekijk samenvatting

Een unieke studie- en oefentool
Nooit meer iets twee keer studeren
Haal de cijfers waar je op hoopt
100% zeker alles onthouden

Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.

Studiemateriaal generieke omslagafbeelding

Exome sequencing

12 belangrijke vragen over Exome sequencing

Wat zijn Mendelian disorders?

Wat zijn de nadelen van exome sequencing?

Uit wat bestaat de wet-lab workflow voor exome sequencing?

Wat is een synonymous mutatie?

Waar hangt de strategie voor het vinden van een causale allel af?

In welke richtingen wordt de data meestal gefilterd om het causale allel te vinden?

Op welke eisen kan VarScan filteren?

Hoe kan een hoger minor allele frequency (MAF) voor problemen zorgen bij het filteren?

Hoe kan je kandidaten stratificeren?

Wat is een (segmentale) duplicatie?

Hoe kunnen technische tekortkomingen ontstaan?

Hoe worden autosomaal dominate aandoeningen gedetecteerd?

Samenvattingen die gerelateerd zijn aan Next Generation Sequencing (NGS)

Class notes - OMICS

Oncologie

Class notes - Cellulaire Oncologie

Class notes - OMICS in Biomedical Sciences

Class notes - Startcursus

Class notes - Schade, afweer & herstel

Class notes - Start van het Leven

Class notes - Groei en Ontwikkeling

Class notes - EHO

Class notes - Leeftsijl en Gezondheid

Class notes - Arts&Patient 3