Startpagina / Samenvattingen / Class notes - Systeembiologie / bomen-boom-mutaties

Pylogenetic trees

Q: Wat kun je zeggen over de vergelijking fenotype/sequence??

fenotype oneindig featurs subjectief observation sequence gene/genome is eindig objectief een sequentie is absoluut, kan je niet verkeerd lezen (kan af en toe foute meting hebben)

17 belangrijke vragen over Pylogenetic trees

Wat kun je zeggen over de vergelijking fenotype/sequence??

fenotype

oneindig featurs
subjectief
observation
sequence
gene/genome is eindig
objectief
een sequentie is absoluut, kan je niet verkeerd lezen (kan af en toe foute meting hebben)

Hoe kan fylogenetische resolutie optreden?

ver uit elkaar liggende soorten verschillen te veel om te vergelijken
heel dicht bij elkaar liggende soorten verschillen te weinig om een vergelijking te maken

Wat en wrm is de Jukes Cantor correctie nodig?

Mutataties kunnen terug muteren, dus de geobserveerde mutaties zijn minder dan de werkelijke.
d=-3/4 ln(1-4/3D)

Hoe kun je de upgma boom schrijven?

als de newick tree format : ((((A: 4.0,D: 4.0) :4.25,((B:0.5,F0.5):5,75,G:6,25):2.0):6,25,C:14.5):2.5,E:17.0);
Takken met lage support kunnen worden ingeplaatst bij (2,0)
Dan maak je de tak onder de afsplitsing van de wel zekere, dezelfde kleur/soort
Dit heet multifurcating

Waar wordt de wortel geplaatst bij UPGMA? en welke aanname door de zelfde afstand tot het eind aan?

als laatste worteltje
upgma neemt aan dat de moleculaire kolk gelijk loop voor alle takken --> Dit heet ultrametric

Wat is de eenheid van de UPGMA boom?

mutaties/tijdseenheid

Wat is het nadeel van ultrametric trees?

Verschil in tijd kunnen anders worden als de begin verschillen waren door clustering

Wat is neighbor joining?

De evolutionaire afstand komt perfect het met de distance matrix, ongeroot boompje

Wat kun je met een fylogenie gebaseerd op een model van evolutie?

Je hebt aannames die je maakt, kans op mutatie bijv.
dan krijg je een boom die het beste de data verklaart, nadat alle bomen zijn doorgenomen.

Wat is de simpelste manier om een fylogenie te maken met een model of evolution?

Maximum Parsimony (zuinigheid):

Alle bomen worden getekend
en je kiest de boom met de minste mutaties soms meerdere bomen

Wat is een informative position?

Heeft tenminste 2 verschillende karakters elk

Wat is Maximum Likelihood (ML)

simpelste niet altijd de meest wss, smmige mutaties zijn wss dan andere
scant alle mogelijke bomen net als (MP)
Is modeltje van evolutie aangeplakt met wss mutatietjes brakkakakakidjfidjf
- meestal blosumtje heheh,
- maar ook inserties en deleties kunnen worden meegerekend.
- plek specifieke mutatie ratios toegepast. plekken met langzame/snelle alignment
- snellere of langzamere takken neem je mee in je mode, je maakt sommige veel muterende takken goedkoper en geef je een score
- bepaalde mutaties binnen een sequentie kunnen van elkaar afhankelijk zijn, door interactie eiwitstructuur

Wat zijn de formules voor de aantallen bomen

ongeworteld (2n - 5)!!
geworteld (2n-3)!!

Welke van de 4 soorten bomen geven root/unrooted

UPGMA ja, ultrametrisch
Neighbor joining nope
Maximum parsimonie nee
ML kan ja en nee

Wat kunnen de functies zijn van de 4 boompies?

UPgma snel maar slecht
NJ beter dan Upgma maar nog steeds slecht, beter omdat er ongelijke evolutie inzit
MP: model of evolution te simpel
ML: wat een top boompie

Hoe kan je ervoor zorgen dat je geen on homologe boompjes maakt?

een beetje sequence alignments kijken of het goed congrueerd
je kan ook slechte stukken wegknippen
variable regionen geven fylogenetische noise
dit heet lekker trimmen
Je kan ook kijken met evolutionaire kennis

Hoe worden Branch support getallen gecreeerd?

Via Bootstrapping: Je hebt een boom.
Je maakt nieuwe bomen met random nieuwe kolom indeling.
en via hussel statistiek je ziet bijvoorbeeld 4/10 takje s1 en s2 --> waarde van 0,4
s6/s7 7/10 --> bootstrapp support value van 0,7

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

Systeembiologie

Bekijk samenvatting

Een unieke studie- en oefentool
Nooit meer iets twee keer studeren
Haal de cijfers waar je op hoopt
100% zeker alles onthouden

Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.

Studiemateriaal generieke omslagafbeelding

Pylogenetic trees

17 belangrijke vragen over Pylogenetic trees

Wat kun je zeggen over de vergelijking fenotype/sequence??

Hoe kan fylogenetische resolutie optreden?

Wat en wrm is de Jukes Cantor correctie nodig?

Hoe kun je de upgma boom schrijven?

Waar wordt de wortel geplaatst bij UPGMA? en welke aanname door de zelfde afstand tot het eind aan?

Wat is de eenheid van de UPGMA boom?

Wat is het nadeel van ultrametric trees?

Wat is neighbor joining?

Wat kun je met een fylogenie gebaseerd op een model van evolutie?

Wat is de simpelste manier om een fylogenie te maken met een model of evolution?

Wat is een informative position?

Wat is Maximum Likelihood (ML)

Wat zijn de formules voor de aantallen bomen

Welke van de 4 soorten bomen geven root/unrooted

Wat kunnen de functies zijn van de 4 boompies?

Hoe kan je ervoor zorgen dat je geen on homologe boompjes maakt?

Hoe worden Branch support getallen gecreeerd?

Samenvattingen die gerelateerd zijn aan Kennisclip Dimensions of Data

Class notes - Systeembiologie

Hoorcollege Mariene Wetenschappen I

Class notes - Biologie van dieren

Class notes - Biologie en ecologie van plant…

Class notes - marine sciences I

Exploring humans an introduction to the phil…

Psychologie & sociologie : basiscursus

sheets

Leren veranderen

Overheidsfinanciën

Hoofdzaken socialezekerheidsrecht

Handboek van het Nederlandse staatsrecht