Samenvatting: Systeembiologie

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van Systeembiologie

• Introduction to bioinformatics

  Dit is een preview. Er zijn 1 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 04/02/2019
  Laat hier meer flashcards zien

• Hoe wordt het genoom meestal gelezen?

  Het Dna wordt in stukjes geknipt, daarna veel gekopieerd door een enzym. Dan worden deze reads met nucleotide met een marker vastgesteld en via een comoputer wordt het in elkaar geschoven (whole genome shotgun approach)

• welke 4 manieren om eiwitfunctie te achter halen zijn er?

  knockout-mouse: gen uit een dier halen
  activity assay: Kijken naar de activiteit van het eiwit door marker 
  x-ray: luren naar kristalstructuur
  Blast: kijken of er gelijkende eiwitten al zijn

• biology and Data sciences

  Dit is een preview. Er zijn 3 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 05/02/2019
  Laat hier meer flashcards zien

• IN welke 4 stappen gaat data onderzoek?

  Data hypothese: welke data is nodig en wat moet ik zien om mijn hypothese te bevestigen of af te wijzen
  Script: om data te interpreteren
  interpreteren resultaten
  conclusie en soms nieuwe hypothese

• Er zijn 2 manieren hoe je met data om kan gaan?

  1. Top Down: eerst een vraag en daarbij data zoeken
  2. bottom up: met een gegeven data set een vraag bedenken (sanity checks)

• Wat zijn first, second and third generation sequencing?

  1. Sanger: Kan lange reads lezen, maar wel weinig tegelijk, maar voor 1 sequentie (eerste humane genoom)
  2. in stukjes, vermeerdert, gesequenced en geanalyseerd
  3. Kunnen een enkele strengs dna meten tot wel 10.000 nucleotide (kwaliteit is slechter)

• Wat is de omics revolutie en wat voor voordeel heeft het?

  alle gegevens, genoom, proteoom , transcriptoom.
  Hier is het minder bias en kan je meer vragen beantwoorden

• Hoe kan je bepalen wat de functie van een bepaalde eiwit sequentie is?

  Door gelijkende sequenties in voorouders te vergelijken omtrent de functie (gist, muis, fruitvlieg)

• Wat is functionele metadata?

  Dat is informatie over je stukje DNA:
  coding/non coding
  enzym
  verandert fenotype
  is er iets na translatie met het eiwit
  wanneer wordt het afgeschreven enz..

• Wat is bron metadata?

  1. Het organisme
  2. welke onderzoekers
  3. plek en tijd
  4. Het milieu
  5. Methodes

• Welke fouten kunnen worden gemaakt met sequenties?

  1. In het experiment of verkeerde conclusies
  2. Verkeerde manier van overbrengen van sequenties door dingen paar aminzuren te vergeten
  3. Kopieerfouten van computers
  4. Het is heel moeilijk aan te tonen waar de fout vandaan komt