Eiwitten - Eiwitstructuur en analyse technieken

21 belangrijke vragen over Eiwitten - Eiwitstructuur en analyse technieken

Teken de mogelijke ion-vormen van een aminozuur bij pH = 3, 7 en 9.

\zie afbeelding

Waardoor wordt de lading van een eiwit hoofdzakelijk bepaald?

Door de lading van de zijketens van de aminozuren.

Welke 4 niveaus zijn er in de structuur van eiwitten te herkennen en waardoor wordt elke structuur gestabiliseerd?

  • Primair de aminozuurvolgorde.
  • Secundair A-helix of B-sheet. (waterstofbruggen en de elektrostatische interacties)
  • Tertiair vouwing secundaire structuren, zwavelbruggen. Binnenkant hydrofobe zijgroepen buitenkant hydrofiele zijgroepen voor mogelijkheid dipool-dipool interacties.
  • Quartinair tertiaire structuren non-covalente elektrostatische verbindingen.
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart

Hoe verloopt het vouwproces van eiwitten en wat is de rol van chaperones?

  • Eerst wordt de primaire structuur vastgesteld deze zullen vervolgens zich vormen als een a-helix of en B-sheet. Vervolgens zullen er zwavelbruggen vormen en hydrofobe bindingen aan de binnenkant bevinden en hydrofiel aan de buitenkant.
  • Chaperones worden gebruikt om de eiwit in te vouwen zodat er tijdens de vouwing geen andere groepen kunnen binden aan het eiwit.

Leg uit hoe SDS-PAGE gel-electroforese werkt.

De keten van een eiwit word uit elkaar gevouwen en gecoat door SDS moleculen (de protonen worden gedenatureerd). Door het binden van de SDS moleculen zal het eiwit bij elk aminozuur dezelfde lading bevatten en kan het dus gesepareerd worden op basis van het moleculaire gewicht. Soms wordt er ook nog b-mercapethanol toegevoegd om de disulfide bruggen te breken.

https://www.youtube.com/watch?v=MILiO1XnuqQ&list=PL5Tt51-5WsX3LtNQ9J7evpl1zQ-lk7-Ba&index=9

Leg uit hoe SDS-PAGE gel-electroforese werkt.

De keten van een eiwit word uit elkaar gevouwen en gecoat door SDS moleculen (de protonen worden gedenatureerd). Door het binden van de SDS moleculen zal het eiwit bij elk aminozuur dezelfde lading bevatten en kan het dus gesepareerd worden op basis van het moleculaire gewicht. Soms wordt er ook nog b-mercapethanol toegevoegd om de disulfide bruggen te breken.

https://www.youtube.com/watch?v=MILiO1XnuqQ&list=PL5Tt51-5WsX3LtNQ9J7evpl1zQ-lk7-Ba&index=9

Waarop berust de scheiding bij SDS-PAGE?

Op basis van de grootte van de eiwit fragmenten.

Hoe kun je met SDS-Page het aantal subunits bepalen?

Door middel van de marker.

Welke techniek wordt gebruikt voor het bepalen van de aminozuurvolgorde van eiwitten (de primaire structuur)?

Sequence determination.

Met welke 2 technieken kan de driedimensionale structuur van eiwitten bepaald worden?

  • x-ray
  • NMR mits het eiwit klein is

Hoe kun je met NMR de structuur van een eiwit analyseren?

Doormiddel van de pieken aanwezige aminozuren bepalen

Wat zijn de voor-en nadelen van NMR?

  • Voordelen; Mogelijk voor flexibele eiwitten, beweging en vouwing eiwit vast te leggen, bestuderen natieve staat.
  • Nadelen; lagere resolutie dan X-ray, alleen geschikt voor kleine eiwitten, hoge eiwit concentratie

Hoe kun je met X-Ray Diffractie de structuur van een eiwit bepalen?

Vorming van kristallen van het eiwit. De atomen in het kristalrooster bestralen met X-ray waardoor de atomen energie uitstralen in de vorm van golflengtes waarmee de afstand tussen de atomen kan worden bepaald. En zo de structuur van het eiwit.

https://www.youtube.com/watch?v=QHMzFUo0NL8&list=PL5Tt51-5WsX3LtNQ9J7evpl1zQ-lk7-Ba&index=8

Hoe kun je met X-Ray Diffractie de structuur van een eiwit bepalen?

Vorming van kristallen van het eiwit. De atomen in het kristalrooster bestralen met X-ray waardoor de atomen energie uitstralen in de vorm van golflengtes waarmee de afstand tussen de atomen kan worden bepaald. En zo de structuur van het eiwit.

https://www.youtube.com/watch?v=QHMzFUo0NL8&list=PL5Tt51-5WsX3LtNQ9J7evpl1zQ-lk7-Ba&index=8

Wat zijn de voor-en nadelen van X-Ray Diffractie?

  • Voordelen; Eiwit grootte niet van belang, hoge resolutie, hele 3D structuur te achterhalen.
  • Nadelen; Modificaties nodig, geen flexibel eiwit, beweging eiwit kan niet gevolgd worden.

Hoe kun je de localisatie van een eiwit in een cel bestuderen?

GFP; antibodies hieraan tag je een GFP en wanneer de antibody de target tegenkomt kan worden bepaald waar het eiwit zich bevind aan de hand van de kleuring.

https://www.youtube.com/watch?v=D4di99A14Ts&list=PL5Tt51-5WsX3LtNQ9J7evpl1zQ-lk7-Ba&index=10

Wat bedoelt men met de conformatie van een eiwit?

is  de  karakteristieke  3D-structuur  van  een  eiwit,  inclusief  de secondaire,  supersecondaire  motieven,  tertiaire  domeinen  en  quaternaire  structuur van de peptideketen.

Wat is het verschil tussenconformatie en configuratie?

  • Conformatie weergeeft mogelijke rotaties binnen peptideketen, en geeft zo de ruimtelijke oriëntatie weer van het eiwit in de ruimte.
  • Configuratie weergeeft de chiraliteit.

Wat is de natieve conformatie van een eiwit?

De conformatie onder fysiologische omstandigheden  (in  de  cel)  aanneemt.  Dit is de conformatie waarin het eiwit zijn functie uit kan oefenen. Deze conformatie ontstaat via non-covalente interacties.

Beschrijf verschillen tussen globulaire- en fibreuze eiwitten.

  • Globulair, bolvormig, vaak interne holte, zijn goed oplosbaar in water.
  • Fibreuze eiwitten, kabelvormig, zijn slecht oplosbaar in water, kunnen niet selectief binden.

Wat gebeurd er bij sequence determination?

Doormiddel van de tandem MS kunnen eiwitten gefragmenteerd worden in hun separate aminozuren. De volgorde van de sequentie wordt bepaald wordt een tweede MS-MS analyse uitgevoerd bij een serie van verschillende fragmenten gegenereerd vanuit een andere protease.

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers waar je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo