Samenvatting: Ugent

Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van UGent

• H2 De structuur van het genoom

  Dit is een preview. Er zijn 11 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 01/12/2020
  Laat hier meer flashcards zien

• Waaruit is de primaire DNA structuur opgebouwd?

  Uit opeenvolgende nucleotiden (base, suiker, fosfaatgroep) die weer onderling met elkaar verbonden zijn via fosfodiesterverbindingen.
  
  Systematische herhaling van dit proces => polynucleotideketens hebben een vrije 5’ fosfaat (links) en een vrij 3’ OH (rechts) aan het andere uiteinde.

• Hoe is de opbouw van het secundaire DNA?

  Opgebouwd uit 2 antiparallel georiënteerde polynucleotideketens waarbij steeds een A tegenover een T zit en een G tegenover een C.
  
  De basen worden met elkaar via 2/3 H-bruggen (A-T: 2 en G-C:3).
  
  De diameter van de basenparen is constant, aangezien er telkens een pyrimidine met een purine bindt en dus ook zo de diameter van het DNA constant is. Bij beschadigingen gaat deze constante diameter vaak verloren, wat gedetecteerd wordt door eiwit complexen die dit weer gaan herstellen.

• Hoe wordt het negatief geladen DNA gestabiliseerd en geneutraliseerd?

  De basen worden gestackt wat voor stabiliteit zorgt.
  De negatieve lading van de nucleotiden (fosfaatgroepen) worden geneutraliseerd door Mg2+ en er zo ook geen afstoting zal zijn tussen beide nucleotide ketens.
  DNA wordt verder nog gestabiliseerd door de aanwezigheid van histonen en andere eiwitten die op het DNA binden pm de chromatine structuur te vormen.

• Hoe kan dubbelstrengig DNA ontdubbelt worden en hoe noemt men dit?

  Dit kan je doen door de H-bruggen te verbreken door reagentia toe te voegen of door gewoon de H-bruggen te verzwakken door verhitting bv.
  Dit noemt men dan DNA denaturatie.
  Wanneer ze weer bij elkaar komen heet dit: renaturatie.

• Wat is de definitie van de smelt-temperatuur van een DNA-molecule en waarvan is deze vooral afhankelijk?

  Dit is de temp waarbij de helft van een bepaald DNA staal gedenatureerd is.
  En is afhankelijk van de lengte van de DNA molecule en het aantal G-C bindingen.

• Wat is verstaat men onder hybridisatie of annealing?

  Het renatureren van DNA waarbij enkelstrengige polynucleotideketens die oorspronkelijk niet bij elkaar hoorden met elkaar gekoppeld worden.

• Wat is de tertiaire DNA structuur en wat is het nut hiervan?

  Is de complexvorming van secundair DNA met eiwitten wat aanleiding geeft tot het  chromatine en de chromosomen.
  
  Functie: bescherming v DNA en regulatie van de genexpressie 

• Waarom en hoe wordt het secundair DNA opgevouwen?

  Waarom? => om in de celkern te passen.
  Hoe? => via eiwitten en in verschillende stappen:
  1) Als parelsnoer omheen histonen (H2A, H2B, H3, H4) (=nucleosoom) met tussen de nucleosomen ongebonden DNA: Linker-DNA
  2)Het linker-DNA wordt door H1 vastgeklemd aan het nucleosoom (=chromatosoom).
  3) Chromatosomen gaan rond elkaar opwinden naar links als een solenoïde (=chromatine tijdens de interfase en niet delende cellen).
  4)Tijdens de celdeling: verdere condencering, de lussen worden bij elkaar gehouden door chromoslomale  skeletproteïnen. 
  5) Metafase: maximale condensatie = zusterchromatine die uiteindelijk de metafasechromosomen gaan vormen.

• Wat zijn de histonstaarten en waar komen ze voor?

  De N-uiteinden van de 8 histonen die de nucleosomen vormen die uitsteken uit dit compact geheel en kunnen reversibele modificaties ondergaan. Ze staan in contact met andere nucleosomen en spelen een belangrijke rol in de regulatie van het chromatine en zo ook in de regulatie van de replicatie, DNA herstel en transcriptie.

• Wat is het heterochromatine en waarin is deze op te delen?

  Heterochromatine zijn chromatine draden (die een chromosoom vormen) in de kern van een cel die sterker gecondenseerd zijn, zij hebben dus een hogere densiteit en zijn sterker kleurbaar.
  
  Het is op te delen in 2 soorten:
  1)Facultatief (op sommige plaatsen iets losser verpakt)
  2) Constitutief (dicht verpakt, typisch voorbeeld: chromatine thv de centromeren)
  
  Het bevat wieling, tot geen actieve genen en onderdrukt in het algemeen de transcriptie van DNA, echter is inmiddels aangetoond dat delen van het constitutief bv thv de centromeren toch op bepaalde tijdstippen tot transcriptie komen.